因主持商務印書館而聞名遐邇的張元濟，本是前清翰林，他在取得功名、踏上社會之初，就遇到了戊戌維新。他曾為變法出謀劃策，而風雲變幻後的結果，卻是“革職、永不敘用”。但這一時期所確立的“要實行新政，必先啟迪民智”的觀點，成了他終身的奮鬥目標。此後他便投身商務印書館，辦圖書館，以出版物哺育一代代知識分子。一位淡泊的人，一生卻充滿了傳奇。清帝光緒於1898年6月11日詔定國是，決定變法。兩天以後，翰林院侍讀學士徐致靖以“國是既定，用人宜先”，上奏折“密保維新救時之才……委以行新政而圖自強”。徐在“密保人才折”中推薦了五人：康有為、黃遵憲、譚嗣同、張元濟和梁啟超。他對張元濟的推薦語為：“刑部主事張元濟現充總理衙門章京，熟於治法，留心學校，辦事切實，勞苦不辭。在京師創設通藝學堂，集京官大員子弟講求實學，日見精詳。若使之肩任艱大，籌劃新政，必能勝任愉快，有所裨益。”光緒帝立即命康、張兩人於6月16日預備召見。
當日黎明，康有為先被召入，一小時後退出。爾後再召張元濟進入勤政殿的東偏室。光緒先問通藝學堂有多少學生，學什麼功課。張元濟回答先學英語及算學。光緒說外交事關緊要，翻譯一定要重視，現在講求西學的人太少。又問有沒有開設鐵路課程，張元濟說通藝學堂沒有開，將來開辦大學堂，必須設立。皇帝的聲音頗低，但是語氣和藹。他不斷叫張元濟暢所欲言，不必有所戒懼。張元濟見氣氛較為寬鬆，就大膽提出了自己的想法。他說必須趕緊預備人才，洋工程師斷不可靠，應該責成大學堂認真造就。張元濟建議光緒注重翻譯，確是關鍵所在，如果駐外公使、領事都能得人，外交一定會漸見起色……張元濟還請皇上堅定變法意誌，不要聽信異說；希望延見群臣，宣傳提倡變法之要，以減少阻滯……
皇帝著意傾聽，不知不覺談了很多。召見的時間不到三刻鍾——這對品級很低的年輕官員已是一次特別的恩遇了。因為按規矩，非四品以上大臣，是不能召見的。
9月5日，張元濟又給光緒帝上了一份主題為“時局艱難，變法自強亟宜痛除本病；統籌全局，以救危亡而成盛業”的奏折，全麵陳述了他對變法的見解，並對今後的國家行政、政權建設，提出了五項建議，每項有詳細的要點和步驟，全文七千字。此時已是百日維新的後期。張元濟其實對變法的結局已有所料，但仍然提出了如此之多的建議，不僅十分大膽，主要還是出於一種中國傳統知識分子“知其不可為而為之”的堅韌品性；另一方麵，也是為報光緒的知遇之恩。
9月21日，慈禧再度垂簾，光緒被軟禁，變法失敗。此時，一介儒生的張元濟居然又去見了李鴻章，聲稱，如今太後和皇上意見不合，或許會對皇上別有舉動，此非社稷之福，中堂大人一身係天下之重，若能說句話，或可有轉變希望。老謀深算的李鴻章被驚呆了，睜大眼睛看著張元濟，什麼話也說不出。張元濟黯然退下，不再多說。
譚嗣同等六君子遇害後，一時間天天有人被抓。外麵也謠傳馬上要逮捕張元濟。為不讓在家老母受驚，張元濟就天天到衙門上班，早到晚退。一個半月後，張元濟與王錫蕃、李嶽瑞同處“革職，永不敘用”。張元濟見到官報，送給母親看。母親處之泰然，說了句“兒啊，有子萬事足，無官一身輕。”
11月初，張元濟舉家離京到上海，開始了另一種與以前完全不同的生活。
他晚年曾對兒子說，自己一生見到過5位第一號人物：光緒、孫中山、袁世凱、蔣介石和毛澤東。他覺得光緒雖然懦弱，但還是一位想把國家搞好的皇帝。他對光緒始終抱有難忘的知遇之情。
張元濟一生不曾參加任何政黨和組織，“君子不黨”是張元濟一生遵守的處世原則。
早在百日維新之前，張元濟任刑部主事、總理衙門章京，被維新官員翰林院侍讀學土徐致靖以“熟於治法，留心學校，辦事切實，勞苦不辭”相推薦，與康有為同日被光緒皇帝召見，參與變法。可是張元濟認為“餘與長素（康有為）政見不盡相合”。他認為“今之自強之道，自以興學為先”，沒有一批維新的官吏及近代管理人才，新政無從談起。特別是他看不慣康有為虛張聲勢的急進姿態，及百日維新中天天下新詔令這種漫無步驟又操之過急的做法，他在給光緒上的奏折中說：“雖曰變法，終涉皮毛而不能得其實際也，凡行事有一定秩序，非預為布置。握要以圖。”此外張元濟不能容忍維新人士道德上的缺陷。章太炎曾經這樣評論維新人士的個人品質，他認為譚嗣同、楊深秀“卓厲敢死”，無可挑剔；而林旭輕薄“佻達”，楊銳“頗圓滑知利害”。在維新人士炙手可熱時，巴結他們，向他們饋贈以求高升的不少，而楊銳特別熱衷於此，“饋獻者踵相接，今日一袍料，明日一馬褂料，今日一狐桶，明日一草上霜桶，是以戀之不能去也。”張元濟自然離他們而遠去。雖然張元濟在某些方麵與章的看法不同，如林旭，張元濟在與之接觸中，感到他“絕無浮囂氣”。而對康有為的為人處事頗為反感，他在聽了康有為在成立保國會時的演講後，就對汪大燮說：“其意在聳動人心，使其思亂，其如何發憤，如何辦法，其勢不能告人。”這個看法自然帶有一定的片麵性，可是他說起康有為在刻書時，“惟每說及己，則稱康學，而康字必大餘字數倍”，以自誇炫耀，卻是有根據的。因此在維新變法中，張元濟不去依附康有為，不入康黨，是公認的事實。在變法失敗後，張元濟是這樣概括評價康有為的：“康固非平正人，然風氣之開，不可謂非彼力。”