1948年12月5日，東北野戰軍長驅入關，與華北部隊配合，發起平津戰役，將傅作義的部隊包圍在北平、天津、張家口之間。在當時進行的和平解放北平的談判中，傅作義曾先後派代表兩次與我談判，都未能達成協議。這時，鄧寶珊應傅作義電邀到達北平，一方麵與我黨加強聯係，一麵與傅作義推心置腹進行商談，使傅作義下了決心，接受中國共產黨的和平建議，並委托鄧寶珊擔任全權代表，出城與中國人民解放軍談判，他出任博作義的談判代表，頻頻往返於北平與解放軍平津前線駐地之間，終於達成和平解放北平的協議。鄧寶珊對促成北平的和平解放作出了重大貢獻。
1949年2月12日，毛澤東在河北平山縣西柏坡親切接見了傅作義、鄧寶珊，熱烈歡迎他們站向人民一邊的正義行動，充分肯定了他們為保護千年古都的珍貴文物、建築和人民生命財產安全，以及偉大的人民解放戰爭的順利進行作出的貢獻。1949年3月，黨中央遷到北平，3月25日下午，毛澤東在西苑機場檢閱人民解放軍，特邀傅作義、鄧寶珊參加了檢閱，這是共產黨給他們的崇高榮譽。
北平的和平解放，使這一曆史文化名城及兩百萬黎民百姓的生命免遭塗炭。為爾後湖南、新疆、雲南、西康的和平起義樹立了榜樣。當時，北平的《新民報》曾就鄧寶珊促成北平和平解放發表文章說；“他是一把鑰匙，傅先生這把鎖，隻有他可以打開。”
1949年，綏遠和平解放的時機成熟，但國民黨反動派極力進行破壞，曾派前軍令部長徐永昌、空軍總司令王叔銘前去綏遠，企圖阻止起義。9月，傅作義、鄧寶珊受毛澤東、周恩來的委托，一起親自去綏遠，防止了同民黨的破壞，協助董其武實現了綏遠國民黨軍隊的和平改編和綏遠的和平解放。綏遠和平解放後，毛澤東、朱德以及聶榮臻、薄一波曾發電報祝賀，賀詞中說：“自從傅將軍領導和平解放後，人民表示歡迎，反動派表示反對，反動派還企圖破壞綏遠軍民和平解放的努力，但是終歸失敗。”在綏遠期間，鄧寶珊還為寧夏馬鴻賓部隊的起義做了一些有益的工作。由於鄧寶珊所作出的貢獻，1955年，他和傅作義一起被授予一級解放勳章，以表彰他在人民解放事業中的勞績。