內部控製與現代審計有著十分密切的關係。
1.促成了現代審計方法和程序的變革
內部控製的形成和發展，導致審計工作轉向依賴企業的內部控製製度，相應減少了對經濟業務和會計記錄的審核數量，研究和評價內部控製的狀況成為審計業務中普遍運用的重要方法，使現代審計發展成為“製度基礎審計”。
2.縮小了檢查範圍，節省了審計時間
審計可以說成為搜集、分析審計證據、對審計對象做出審計結論。一般來講，審計證據=資料證據+檢查證據。所謂資料證據，是指證明經濟業務的會計記錄和其他數據；所謂檢查證據，是指審計過程中實際獲得的證據。資料證據越客觀，質量越高，檢查證據就可以減少；反之，資料證據不可靠、不完整，就須增多檢查證據方能據以做出正確的審計結論。由於良好的內部控製可以防止會計記錄發生差錯或能及時糾正出現的差錯，因此，企業的內部控製越好，會計記錄和有關資料越可信，可信賴的程度越高，就可以減少檢查數據的數量，從而縮小檢查範圍，節省審計花費的人力、時間和費用。
3.擴大了抽樣審計方法的運用
現代審計的另一重大發展，是抽樣審計的形成和推廣。CPA運用概率論與統計原理於審計中，用合理地抽查一部分經濟業務與會計記錄的方法，據以推斷或確定全部經濟業務或財務報表的真實性和公平性。抽樣審計可以在較大程度上節省審計人力、時間和費用。但由於它不是對全部經濟業務和會計記錄的詳細檢查，因而對據以達成的審計結論是否客觀、全麵和正確的問題，以及事後是否會出現風險並無把握，從而限製了這一方法的可行性。但由於內部控製的日趨嚴密和有效運轉，使得抽樣審計的方法的推廣成為現實。
4.擴大了審計領域，發展了現代審計職能
既然對內部控製的研究與評估結果能夠確定審計中的檢查範圍、檢查數量和所需時間，因而就把測試內部控製納入了審計對象。很顯然，審計人員為使內部控製可以依賴，就要促使委托人改善和健全內部控製。同時通過施行遵行性審計程序，會提示出內部控製中的缺陷或薄弱環節，並提請委托人加以糾正和改進，以幫助其采取消除產生弊端和錯誤的措施，這樣就擴大了審計的領域，加重了審計人員的責任。
因此，內部控製既是被審計單位對其經濟活動進行組織、製約、考核和調節的重要工具，也是注冊會計師用以確定審計程序的重要依據。
CPA在執行會計報表審計業務時，不論被審計單位規模大小，都應當對相關的內部控製進行充分的了解，並確定是否進行符合性測試以及將要執行的符合性測試的性質、時間和範圍。但對被審計單位內部控製的了解和符合性測試，並非會計報表審計工作的全部內容。內部控製良好的單位，注冊會計師可能評估其控製風險較低而減少實質性測試程序，但絕不能完全取消實質性測試程序。
七、審計風險評估
注冊會計師所從事的是一種風險性行業。隻要執業環境存在缺陷，隻要采用抽樣審計，就會存在審計風險。注冊會計師或許無法完全規避風險，但這不等於說他們可置審計風險於不顧。相反地講，麵對客觀存在的審計風險，注冊會計師應當保持職業謹慎，運用專業判斷，對被審計單位的審計風險各要素，包括固有風險、控製風險和檢查風險進行全麵評估。如果評估結果表明被審計單位的固有風險和控製風險較高，注冊會計師就應當實施能夠將檢查風險降低至最低水平的實質測試，即以餘額測試為主，在資產負債表日之後實施，抽取樣本較大、獲取較多審計證據。因此，注冊會計師應當保持應有的職業謹慎，合理適用職業判斷，對審計風險進行評估，製訂並實施相應的審計程序以將風險降低至注冊會計師可接受的水平。
CPA在會計報表審計時，應對會計報表整體的固有風險進行評估。固有風險是指假定不存在相關內部控製時，某一賬戶或交易類別單獨或連同其他賬戶，交易類別產生重大錯報或漏報的可能性。
注冊會計師應當合理運用專業判斷，考慮下列事項，評估固有風險：
（1）管理人員的品行和能力；
（2）管理人員特別是財會人員的變動情況；
（3）管理人員遭受的異常壓力；
（4）業務性質；
（5）影響被審計單位所在行業的環境因素；
（6）容易產生錯報的會計報表項目；
（7）需要利用專家工作結果予以佐證的重要交易和事項的複雜程度；
（8）確定賬戶金額時，需要運用估計和判斷的程度；
（9）容易受損失或被挪用的資產；
（10）會計期間內，尤其是臨近會計期末發生的異常及複雜交易；
（11）在正常的會計處理程序中容易被漏記的交易和事項。
出現下列情況之一時，注冊會計師應當將重要賬戶或交易類別的部分或全部認定的控製風險評估為高水平。
（1）被審計單位內部控製失效；
（2）注冊會計師難以對內部控製的有效性做出評估；
（3）注冊會計師認為不擬進行符合性測試。
注冊會計師如擬信賴內部控製，應當實施符合性測試程序，以評估控製風險。初步評估的控製風險水平越低，注冊會計師就應獲取越多的關於內部控製設計合理和運行有效的證據。
出現下列情況之一時，注冊會計師可以不進行符合性測試，而直接實施實質性測試程序：
（1）相關內部控製不存在；
（2）相關內部控製雖然存在，但注冊會計師通過了解發現其並未有效運行；
（3）符合性測試的工作量可能大於進行符合性測試所減少的實質性測試的工作量。
此外，小規模企業的內部控製通常比較薄弱，固有風險和控製風險較高，注冊會計師應當主要或全部依賴實質性測試程序獲取審計證據，以將檢查風險降低至可接受的水平。
八、結論
內部控製的研究是置於公司治理的框架之內，有效的內部控製必須把內部控製看作公司治理的有機組成部分，使公司治理與內部控製之間形成良性互動關係。而CPA審計又依賴於被審計單位對內部控製的設計、實施和有效運用。CPA通過內部控製製度的測試，確定審計的重點和風險，進一步修改審計計劃，根據控製風險水平，以確定實質性測試的性質、時間和範圍，以獲取充分、適當的審計證據。同時為了考慮客戶的利益，CPA應將控製缺陷以書麵形式（管理建議書）報審計單位最高管理當局，以使管理當局了解控製缺陷可能產生的後果。
通過本文的討論得到的結論還有：
1.注冊會計師編製審計計劃時，應當研究與評價被審計單位的內部控製。
2.注冊會計師應當對擬信賴的內部控製進行符合性測試，據此確定對實質性測試的性質、時間和範圍的影響。
3.注冊會計師應當保持應有的職業謹慎，合理運用專業判斷，對審計風險進行評估，製訂並實施相應的審計程序，以將審計風險降低至可接受的水平。
4.注冊會計師應當將研究、評價內部控製和評估審計風險的過程及結果記錄於審計工作底稿。
5.注冊會計師了解內部控製並評估固有風險後，應當對各重要賬戶或交易類別的相關認定所涉及的控製風險作出初步評估。
6.注冊會計師在確定內部控製的可信賴程度時，應當保持應有的職業謹慎，充分關注內部控製的固有限製。
7.注冊會計師應當充分了解控製環境，以評價被審計單位管理當局對內部控製及其重要性的態度、認識和措施。
8.注冊會計師應當根據符合性測試結果，評估內部控製的設計和運行是否與控製風險初步評估結論相一致。如果存在偏差，應當修正對控製風險的評估，並據此修改實質性測試程序的性質、時間和範圍。