左宗棠看過奏疏後，不覺惱羞成怒，認為孫鏘鳴此舉是“阻籌餉、誤軍務”，決定予以反駁。他上書朝廷，指責孫鏘鳴“在局辦團激變，輒行委過於地方官，以縱匪釀亂，飾詞陳奏”。同時，將周開錫試辦鹽厘、以殺立威之事的責任統攬在自己身上，對孫鏘鳴奏劾的其他幾名官員，也一一為之開脫，不是“保其無貪虐之事”，就是“無從查悉”，實在開脫不了的，就說自己已“責令設法了結”。更為厲害的是，最後還倒打一耙，說孫鏘鳴劾奏溫州原知府黃維誥釀成金錢會匪之變一節，實際上是地方紳團孟浪所致，而孫鏘鳴作為溫州地方團練白布會的總頭目，更有著不可推卸的責任。如此，也就輕而易舉地把孫鏘鳴這個原告，推到了被告席上。
左宗棠時任浙閩總督，乃朝廷封疆大吏，而孫鏘鳴不過區區一翰林侍讀學士。再說孫鏘鳴奏疏涉及多名溫州地方官員，打擊麵太大，加之某些情節與事實也有出入之處，因此雙方之爭，孫鏘鳴的敗局已定。
同治三年正月初三，清廷下諭：“該侍讀學士以在籍久經辦團，迭邀遷擢之員，宜如何公正為懷，力圖報效。今據所奏各情，是其徇私挾嫌，居心實屬險詐，孫鏘鳴著即勒令休致！”
勒令休致，就是強迫退休，孫鏘鳴從此告別仕途、結束了政治生涯。去官歸裏後，他悉心著述與教學，曾相繼掌教過蘇州的正誼、南京的鍾山和惜陰、上海的龍門和求誌以及瑞安的玉尺、平陽的龍湖、永嘉的東山等多處書院，桃李遍布天下。這一期間，李鴻章、沈葆楨曾多次保薦他複出，均被拒絕。左宗棠嗣後也覺得對孫鏘鳴的處理似有不妥之處，曾說：“益深知公論之不容誣也。”
光緒十二年（1886），李鴻章在《蕖田師七十壽序》中，把孫鏘鳴為何罷官的來龍去脈講得非常明白，並為自己未能出手相救座師辯解說：“先生之去官，鴻章方治兵，力能白其事。當其時，朝廷詔書屢以調和責諸路將帥。鴻章於先生既有師弟子明黨之嫌，又懼涉於岐梁洛蜀交爭之跡，不能執公論以明天下之是非，至今思之，愧負明義！”
李鴻章深諳官場潛規則，他未能出麵為座師開脫，自然有他的原因。但就孫鏘鳴本人而言，罷官又未必不是一件好事。他被勒令休致後，反倒成就了人生另一番事業的輝煌，不僅在教書育人方麵成績卓著，而且還精研永嘉學派經世致用學說，致力於鄉邦文獻的整理，曾校勘孫希旦的《禮記集解》，並著有《東甌大事記》、《海日樓詩文集》、《呂氏春秋·高注補正》、《陳止齋年譜》等。他所築的“海日樓”藏書僅次於玉海樓，所撰瑞安飛雲閣、瑞安卓公祠等聯，膾炙人口、廣為傳播，迄今尚被後人津津樂道。