3月21日上午10點，台大及師院加上台北市各中等以上學校及高中職學生（當時台北市隻有台大、師院、台北工專三所大專院校）加起來竟然有千餘人，走上街頭遊行，唱歌，呼口號，後來包圍了中山堂旁台北市警察局，要求局長公開向李、何兩位同學道歉，並登報保證不再發生類似事件。局長口頭答應，同學因而和平解散，但事後當局並未履行承諾。
3月29日晚上7點多，兩校及中等以上學校學生千餘人集結在台大法商運動場，就是現林森南路與濟南路交叉口的台大法商學院學生宿舍，成立“學生聯盟”，燃燒營火並呼口號及唱歌，到11點散會。會中許多同學都察覺有特務、警察及國民黨職業學生穿梭其間，並搜證監視。
然而學生沿路高唱祖國大陸時期的學運歌曲、解放區歌曲，並且高呼祖國大陸時期的學運口號——“反內戰”、“反饑餓”、“反迫害”，那些在解放戰爭時吃過大虧的政客，一聽到“紅歌”就心慌，引發當局高度關切，認定校園受到中國共產黨的統戰與滲透。
消息傳到時任台灣省主席兼警備總司令陳誠那裏，他正有意鎮壓學生運動，遂下令當時擔任警備副總司令的彭孟緝緝拿“主謀分子”。
4月5日，陳誠得到蔣介石的默許，自南京抵台，下令逮捕學生主謀分子，名單上台大有21人、師院7人。5日傍晚逮捕行動開始，師院學生自治會主席周慎源首先被抓，但他後來從捕送車上跳脫逃走。
兩校宿舍在4月6日淩晨為軍隊所包圍，師院全麵抵抗，軍隊攻堅後逮捕250餘人，皆押進現在中正紀念堂舊址軍營裏審訊。兩百餘人經數日審訊後由學校領回，其餘轉送保安司令部保安處刑訊，數目未詳，隨即有7人被槍殺。
這就是震驚中外的“四六事件”。
傅斯年對當局不經法律程序進入台大校園內逮捕師生表示不滿，親自找國民黨最高領導人蔣介石交涉，蔣沒接見，傅斯年失望已極，但他仍不放棄，轉而打電話給情特頭目，要求進入台大逮捕師生必須經過校長批準，並同時強硬宣布，他將不會同意軍警進入校園。
整個事件中，台大校長傅斯年唯一的目的就是力保學生免於被抓的厄運，他強硬的作風讓蔣氏父子頭痛，他甚至跟在台大大門前布哨警察嗆聲說：“如果要抓學生，就先抓我。”
警察沒辦法，就向上麵反映，警察局長也不敢做主，把傅斯年的問題報告給上麵的更高階特務，傅斯年對特務濫捕濫刑，極為憤恨，一再要求並提醒台灣當局，逮捕審訊學生一定要經過校長批準，他甚至對蔣介石的愛將、警備副總司令彭孟緝警告：“要是有學生流血，我要和你拚命！”
彭孟緝被傅的氣勢鎮住了，不敢造次，遂當場保證：“若有人流血，我便自殺。”未久，台大被捕的學生多數被放回，而師範大學不但近百名學生被送進監獄，還有7名學生以反革命罪名被槍殺。
聽說蔣介石聽罷特務頭子彭孟緝與兒子蔣經國的彙報後，也被傅斯年的正氣所懾，連聲歎道：“罷了！罷了！就讓他出出風頭吧！”
“四六事件”過後，省立台灣師範大學受到了停課整頓、師生重新登記並接受軍訓、校園戒嚴等懲處。而台灣大學雖受波及，但比台灣師範大學要好得多。許多年後，台灣師範大學師生還就這次事件與台大相比，並大罵當年的學校領導者軟弱無能，幾乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而對傅斯年誇讚不絕，此皆得益於傅斯年竭力庇護、斡旋之功。
反觀台灣師範大學，當時前、後任校長謝東閔和劉真，固無力阻止警察抓人，造成兩校日後學術風氣的大相徑庭，甚至保守的校風至今仍存在於台灣師範大學校園之中，從學生對校務改革的漠不關心，到學生會主席約10％的超低投票率。
至今，台灣大學仍保留了傅鍾、傅園，紀念這位視學生如己出的校長。而台灣師範大學則選擇填平了學校大門口前的噴水池，豎立起統治者威權象征的蔣氏銅像。現實中地理距離相去不遠的兩校，校風、社會評價卻是有天壤之別。
其實蔣氏父子不了解傅斯年，他早在祖國大陸時期就救過他的學生免於被誣為“間諜”。他的學生陳盤早期曾被誣指為共產黨員，幸得恩師相救，故陳盤在懷念故恩師傅孟真先生時有以下敘述：那是一個夏天的上午，陳盤在看守所會見傅斯年的時間不過二三十分鍾。萬萬想不到，這短短二三十分鍾的遭遇，就決定了他未來的命運。他得救了！