阿沛·阿旺晉美的一生中，曾經數十次見過毛澤東。他第一次見到毛澤東是在1951年4月，他在北京參加和平談判時，應邀參加“五一”節慶祝活動。
在天安門城樓上，毛澤東親切接見了阿沛·阿旺晉美一行。毛澤東緊緊握著他的手說：“歡迎你們來啊！你們從遠道來，一定很辛苦了！”阿沛·阿旺晉美等也按照藏族的風俗習慣，向毛澤東敬獻了哈達。站在雄偉壯觀的天安門城樓上，看著千千萬萬遊行群眾歡呼雀躍，真誠熱愛毛澤東，看著作為泱泱大國的最高領袖的毛澤東，如此兄弟般地對待少數民族，阿沛·阿旺晉美的心被深深地感動了。聯想到在北京的所見所聞，他感到，那個民族壓迫的舊時代已經過去，一個民族平等、團結、互助的新時代已經開始，西藏人民的幸福生活就要來到了。
5月23日，也就是“十七條協議”簽訂後的第二天，毛澤東在中南海正式接見阿沛·阿旺晉美和西藏談判代表，同他們進行了長時間交談，向他們介紹了黨和國家的民族政策，說明共產黨和中央人民政府對西藏工作的宗旨，就是為西藏民族和西藏人民謀利益。
當晚，為歡慶“十七條協議”的簽訂，毛澤東舉行盛大宴會。宴會開始前，毛澤東又同阿沛·阿旺晉美談話，毛澤東打開一本國民黨時期的地圖冊，對他說：“你看，國民黨把西康和西藏的分界劃到了工布江達一帶，以東為西康，以西為西藏。我們今後還是以金沙江為界，金沙江以東為西康，以西為西藏。”昌都地區過去實際上是西藏地方政府管轄的，毛澤東的這個決定，是根據西藏的實際作出的正確決策。
“十七條協議”簽訂後，毛澤東一直關注著協議內容的貫徹落實情況。就在協議剛剛簽訂不久，毛澤東就指示中央駐藏代表張經武、第18軍軍長張國華、政治委員譚冠三，要求他們“在西藏考慮任何問題，首先要想到民族和宗教問題這兩件事，一切工作必須慎重穩進。”
1952年初開始，西藏上層中的民族分裂分子組織了偽“人民會議”，進行反對“十七條協議”的活動，在拉薩策動武裝騷亂，進行請願、示威，還包圍了阿沛·阿旺晉美的住宅。
毛澤東對西藏局勢和阿沛·阿旺晉美的人身安全極為關注，他指示中共西藏工委，要領導愛國僧俗人民進行有理、有利、有節的鬥爭。根據毛澤東的指示，中央代表張經武給達賴喇嘛和西藏地方政府寫信，揭露偽“人民會議”的背景和險惡用心，迫使達賴喇嘛撤消了兩個分裂主義頭子的司曹職務，並宣布偽“人民會議”為非法，立即解散。阿沛·阿旺晉美廣泛團結進步人士，開展艱苦細致的工作，爭取和穩定了大多數思想動蕩、態度搖擺的上層人士，孤立和打擊了一小撮分裂分子，穩定了西藏局勢。
“文化大革命”開始後，作為西藏自治區人民政府主席，阿沛·阿旺晉美處境也非常艱難，在周總理的親切關懷下被接到北京，並參加了1966年的“十一”國慶觀禮。在天安門城樓上，毛澤東提出要見一見回京不久的阿沛·阿旺晉美，因為當時沒有翻譯，隻進行了簡短的交談。1970年“五一”觀禮時，毛澤東陪同柬埔寨國王西哈努克親王登上天安門城樓，當看見了阿沛·阿旺晉美之後，親切地向西哈努克親王介紹說：“這是西藏自治區人民政府主席阿沛·阿旺晉美。”在這麼盛大的場合，毛澤東給予阿沛·阿旺晉美以極大的關心，使他深受感動，並因此機緣他和西哈努克親王也成了好朋友。
阿沛·阿旺晉美最後一次見到毛澤東，是在1972年陳毅的追悼會上。年事已高的毛澤東，雖然自己也身患疾病，但仍然關心著阿沛·阿旺晉美，親切地詢問他“身體還好嗎”、“是不是還住在北京”。這一切，都給阿沛·阿旺晉美留下了難以磨滅的深刻印象。多年以後，阿沛·阿旺晉美曾動情地說：“我願把這些幸福的微笑和由衷的感激，編織成一條潔白的哈達，敬獻給九天之上的毛主席！”