此後，唐文治就開始顯示他卓越的教育管理才華。首先是師資管理，為了培植師資隊伍，唐文治主要采取了三種途徑。一是聘請國內一些具有真才實學的人擔任課程的教學任務，這方麵的人才多集中於有關中國傳統學問和基礎課程的教學，比如近代著名學者辜鴻銘即曾受聘擔任學堂教務長。二是聘請外籍教師擔任主幹專業課程的教學。由於其時中國工科高等教育落後，國內懂得工程技術的人才鳳毛麟角。唐文治的目標是實業救國，因此，他不惜重金聘請洋教師。根據有關材料反映，1908—1920年間，學校聘任的外籍教師幾乎占教師的一半，一些主要專業課幾乎全部由外籍教師擔任。三是選派學生出國留學，候其學成歸國充實師資。僅在清末4年間，唐文治即派遣了數批學生赴英美等國深造。他當校長的14年內先後派遣出國留學人員二百餘人。這些學子，在民國成立後，不少人陸續回歸母校任教，促成了師資質量發展的良性循環。
聘請一流教師誠為重要，如何管理教師才是更重要的問題。為了使學校成為真正的實業人才培養基地，唐文治自出任學堂監督之日，就長住學校，一改過去學校監督不住校的成規。同時，他要求教師必須住在校內，且不能在學校以外兼職，使其能專心致力於教學工作，也方便學生隨時請教。他規定，如果教師因病或因事不能上課，必須事先請假，工資則按時計扣。除此以外，他還要求教師必須鑽研業務，以提高教學質量。對於外籍教師，則除了這些要求之外，還規定他們在專任課程教學之外，“凡學堂內外一切他事不得幹預”。“該教員無論是否教士出身，凡在課堂授課，不得借詞宣讀涉及宗教之語”，為的是使學生吸收到純正的科學知識。如果洋教師“不遵守合同暨違背章程條規等事，或才力不及，行檢不飭，監督得即行辭退”。唐文治對教師的管理，保證了教學秩序和教學水平。
其次是學生管理。唐文治認為學校教育的目標是造就一流的人才。他在《論整理學部》一文中指出：“人才者，國家之命根也；學堂者，又人才之命根也。”又說：“唯餘平日之誌願，在造就中國之奇才異能，冀與歐美各國頡頏爭勝。”為了達到這樣的目標，首要的是選材。唐文治在談到辛亥革命前招生的情況時曾說：“本校長到校以來瞬經五載，曆屆招考新生取入專科者每次僅有三、五名，即如上年下學期（指1911年暑假）報考者已達千餘人，而所取專科學生仍不過十名左右。”1000名考生中隻招10名，正所謂百裏挑一，足見對招收新生要求之高。如1916年土木科一年級新生共20人，其中由該校附中遞升者7人，校外招入的13人。1920年前專科一年級的新生，一個班級很少達到30人，有時還不到10人。所以要考入南洋，不僅在清末時不容易，就是在民國初年，我國中等教育有了發展、教學質量有了提高之後，能考入南洋的也隻有上海、江蘇、浙江等幾所名牌中學的少數優秀學生。由於招生中堅持寧缺毋濫，保證了新生的質量。
人才招進以後，如何培育就成為關鍵。唐文治認為人格教育是根本，他堅持德、智並重，道德優先。他說：“道德，基礎也，科學，屋宇垣墉也”。在這個指導思想下，南洋形成了以德優先、全麵發展的培養風格。1915年《南洋》第1期上，刊有陳容的文章，他說：“校風者即學校精神之現象也。母校精神所趨向之道，其重要者有三。注重體育以矯文弱之弊一也，注重國學國文以保存國粹二也，注重科學工藝以增進民智三也。而母校精神所彙集之點，則愛國救民也”。著名新聞記者、政治家、出版家鄒韜奮也說：“……吾校為吾國學校中之最有曆史、最有名譽者。吾校之學風亦可為吾國學校中之最可欽仰、最可愛慕者。吾校學風有三不可及：一曰吾同學皆知自尊其人格而同時且知力尊他人之人格；二曰吾同學皆知勤奮學問而同時且極尊重他人之勤奮學問者；三曰吾同學毫無奢侈惡習而同時且知敬重他人儉樸。人格為為人之基，勤奮為成功之訣，儉樸為立身之本，而吾校風皆具此而吾同學皆行所無事以自淑其身，此吾儕所當自省而保存發揚光大者也。此全國學校所當聞風興起而共效法者也。”
南洋能做到這點，原因是唐文治作為校長，對學生的管理以身作則，既嚴又親。他管理學生一視同仁，決不徇私。如1911年，航海科招生時，有翁同龢後人投考，盡管他有心錄取，但當該科負責人認為該考生“程度偏低”而“以為不可”之時，唐文治寧願於內心終生“歉然”，也依然將其“擯去”。在他當南洋校長的十幾年間，經他懲罰出校的學生以數十計。反之，他對學生的態度則極為謙和。據說，他每次召見學生或學生有事問詢於他，他總是微笑地站起來打招呼。對學生，他從不直呼其名，而是稱“某世兄”、“某老弟”。平時稍有閑暇，他就前往學生宿舍噓寒問暖。在南洋還流傳過“打了校長得聲謝”的故事。據南洋校友陳閔回憶，某日他正在學校上院門側凝神看公告牌時，忽然有人自背後撞他背部，他以為是同學開玩笑，未及回頭就報以一拳。待回頭一看，嚇得目瞪口呆，吃他拳頭的原是雙目幾近失明的校長唐文治！他趕快雙手攙扶校長進入辦公室，唐先生竟不怒反頷首道謝，連說“對弗住”。