在與榆林地方部隊保持良好關係的同時，鄧寶珊注意密切與陝甘寧邊區的關係。到達榆林後，鄧寶珊在綏德設立辦事處，陝甘寧邊區警備司令員陳奇涵、八路軍留守兵團司令員蕭勁光、陝北聯防司令員高崗等八路軍將領先後到榆林與鄧寶珊晤談，達成和平相處的口頭協定，雙方決定共同協守黃河防線，並劃定了明確的防守區域。位於陝北綏德地區和山西臨縣交界處的磧口和軍渡，是陝甘寧邊區與前方各抗日根據地的兩個重要通道，由於八路軍與鄧寶珊建立了良好關係，這兩個通道一直暢通無阻。日寇兩次進犯山西保德和陝北府穀兩縣，鄧寶珊率部渡河迎頭痛擊，八路軍和共產黨領導的山西新軍則從側翼截擊，迫使日軍倉皇撤退。鄧寶珊對八路軍的重要支持之一，是維護延安到榆林交通的暢通。鄧寶珊命令部屬說：“你們的任務是維護陝甘寧邊區到榆林這一段公路和交通安全，保護來往車輛和人員順利進入。”蔣介石、胡宗南曾私下三令五申封鎖進入陝甘寧邊區的人員和物資，但鄧寶珊都不予執行。不僅貨運無阻，人員往來方便，還盡量利用私人關係，從國統區為延安方麵采購急需的物資。延安方麵則對鄧寶珊部隊赴西安接運武器彈藥、被服裝備以及從關中接收壯丁等，都給予借道北上的充分方便。毛澤東還指示中國共產黨有關負責同誌在處理與鄧寶珊的部隊和駐地的關係時，要充分照顧鄧寶珊在國民黨內的處境，雙方真正體現了“互助、互讓、互諒”的精神。
在抗日戰爭期間，坐鎮榆林的鄧寶珊與陝甘寧邊區和睦相處、協同抗日，取得了積極的成效。榆林是國民黨政權在陝北僅存的一個據點，也是陝甘寧邊區北麵的屏障。在關係民族存亡的抗日戰爭中，有鄧寶珊這樣一位主張國共合作、團結禦侮的高級將領左右其間，可說是民族之幸。毛澤東對鄧寶珊這些年來頂住蔣介石的壓力、保護陝甘寧邊區的功勞給予了很高的評價。1938年，當毛澤東聽說鄧寶珊路過延安的消息，即對其熱忱挽留，備宴接風，從此開始了兩人數十年的接觸和交往。1944年12月22日，毛澤東在致鄧寶珊的信函中說：“八年抗戰，先生支撐北線，保衛邊區，為德之大，更不敢忘……隻有人民的聯合力量，才能戰勝外寇，複興中國，舍此再無他路。”