似此國中擾亂不已，人人將受其害。數十年間，中國將無太平之日矣。他甚至認為，中國數百年來號稱專製，其實專製並不完善。於是，就職伊始，便極力加強專製獨裁統治。首先是破壞責任內閣。袁世凱就任民國臨時大總統後，經其提名、參議院通過，任命僚屬唐紹儀為內閣總理，唐紹儀提名各部總長。
10名閣員中有4名為同盟會員，盡管他們隻占司法、教育、農林、工商4個被稱為“冷衙門”的部門，然加上唐紹儀後來也加入了同盟會，此屆內閣仍被人們稱為“同盟會內閣”。袁世凱發現，責任內閣成了他施政的阻力與障礙，事事都要通過內閣，重大法令必須經國務員副署才能生效，原以為能言聽計從的唐紹儀也發生了變化，主張與同盟會合作，強調遵守約法、對國家負責，發揮責任內閣的作用。於是，袁世凱故意架空唐紹儀，指使內務總長趙秉鈞等不服從唐紹儀的領導，處處刁難排擠唐紹儀，直至使唐紹儀及同盟會國務員全體憤然辭職。教育總長蔡元培、司法總長王寵惠、農林總長宋教仁、署工商總長王正廷（總長陳其美未到任），於6月21日、22日兩次聯袂辭職，袁世凱不準。
7月初，四人又赴總統府向袁世凱麵辭。
袁世凱道：“我代表四萬萬人挽留總長。”蔡元培答：“元培亦對四萬萬人之代表而辭職！”同盟會閣員堅辭，正合袁世凱心意，加之財政、交通總長也已辭職，袁世凱便任命親信趙秉鈞代理國務總理，采用威逼恐嚇之法迫使參議院通過補充閣員名單。趙秉鈞上任後，對公文概不批示，一切事務均直接請示袁世凱辦理，責任內閣完全成為臨時大總統袁世凱的附屬機關。其次是鎮壓國民黨。1912年，孫中山將所領導的同盟會改組為國民黨，並試圖組織政黨內閣，對袁世凱的權力加以限製。因此，袁世凱把國民黨視為實行集權的最大障礙，策動北洋軍警幹涉政治，逼迫國民黨人退出內閣，裁減南方各省的革命軍隊。
國民黨爭取參眾兩院多數席位、組織政黨內閣的活動中，宋教仁首當其衝。宋教仁字鈍初，號漁父，湖南桃源人，是實際主持國民黨的代理理事長（孫中山為理事長）。他認為共和國家必須實行政黨內閣，國民黨必須爭取議會多數。在他和國民黨人的共同努力下，參眾兩院的初選和複選，國民黨獲得占壓倒多數的席位，成為國會中的第一大黨。
1913年3月20日，宋教仁擬乘火車離滬北上，晚10時，在上海車站突遭凶徒槍擊，因傷勢過重搶救無效逝世，年僅三十二歲。
去世前，宋教仁口述致袁世凱遺電：願大總統開誠心，布公道，竭力保障民權，俾國會確立不拔之憲法。宋教仁慘遭暗殺，震驚全國，強烈要求查拿凶手，國民黨更深知此“非僅二三奸徒為之，而內幕中必有政治關係有力之人為之指使”，決定組織特別法庭處理宋教仁被殺一案，強烈要求嚴懲幕後指使人。
袁世凱起初故作“愕然”：“有此事乎？鈍初，中國特出之人才也！再閱數年，經驗宏富，總理一席固勝任愉快者。何物狂徒，施此毒手！”立即批準給予巨額優恤，並命查明宋教仁子數，派遣遊學深造。但隨著事態的發展，國民黨人偵緝、掌握了大量證據，使宋教仁被殺案的真相昭然天下，原來暗殺宋教仁的主謀正是袁世凱和趙秉鈞。
具體指揮者是上海幫會頭子應桂馨，直接凶手是被裁而流亡上海的前滇軍管帶武士英。
一時間，激烈抨擊袁世凱的輿論鋪天蓋地而來：
北京政府是“殺人政府”、“強盜政府”、“專製政府”、“背叛民國之政府”，“殺宋者袁，破壞民國者亦袁”！有的更入木三分地揭露袁世凱此舉的真正目的在於“厲行專製”，為“變更國體”張本：以堂堂民國之大總統、國務總理而行此心狠手辣之暗殺，是則古今中外所未聞，而為人神所共憤，天地所不容者。夫袁趙之殺宋，誌不僅在殺宋也，所以去平民政治與政黨內閣之主張者，藉以放膽厲行專製，為變更國體而張本也。袁世凱惱羞成怒，決心武力消滅國民黨。他公然踐踏剛剛成立、國民黨占多數席位的兩院國會權力，在國民黨公布宋教仁被殺案真相的4月26日當晚，命趙秉鈞等違法與英、法、德、俄、日五國銀行團簽訂了2500萬英鎊的“善後大借款”，作為發動戰爭的軍費。