1949年5月9日，在中國人民解放軍第一野戰軍司令員兼政委彭德懷的指揮下，人民解放軍開始了解放大西北的征程。在解放了西安，經過了扶眉大戰，在平涼大勝馬步芳、馬鴻逵後，人民解放軍一路凱歌，向蘭州逼近。
1949年8月，蘭州解放前夕，國民黨甘肅省政府主席郭寄嶠見大勢已去，托故赴廣州不返。李宗仁隨即通告馬鴻逵為甘肅省政府主席，馬鴻逵卻遲遲未能到職。原來是另有因由，時任西北軍政長官的馬步芳一麵對馬鴻逵施加壓力，迫使其不敢到職，一麵對甘肅省政府作進一步控製，目的是要讓他的兒子馬繼援就任甘肅省政府主席一職。馬步芳的如意算盤尚未得逞，中國人民解放軍已進逼蘭州。8月25日，麵對勢如破竹的人民解放軍，國民黨長官部強令甘肅省政府撤離蘭州。部分職員從蘭州逃往武威，再到張掖、酒泉。就在部分殘餘職員準備繼續逃住新疆前，蘭州解放了，國民黨甘肅省政府隨即宣布解散。
1949年9月，在參加了第一屆全國政協會議和開國大典之後，毛澤東對鄧寶珊說：“蔣介石不信任你，始終不讓你當甘肅省主席，我們要讓你回甘肅做甘肅省主席，相信你一定能做好工作！”鄧寶珊對此卻有所顧慮。他思前想後，自己曾經是國民黨高級將領。在西北戰場上，他曾兩次與彭德懷在榆林兵戎相見。一想到現在彭德懷主持西北的工作，鄧寶珊對自己擔任甘肅省人民政府主席的前景，仍是憂心忡忡，希望自己的後半生能像傅作義搞水平那樣，去搞一些實業。毛澤東猜透了他的心思，語重心長地勸道：“甘肅是個多民族省份，民族關係有些複雜，現在還很貧困，你還是回甘肅任職，甘肅人民需要你，賀老總和彭老總都很歡迎你。”
新中國成立前夕，國民黨起義人員中，被任命為省主席的，全國各省隻有甘肅的鄧寶珊和湖南的程潛，朋友們紛紛來向鄧寶珊祝賀。同鄧寶珊曾一度在甘肅共事的邵力子，很有感慨地說：“從前，我三次向蔣介石舉薦你這個甘肅人擔任甘肅省主席，都沒有任命。共產黨一建國就起用了你，可謂知人善任。”
和新中國一樣，一切新氣象都在昭示新時代的政府將是人民的政府，新時代的人民將迎來嶄新的生活。帶著新中國誕生第一年的重大任務，甘肅人民迎來了具有特殊曆史意義的日子。
1950年1月8日，甘肅省人民政府宣告成立。當日發布的甘肅省人民政府布告稱：“1949年12月2日中央人民政府委員會第4次會議通過任命鄧寶珊為甘肅省人民政府主席，王世泰等為副主席。”這一天，蘭州市舉行了聲勢浩大的慶祝大會，鄧寶珊宣布完布告後，熱情洋溢地發表了致辭。鄧寶珊在致辭中特別強調說：“甘肅省人民政府的組織，和中央人民政府以及各級地方人民政府一樣，是建立在人民民主統一戰線的基礎上的。由於領導統一戰線的是工人階級及其先鋒隊中國共產黨，因此，省人民政府必須接受中國共產黨的領導，接受主席的領導。”
隨後，西北軍政委員會副主席張治中及中國人民解放軍第一野戰軍政治部主任甘泗淇也在甘肅省人民政府成立大會上分別講話，回族、藏族等各族群眾代表獻上鮮花，熱烈祝賀甘肅省人民政府的成立。蘭州市舉行了盛大的群眾遊園活動，據當時的報紙記載：“蘭園和中央廣場就像大海裏小的漩渦，時常翻起洶湧的浪花，有些秧歌隊一直扭進軍營會中去，並在裏麵表演了秧歌短劇，這是政府與人民同樂的美好象征。”誠如報紙社論所言，甘肅省人民盼來了渴望已久的自己的新政府，舊時代徹底結束，甘肅600多萬同胞從此進入了社會主義建設的新時代。
甘肅省人民政府建立以後，鄧寶珊擁護中國共產黨的領導，在任職期間，尊重黨組織意見，與黨內幹部真誠相待，密切合作。由於種種曆史原因，解放初期，甘肅的民族關係比較緊張，社會治安不夠安定。鄧寶珊積極做民族、宗教上層人士的工作，引導他們把本民族的命運與國家的發展前途緊密地聯係起來，消除曆史成見，揭露特務和反動分子破壞民族團結的陰謀。鄧寶珊長期主持甘肅省政府的工作直到逝世，他非常重視調查研究，注意聯係群眾，體察民情，傾聽群眾的意見，在任職期間，足跡遍及全省70多個縣市。甘肅解放後的短短幾年中，出現了民族團結、經濟恢複的大好形勢。