中央政府非常關心西藏的民主改革。1956年陳毅副總理率中央代表團到拉薩慶祝西藏自治區籌委會成立。在自治區籌委會成立大會上，曾做過關於進行民主改革準備工作的決定。西藏平定叛亂之後，原西藏地方政府已經解散。毛澤東在北京接見阿沛·阿旺晉美時指出，西藏民主改革的問題，隨著叛亂的迅速平定，現在已經有了條件，要根據西藏的特點逐步改革，在改革中要嚴格執行政策，要團結各階層的愛國僧俗人民，要區別對待沒參加叛亂的、被裹脅參加叛亂迅速投誠的和堅決參加叛亂的農奴主，保護宗教信仰自由和文物古跡。1959年3月21日，中共中央發布了《關於在西藏平叛中實現民主改革的若幹政策問題的指示（草案）》。
根據黨中央、毛澤東的指示，西藏自治區籌委會於1959年7月召開第二次全體會議，作出了關於進行民主改革的決議，從此開展了轟轟烈烈的民主改革運動。
在平息了3月10日的叛亂後，恰逢西藏地區的春耕播種時期。西藏工委於4月4日報請中央批準，確定了一個“誰種誰收”的政策，加上風調雨順，當年農牧業都獲得了豐收。這樣，當年的糧食生產問題解決了，老百姓的生活有了保障，西藏的民主改革就有了更堅實的基礎。
在封建農奴製社會，農奴沒有自己的土地，沒有人身自由，連自己的身體都不屬於自己，祖祖輩輩受壓迫、受剝削，哪裏來的生產勞動積極性呢？他們基本上還是奴隸！在黨的領導下，實行民主改革，農奴成了新社會的主人，成了西藏土地的主人，有了自己的土地，生產熱情就高漲了。生產發展了，生活就得到了顯著的改善和提高。
在民主改革過程中，阿沛·阿旺晉美經常深入調查研究，針對有些地方的土地改革出現操之過急的問題。阿沛認為，過去封建農奴製社會，農民受壓迫，受剝削，生活一直很苦，民主改革後，有了自己的土地，又獲得豐收，生活有了明顯改善，需要有一個相對穩定發展的時期，有些政策的出台不能太快太急。
中央政府高度重視阿沛·阿旺晉美的意見，指出西藏目前應該穩定發展，就是要穩定一個時期發展個體經濟，可以先搞互助組形式，短時期內不搞合作社，連試點也不搞。讓剛翻了身的農奴休養生息，嚐嚐自己土地的香味，嚐到民主改革帶來的好處。事實證明，中央提出穩定發展的方針，不照搬內地省份的做法，短期內不辦農業合作社，是完全正確的，是符合西藏實際情況的。
因此，在西藏進行的民主改革，沒有像內地土改那樣劃分地主和富農階層。這是因為西藏地區是封建農奴製經濟，沒有或隻有極少數的自耕農，沒有自由雇工，所以還沒有達到資本主義經濟形態，因此西藏沒有富農經濟和富農階級。此外，西藏如果硬要按照內地的做法劃出一個富農階級，不僅不符合實際，還容易混淆敵我界限，擴大打擊麵，達不到團結大多數、孤立打擊極少數的目的。
阿沛·阿旺晉美按照中央政府的指示精神，在西藏自治區黨委的領導下，參與主持製定了西藏民主改革的方法、步驟和許多具體政策，使西藏的平叛和民主改革順利進行並取得成功。阿沛·阿旺晉美從西藏的實際出發，把堅定的革命原則和靈活的策略相結合，除對叛亂的農奴主實行沒收政策以外，對未參加叛亂的農奴主和其他上層人士實行贖買政策，這成為在西藏解決民族問題的一項成功創舉。通過民主改革，推翻了罪惡的封建農奴製，百萬農奴徹底翻身解放。阿沛·阿旺晉美為西藏民族的發展進步，為西藏人民的自由幸福，作出了重要貢獻。