聽到此，魏裔介忙補了一句道：“皇上，眼下本朝由於種種原因不願撤藩，但是三藩的軍隊多，糧餉開支巨大，出現了‘天下財賦，半耗於三藩’的局麵。三藩以邊疆未靖為借口，向本朝要挾，軍費、額餉必不可減。臣下首先建議把三藩的滿洲兵統統調回北京，並裁去兩萬綠營兵。”
這時，刑部尚書明珠提出了異議：“魏大人對三藩實施裁軍，計策可嘉，可是這一舉動在藩王看來就等於朝廷對他們釜底抽薪，藩王當然不會同意，會為此挑起戰爭的。”
明珠所言，康熙帝聽後覺得不無道理，他對藩王之事再次為難起來。康熙決定要暫且把撤藩之事先放一放，等待時機成熟之後再行決議。
“好，就這樣吧！朕就先來辦理這三件大事！三藩嗎？不可操之過急，應慎重行事。這河務，漕運，關係到整個國家，幾千萬百姓的切身利益。魏愛卿時下你就專職負責這河務與漕運，疏通好河道讓其水流順暢，滋益農田，不再讓百姓受淹、受災。管理好漕運，讓天下糧資能夠輸運通達。此兩事利國益民啊！”
“臣遵旨。”魏裔介領旨道。
接下來，魏裔介據圖查閱地形，派遺使者親臨勘察，反複論證。魏裔介首先對手下的諸臣道：“黃河乃我炎黃民族發祥之河，賴以生存之河，但曆年來水患甚多，殃及兩岸百姓。應及時治理。”
魏裔介經實地查勘，並結合曆史水文資料，對治理黃河采取的首要辦法是先疏浚下遊河道。有疏浚還要有堵截。但疏浚與堵截要相互並用兼施。在下遊用疏浚的辦法，使洪水流歸舊河道，能夠順利入海；在上遊則用堵截的辦法，使洪水流歸舊河道，不至於潰決向下遊漫延。黃河的流勢是從西北向下流，經過清口，流出雲梯關入海；淮河從西南而來，也流經清口，出雲梯關入海。若使兩條河流並行，利用淮河的清水衝刷黃河的濁水，這樣洪水會在河床底部下泄，入海口自然會被衝刷得加深，這樣黃河南北兩岸自然不會潰決，也利於漕運行船。
經過一番治理，河務、漕運之事皆現成效。
魏裔介極其負責的管理河務、漕運，使困擾清政府多年的利民工程得以治理，得到了康熙帝的大加讚賞。
一日，康熙帝麵對群臣對魏裔介讚道：“在魏裔介的主治下，僅用了幾年的時間就使黃河、淮河、大運河、長江等國內主要大江、大河得以有效治理，大多江河經過的流域，農田能得以灌溉，流域農民少災少憂，漕運通暢。朕心裏歡喜啊！今日朕要大擺禦宴，宴請群臣！”
幾杯過後，君、臣暢所欲言。康熙帝對魏裔介道：“魏愛卿，朕問你一事，近日有吏部官員向朕提議，國朝各道府、州、縣應盡用滿州官員。你以為如何？”
魏裔介心想：這是激化民族矛盾之舉，定是別有用心者之策，應斷然阻止。可他並沒有直言，婉轉道：“皇上，這事情怎麼不可以？但是各道、府、州、縣的公文、檔案都是漢文，又不便全部翻譯成滿文。如想盡用滿官，就必須選用既精通漢文又精通滿文的人。”
“愛卿言之有理，本朝哪裏有那麼多精通滿、漢文字的滿人官員呢？唉……此事還是免議吧。”康熙帝擺擺手說。
康熙帝又言：“這三年一遇的會試期即到。魏愛卿，朕就命你為本科會試主考官，為國選賢，你要確實負起責，命好題。”
“臣遵旨，臣決不負皇上重望，以謝皇恩。”魏裔介領旨。
對於這次會試，魏裔介不敢有絲毫馬虎。他會同其他考官如龔鼎孳、王清、梁清標、田逢吉等入駐貢院，緊閉院門，足不出戶，夜以繼日地參閱前科試卷、考題，詳加議定，認真命題，力爭使本會試題意一新。為此他在命題前與諸臣道：“諸位大人，為國選士，就是選幫助朝廷治理天下的人。治理天下必須得到能治理的人才。因此，對於這次考察的對象，在選題上應能測出其在治理國家上的遠見與主張，再考察他們的實際辦事能力。這選拔人才的原則重視的是品行篤實。也就是學業和品德兼備，要嚴格把關。”
經過一係列的考前準備，大考時日終於來臨。
考生陸續入場，主考官采取抓鬮的辦法決定了先前準備好了的試題，經過三場考試，共錄取滿漢新科進士二百餘人，複試文詞後，分上、中、下三等卷上奏，康熙帝又親定二十七人為庶吉士。