他們將原城分為本丸、二城、三城、大江口、池尻口和天草丸幾個部分，鞏固了城內的防守。另外，還設立了使番、普請奉行和巡夜官等職位，有條不紊地為守城戰作著準備。
正因為如此，寺澤家和鬆倉家的家臣們一聽到蘆塚忠右衛門、渡邊傳右衛門、赤星主膳、馬場休意、會澤宗印、會澤右京、林七左衛門、毛利平右衛門、鬆竹勘右衛門等天草四郎麾下十三大將的名字，就已經很害怕了。又看到受幕府之令從山側發動新攻勢的鍋島家的軍勢和有馬家的態度，他們更為驚慌失措，所以毫無勝算……
因此，這場戰爭的勝敗已成定局。
十二月十日，第一次的攻城以完敗告終。非但如此，攻城方的全部軍隊都被擊退，大大增強了暴亂一方的信心。局麵極為被動。
攻城的軍隊失敗的最大原因在於，他們認為這不過是一場小小的百姓暴動，並沒有引起足夠重視。
然而，這根本不能算是百姓暴動，而可說是跟大阪之陣有著根深蒂固關聯的後續。是在大阪之陣過後，沉寂了二十二年之久的怨恨再度爆發，從而引發的宗教戰爭。
其實，大阪之陣是歐洲的天主教為了維持其在日本的教權，巧妙利用德川與豐田的對立，小心謀劃的內亂。而在這次的島原事件中，他們已經開始公然正麵與幕府對抗了……
此次島原事件中，天主教以天草四郎為天降的天子，充分地利用老百姓們樸素的信仰，由此操控他們。
最早渡日布教的傳教士弗朗西斯科·哈維爾在其《末鑒》一書中清楚地記錄了這件事。
哈維爾離開日本回國後寫了《末鑒》這本書。在書中，關於日本，他作出了如下的預言。
“二十五年後，上天將會降臨一位神童到人世，他將複興天主教。彼時，不論東西，天空紅雲密布，枯木開花……”
接著，在臨近那個預言時限的時候，即大阪城池陷落後第二十二年，寬永十四年（一六三七）的秋天，雖然沒有出現枯木開花的景象，但因為氣候的異變出現了二次開花的奇景。看到此景的百姓信徒便與主謀的浪人們精心策劃的這場陰謀聯合起來了。
這之中，可能也存在真正的信仰，但肯定還混雜了根深蒂固的野心欲望以及仇恨。
總而言之，在對這樣根深蒂固、錯綜複雜的宗教和感情問題完全不知情的情況下，內膳正板倉重昌就踴躍地率領隊伍挺進天草島，而家光將軍也是一無所知地，特意照顧他，將他提拔到這裏來……
板倉重昌首次嚐到失敗滋味，是在十二月十日的第一次總攻擊中。隊伍被打得慘不忍睹。
同時，他也得到了家光喜愛的老中伊豆守鬆平信綱和美濃大垣的城主戶田氏鐵緊跟著自己西下的消息。
這令第一戰就慘敗的板倉重昌十分焦慮，坐立難安。
（家光將軍給我的信任甚於哥哥京都所司代。這次，又為了讓我有一個不輸於哥哥的建功立業的好機會，特意把這麼重要的任務交付給我。而我卻誤判情況，遭到慘敗，也太不爭氣了……）
於是，他決定在十日後，即十月二十日發動第二次總攻擊。
然而，結果卻是……
再一次的慘敗。
總攻擊定在十二月十日的清晨。於是，在十九日的半夜，圍城的士兵們就齊聲呐喊，向敵軍宣告了他們不同尋常的鬥誌。
然而，暴亂一方卻毫不慌亂，城中鴉雀無聲。
因此，鍋島家的軍隊將總攻擊的時間稍稍提前，在呐喊聲此起彼伏的半夜就開始向敵人後方的大江口發動攻擊。
城牆上隻有旗幟飄揚，卻不見一個守城的士兵。事情如預想般順利，鍋島家的軍隊漸漸向城牆逼近，如蟻群一樣成一橫排往上爬。
大江口的城牆上，士兵組成的人牆，恐怕橫豎各有數十間。
然而，就在快天明的時候，敵人突然從上、左、右三麵開始發動攻擊。上方不斷掉落著木材和石頭，左右兩邊則是弓林彈雨。