盡管中央政府在西藏做到了仁至義盡，但是西藏反動派看到廣大農奴群眾日益覺醒，民主改革遲早終會發生，居然孤注一擲，在1959年3月策動了叛亂。
其實，這場叛亂是蓄意已久、精心策劃的，其目的是反對在西藏進行民主改革，企圖分裂祖國。1959年3月10日，達賴喇嘛自己選定要去西藏軍區觀看文工團的節目演出，反動分子們認為有機可乘，製造和大量散布了“西藏軍區要把達賴喇嘛和噶廈政府的主要官員抓上飛機送往內地”這樣一個完全無中生有、荒唐離奇的謠言，煽動群眾鬧事。3月10日上午8點多，拉薩街頭一片混亂，人們哭喊著奔走相告：“到羅布林卡去保護如意至寶（達賴喇嘛）吧，漢人要把他劫走了。”這喊聲對於篤信宗教的藏族人民來說無疑是一聲炸雷。於是，人們懷著震驚、惶惑、恐怖的心情，湧向羅布林卡，以保護達賴為名，包圍了羅布林卡，揭開了武裝叛亂的帳幕。這就是後來發展成為全麵武裝叛亂的“三·一零事件”。
值得注意的是，這個謠言不僅在當時欺騙了很多人，而且在很長時期中，大多數國外藏胞對此深信不疑。一些回國探親的藏胞談到叛亂的原因時，都異口同聲地重複這個謠言的內容。在西藏地區，不但青年人不了解事件真相，連許多老年人也長時間受這個謠言的迷惑而心存疑團。阿沛·阿旺晉美是事件全過程的知情人和目擊者，深感有責任把真相公諸於世，他在不同的場合多次說明事件真相，1988年他還就此專門發表過一篇短文，在紀念西藏民主改革40周年的時候，他又再次撰文予以說明，其目的就是為了徹底消除曆史的迷霧，還曆史以本來麵目，使後人懂得西藏民主改革的勝利成果來之不易，付出了血的代價，值得倍加珍惜。
這件事件表明，以達賴為首的賣國者的反動麵目完全暴露在西藏各族人民麵前，暴露在世界人民麵前了。由於黨的民族政策深入人心，西藏人民對他們的叛亂深惡痛絕。廣大群眾積極協助人民解放軍，僅3天就消滅了拉薩的叛匪，不久就平息了西藏境內的叛亂。
事件發生後，中央人民政府總理周恩來於1959年3月28日簽署國務院命令，宣布“為維護國家統一和民族團結，除責成中國人民解放軍西藏軍區徹底平息叛亂外，特決定自即日起，解散西藏地方政府，由西藏自治區籌備委員會行使西藏地方政府職權。”命令撤銷了籌委會委員中一批叛國分子的職務，任命常務委員兼秘書長阿沛·阿旺晉美為副主任委員兼秘書長。
4月中旬，阿沛·阿旺晉美和班禪額爾德尼到北京參加第二屆全國人大一次會議，向中央彙報了相關情況。周恩來總理舉行宴會，歡迎阿沛·阿旺晉美等西藏自治區籌委會負責人。周恩來強烈譴責了西藏反動集團的武裝叛亂，並真誠地說，阿沛·阿旺晉美等一些委員，一貫擁護中央，堅決維護祖國統一和民族團結，為西藏人民做了不少有益的事。周恩來表示相信，在黨和中央人民政府的領導下，西藏自治區籌委會一定能夠出色地完成任務，使西藏迅速實現民族地方自治。
1965年全國三屆人大會議之後，周恩來與阿沛·阿旺晉美等人談話時再次指出：“達賴背叛祖國，跑到外國去了。你們站在人民一邊，跟著黨走，這很好。”周恩來鼓勵他們今後繼續站在人民一邊，一直跟著黨走。