管理學生，保護學生並為學生的前途著想不可忽視。隨著南洋辦學規模的擴大，難免有畢業生失業。唐文治曾借交通會議以提案的方式，呼籲交通部及相關部門對學校畢業生“廣為錄用”。而麵對1947年國統區爆發“反饑餓、反內戰、反迫害”的學生運動，國民黨當局準備對上海的學生下手時，唐文治斷然聯名上書上海市長等為本校師生辯護。
再次是課程教學管理。他的辦學思想極意注重中文，強調保存國粹，因此對國文特別重視。學校從一年級到畢業都開設了國文課，把國文作為一門主課，與理工科並重。中小學招生時，錄取與否，首先取決於考生的中文成績。招考時，試卷先批閱國文，國文成績不好，其他試卷不再批閱，考生也就失去了被錄取的希望。學校設置鐵路和電機專科以後，開設的課程、教學內容、教學方法和教學管理等都仿效歐美。延聘的教師（除國文外），均是受過西方近代大學教育的中外教師。專業課則以美籍教師為主。1910年唐文治還致函我國駐美使館，請代為索取美國大學的章程，以資參考。對於專科的課程設置，學校都以美國大學的同類專科課程設置為藍本，教科書也直接購自美國麻省理工學院和哈佛等名大學，竭力使學校專科所培養的學生達到歐美本科大學畢業生的水平。外語是向西方學習的工具，因而唐文治重視外語教學。他認為“蓋無論何種科學，均須熟嫻文法，方能窺其奧”。1910年學校成立西文科，為學生開設課外的外語補習課。同時成立英文大會，每年組織英文演講會、辯論會和作文競賽，優勝者給予獎勵。為使學生經常處於一個學習外語的環境中，學校還規定“在英文課及用英文教授各課時，誤用國語一語者，專科生罰銅元二枚，二、三、四、五年級生（指附中學生）罰銅元一枚”。又規定，專科生做作業和實習報告等均須以英文書寫。
從事任何一項事業都必須有良好的身體做支撐，唐文治十分重視學生體質，重視體育課程的設置，這是他辦學主張中的一個重要組成部分。他作為校長親自主管體育，成立體育會，做到普及與提高並舉。
唐文治非常早就認識到，培養工程技術人才必須有實踐機會，通過實習加強學生的動手能力。為此，他在校內開辦機械、電機等附屬工廠，以供學生實習試驗之用。實習分為校內實習和校外實習。校內實習，主要是結合課程教學進度，利用校內實驗設施和場所，由教師指導學生根據所學理論知識動手進行實踐操作訓練。至於校外實習則根據各專業具體情況而定。如鐵路專業，校外實習主要是鋪設路軌的實地測量；航海專業則被派往有關艦船練習操作；電機專業則去外地有關工廠進行參觀考察。
從唐文治為官出洋之時，他就認識到一個好圖書館對教育的重要意義，唐文治一直致力於建設一個出色的圖書館。1913年，隨著學校發展成一所實實在在的工業專門學校以後，麵對學校缺乏能有相應參考資料可供查閱的圖書館，唐文治又急又慚愧。1916年，在學校度過他當校長以來的第三次經濟危機以後，經過多次會商，他決定借舉辦學校成立20周年紀念會的時機，發起募捐活動，為建設圖書館籌集資金。當時的安排是“上則唐校長為文呈大總統，請求提倡，下則諸同學於社會上，四出勸募”。結果校外上自大總統黎元洪、總理段祺瑞，下自各工廠百姓都踴躍捐助；校內，則唐文治領銜，先捐1000大洋。籌款高潮是在1917年4月26—28日的校慶三日，當時盛況空前，數千來賓，紛紛解囊相助，據傳，甚至有女賓脫簪慨助。最後，勸募不到一年，籌集到款項5萬多元，加上交通部撥款3萬多元，最終，圖書館在1918年2月20日破土動工，1920年3月13日，正式舉行了圖書館開館典禮。當時館藏有中文圖書約2萬冊，西文圖書5千多卷，以及80多種中外雜誌，成為東南地區難得一見的圖書館。
由於唐文治的有效管理，南洋大學取得了空前的成就。在曆屆清華庚子賠款公費留美招考中，該校學生考試成績優異，如1916年庚款招收公費留美學生10名，該校中榜5名。該校學生在美學習的學生成績優秀，博得美國教育人士的好評。在20世紀的前半段時間裏，該校為中國工業建設造就了一批有較高科學技術水平的專業人才，誕生了一大批鐵路工程、機電工程、鐵道管理工程領域的專家、學者。如在抗日戰爭期間，負責修築滇緬鐵路的總工程師，負責修建樂（四川樂山）西（西昌）公路的副總工程師等出類拔萃的人才，均出自該校。