地方以郡、縣為基本行政單位，下分鄉、亭、裏、什伍。郡設郡守，作為一郡最高行政長官，直接受朝廷管轄。郡守之下有郡尉輔佐郡守，並兼管郡中軍務；又有監禦史，負責監察。郡內分為若幹縣，萬戶以上設縣令，不滿萬戶設縣長，主管全縣政務，受郡守管轄。縣令、縣長下有縣尉管縣中軍務，有縣丞助理令長並兼管司法。縣內分為若幹鄉，鄉有嗇夫主管鄉務，三老主管教化，遊徼主管治安。交通要道往往設亭，負責郵傳和追捕盜賊。裏是民間居住區，有裏正。居民的基層組織是什和伍。十家為什，有什長；五家為伍，有伍長。什伍互相監督，有罪連坐。
秦始皇設置的這套行政製度，起到了層層控製，權力向上集中的作用，從朝廷到地方，從郡縣到鄉裏，構成了一張龐大的統治網，使分散的地方權逐層向上集中，最後集中到朝廷，再通過朝廷集中於皇帝手中。這套行政製度，對國家統一、中央集權和君主專製都起到了重大作用。
當然，這一套製度的維持，還有相應的物質基礎和措施。首先是遷徙豪富，把天下豪富12萬戶遷到鹹陽，使六國貴族失去反抗的社會基礎和物質基礎，便於帝國的監視和控製；其次是沒收兵器，把民間兵器全部沒收，集中到鹹陽銷毀，鑄成了鍾座和12金人，從而剝奪了反抗的武器；第三是毀壞城防，秦始皇下令一律拆毀六國首都城郭和邊城、關塞。破壞了分裂帝國的割據憑藉；第四是修築馳道，以鹹陽為中心，一條東通今河北、山東的海邊；一條南通今兩湖、江蘇等地，一條北通今內蒙（又曰直道）。馳道寬5O步，路基夯實，兩旁每隔3丈種青鬆一棵。三條主要馳道外，通嶺南有“靈渠”和“新道”，通西南山險地區則修了“五尺道”。這一條交通網，大大便利了帝國中央對廣大領土的控製。
統一之初，各地沿用舊製，諸項法規製度處於極端混亂狀態。對此，秦始皇也采取了相應的措施，頒布執行各項統一的法規。首先是頒行統一法律。商鞅變法時，采用魏國李悝所著的《法經》作為秦國法律的藍本。“法”為“律”，並增加“什伍連坐”和參夷等內容。秦始皇統一六國後，把秦律頒布全國執行，結束了戰國時代各國法律條文不一致的狀況。秦律具有苛刻嚴明的特征，對於“治吏”尤為重視，大量律條是針對官吏製定，官吏犯過，刑罰必加，絕無寬恕餘地，所以秦代吏治清明，官吏不敢貪汙受賄，也不敢玩忽職守，理事效率極高。
除法律之外，秦始皇還采取了許多統一措施，諸如統一度量衡、貨幣，簡化和統一漢字等，史稱“車同軌，書同文”。這些，都對統一帝國的鞏固和發展起了巨大作用。
在國家疆域方麵，秦始皇於統一後派大將蒙恬北攻匈奴，解除了匈奴對秦朝北境的威脅。接著便在那裏設置34縣，移民開墾，並大規模修築長城作為帝國的北疆。長城西起隴西臨洮（今甘肅岷縣），東至遼東碣石（今大同江附近），延綿萬裏，成為舉世聞名的奇跡。對“南越”居住的嶺南廣大地區，秦始皇也進行了征服和統一。五嶺山高水險，交通不便，為了解決軍糧運輸，秦始皇在今廣西興安縣北開鑿了靈渠（又名興安運河），靈渠溝通湘、漓二水，使長江和珠江兩大水係連接起來。另外，又修築了一條“新道”，大大方便了內地與嶺南的交通運輸。統一嶺南後，秦始皇設置南海、桂林、象郡，作為帝國南部邊郡，並徙民戍守，與越雜居。北築長城和南戍五嶺兩項大功告成，就大體上劃定了秦朝東到遼東，西至隴西，北至陰山，南至南海的空前遼闊的帝國疆域。
橫征暴斂焚書坑儒
成為“皇帝”的秦始皇躊躇滿誌，不可一世，嚴刑峻法，橫征暴斂，無所不用其極。
秦始皇在兼並六國時，每滅一國，就命人把該國宮殿繪製圖樣，在鹹陽仿造。統一後，他曾打算擴建苑囿，西起雍、陳倉（今陝西鳳翔、寶雞一帶），東至函穀關（今河南靈寶東北），麵積廣闊，東西千裏。秦始皇身邊的侏儒優旃愛開玩笑，他說：“好極了！這麼大的苑囿，多放凶禽猛獸，有強盜從東方進犯，讓麋鹿出動就把他們頂跑了。”秦始皇聽後大笑，這才做罷。他雖然沒有擴建這一苑囿，卻到處建造離宮別館，僅首都鹹陽四周2OO裏內就有宮殿27O座，關中有行宮3OO座，關外4OO多座。
在秦始皇興修的宮殿中，規模最大的宮殿是阿房宮。阿房宮究竟有多大是難以確估的。據載，阿房宮的前殿東西寬5OO步（約合今7OO米），南北長5O丈（約合今115米），上麵可坐萬人，下麵可豎5丈大旗。殿門以磁石做成，以防刺客暗攜兵器入殿。殿門前排列沒收民間武器鑄成的12金人，各重24萬斤。這項宏大的工程，常年用工7O萬人，沒有等到建成，秦始皇去世，後來項羽入關放火焚燒，一連三月還沒燒滅。
驪山墓是秦始皇的另一項宏大工程。秦始皇剛即位，就開始在驪山為自己修造墳墓，統一後擴大規模修造，常年使用刑徒72萬人，一直修到死。
阿房宮和驪山墓兩項宏大工程，就用去了精壯勞力14O餘萬人，加上北築長城，南戍五嶺，修馳道，造離宮，以及其他兵役雜役，常年動用民力多達3OO餘萬。丁男全被征發服役，部分丁女也裹入服役隊伍。沉重的兵役徭役壓得人民喘不過氣來，又加以橫征暴斂，於是海內虛耗，民窮財盡。秦自孝公以來奉行法家學說，法家急法尚刑，山東稱秦為虎狼之國。秦始皇繼續推崇法家，他為人苛薄寡恩，用刑殘酷，殺人如麻，使秦政的殘暴達到高峰。人民揚手犯法，舉足觸律，無所措手足，大批無辜者被羅入刑徒去服苦役，路上行人半數都是囚犯。長城腳下，阿房宮中，驪山墓旁以及五嶺路上，處處如此，秦帝國成了一座人間大地獄，百姓生活在恐怖之中。
秦始皇的殘暴統治，引起了社會的普遍不滿。一直對秦恨之入骨的六國貴族首當其衝，多次采用暗殺方式行刺秦始皇；士人得不到信用，紛紛指責秦的統治政策；廣大百姓剛剛脫離戰爭之苦，本來擁護統一，但秦的暴政又引起了他們對故國的懷念，轉而詛咒秦始皇早死，秦朝快亡。
士人的指責，引起了秦始皇的不滿。當時已經升任丞相的李斯決定打擊士人的議政之風，就給秦始皇上了一封咄咄逼人的奏書，建議“命令史官將《秦記》以外的史書統統燒毀。除博士官掌管收藏以外，天下所有的《詩》、《書》和諸子百家書籍，一律送到郡中燒毀，有敢談論《詩》、《書》的人殺頭，以古非今的滅族。官吏知情不報同罪。令下3O日不燒即判刑。保存醫藥、卜筮和農書不毀。如果有人想學法令，拜官吏為師。”秦始皇批準了李斯的奏書，全國各地便展開了一場大規模的“焚書”活動。
焚書並未能封起士人的口來。加上秦始皇佞信神仙家之說，民情怨憤，士人的議論如浪如潮。秦始皇大怒，派禦史進行調查。結果犯禁者46O餘人，秦始皇把他們全部坑埋在驪山深穀。因為其中多為儒生，所以史稱“坑儒”。
秦始皇的長子扶蘇進諫說：“天下初定，遠方的黔首還沒有安下心來，諸位先生都誦法孔子，陛下重法繩之，臣恐天下不安。望陛下三思。”秦始皇怒扶蘇多嘴，把他轟出鹹陽，讓他到北邊的上郡（今陝西榆林東南）去執行監軍任務。
不僅士人，黔首也在怨恨秦始皇。楚地流行著“楚雖三戶，亡秦必楚”的歌謠，詛咒秦王朝滅亡。始皇三十六年（前211），東郡（今河南濮陽一帶）落下一塊隕石，有人在石上刻了一行字：“始皇帝死而地分。”秦始皇知道後，派遣禦史追查刻字人，由於無人承認，便把隕石附近的居民全部殺死，然後銷毀隕石。盡管如此，朝野的怨恨不能稍減。
希求長生病死他鄉
秦始皇自忖功蓋三皇五帝，而且也確實有些政績，所以一方麵是為了解下情，炫耀威風；一方麵是尋訪仙山、希求長生，他總是接連不斷地出巡。
早在統一之前，隨著兼並戰爭的勝利步伐，他就先後到過洛陽、邯鄲以及楚國的首都郢、陳等地。統一的第二年，出於防禦匈奴的需要，他巡視西北邊郡隴西和北地二郡，越過雞頭山（位於今六盤山中段），由回中（今甘肅華亭南）返回鹹陽。從統一的第三年起，他開始了全國性的大巡遊。共巡遊四次，跋涉名山大川，足跡幾乎踏遍了全國各地。在巡遊途中，他到處刻石，如《泰山刻石》、《琅邪刻石》、《芝罘刻石》、《東觀刻石》、《碣石刻石》、《會稽刻石》，其內容主要歌頌秦始皇的功德，宣揚結束戰爭、統一天下、製定國策以及革除舊俗的正義性和優越性。他總以為神仙就在東海，要見神仙，隻有多去沿海之濱，所以他四次大巡遊，都是到沿海地區，一臨碣石（今河北昌黎北），兩登成山（今山東成山角），三次來到琅邪和芝罘，這些地方是傳說中的神仙登岸點。在巡遊途中，秦始皇每到一地，便派遣大量的方士去尋找神仙，求取長生仙藥。
始皇三十一年（前12O），秦始皇進行他的最後一次巡遊。他從鹹陽出發，首先來到南方的雲夢（今洪湖、洞庭湖一帶），在九疑山祭祀了虞舜。然後順江東下，由丹陽（今安徽當塗東）登陸，來到錢塘（今浙江杭州），繞道向西12O裏渡江登上會稽山，在山上祭祀了大禹。祭罷大禹，秦始皇在會稽山刻石留念，然後下山，經吳中（今江蘇吳縣）北上。秦始皇一行從江乘（今江蘇鎮江）渡江，一直沿著海邊向北，又來到琅邪。他總想能在海邊有所收獲，遇見仙人或得到仙藥，所以一直靠著海岸走，然而仍一無所獲。看看求仙無望，便決定返回鹹陽。連日的旅途勞累，加上心情沮喪，到平原津（今山東平原附近）就病倒了。
當時，跟隨秦始皇出遊的有左丞相李斯、中車府令趙高等人，還有秦始皇的少子胡亥。雖然秦始皇已經病危，但由於他最厭惡死亡，忌諱“死”字，所以李斯等無人敢向他問及後事。不過，隨著病情加重，秦始皇自己也明白死到臨頭了，於是給在北邊監軍的長子扶蘇留下璽書，讓他急赴鹹陽主辦喪事，明確地安排由扶蘇來繼承帝位。璽書封好後，放在中書府令趙高處。璽書還沒有來得及交予使者，行輿至沙丘平台（今河北廣宗西北），秦始皇就病逝了。時為始皇三十一年（前21O）七月。秦始皇在位37年，稱王25年，稱帝12年，終年5O歲。
丞相李斯見秦始皇死在途中，恐怕鹹陽諸公子爭奪繼承權和天下叛亂，采取了絕密措施，把秦始皇的屍體載在可以躺臥的車中繼續前進。天氣日益炎熱，屍體臭味撲鼻，為了掩蓋屍臭，李斯命令從官每車載一石鮑魚。就這樣，行輿大隊浩浩蕩蕩，一路臭氣熏天，返回鹹陽。在歸途中，趙高乘機策動政變。他勾結李斯篡改了秦始皇的遺囑，扶立少子胡亥繼承帝位，並派人逼死扶蘇。返回鹹陽後，胡亥繼位。是為秦二世皇帝。
九月，為秦始皇舉行隆重葬禮，安葬驪山。驪山墓是秦始皇用7O多萬人力，曆時1O餘年修建的一項巨大墓葬工程。驪山墓墳高5O丈，遍植樹木，形如大山。墓室極深，下穿三泉，灌銅液阻擋泉水。墓室頂部用珠寶設日月星辰之象，底部用水銀作江河大海之勢，上具天文，下具地理，機械轉動，巨炷照明，室內序列百官次位。羅滿奇珍異寶，又以能工巧匠設置機械弩矢，有人穿墓近室，弩矢自發，射殺竊賊。秦始皇陵現在陝西臨潼縣東5公裏的下河村附近，今墳高55.O5米，周長2OOO米。
秦始皇死亡披露
沙丘之死真相
關於秦始皇之死，司馬遷《史記》記述很多，似乎死因已明，無可置疑。可是將這幾篇有關秦始皇死亡情況的文字細細閱讀，可發現其中有耐人尋味之處。
始皇三十年（公元前21O年），秦始皇第五次出巡，主要巡遊雲夢、會稽等地時，李斯、胡亥、趙高等隨從，上卿蒙毅也在隨行之列。蒙毅是蒙恬的親弟弟，為皇帝的親信，可是當秦始皇在途中病重時，蒙毅被遣“還禱山川”。這似為趙高等的計謀。因蒙恬領兵三十萬隨公子扶蘇駐防上郡，從秦始皇身邊遣走蒙毅，也就是去掉了扶蘇的耳目；加以趙高曾被蒙毅治罪而判以死刑，後因秦始皇赦免，趙高才恢複官爵，因此，趙高對蒙毅恨之入骨，要滅蒙氏一族。
那趙高是個宦官，專管宮廷輿車與印信、墨書。這次秦始皇巡遊，自然少不了中車府令的事務。而且後來趙高還“行符璽事”，即執掌傳達皇帝命令和調兵的憑證“符”和“璽”，趙高當然隨從。秦始皇這次出巡，一路勞頓，到平原津就病倒了。趙高奉命寫遺書，給受命監軍河套的秦始皇長子扶蘇：“與喪會鹹陽而葬。”信還未送出，秦始皇就於沙丘（今河北廣宗縣北）行宮一命嗚呼了。
趙高為何矯詔扶二世
為了不使秦始皇死的消息傳揚出去而引起亂子，丞相李斯秘不發喪，將屍體載於？車中，飲食奏請如常。一麵命令車隊加緊趕路，一麵讓趙高盡快派人把秦始皇的遺詔給扶蘇送去。
太監趙高可不願意讓扶蘇繼承皇位。因為扶蘇為人正派，根本瞧不起阿諛奉承的趙高。秦始皇的小兒子胡亥是一個昏庸的家夥，且趙高還曾受命教胡亥學習法律，二人正好臭味相投。趙高想立胡亥為皇帝，以便實現他篡權亂政的陰謀，因而他違背秦始皇的命令，扣著詔書不發。接著，趙高就悄悄去見胡亥，問他想不想當皇帝。胡亥當然想當皇帝，隻是擔心李斯不同意，趙高便說：“這件事由我來管，公子放心好了。”
太監趙高找到李斯，對他說：“先帝臨終前立詔書的事，別人都還不知道。如今詔書和璽印都在公子胡亥那兒，到底由誰來繼承皇位，全憑你我二人的一句話，丞相你看怎麼辦好啊？”李斯一聽，大吃一驚，板起麵孔，責問說：“由誰來繼承皇位，先帝臨終前已經作了安排。你怎麼敢說出這種罪孽的話來？這難道是做臣下的應該議論的事嗎？”別看李斯聲色俱厲，可趙高一點兒也不害怕。他假惺惺地對李斯說：“我也是為你好啊！丞相你想想，你的功勞、你和扶蘇的交情能比得上蒙恬嗎？扶蘇做了皇帝，蒙恬將會代替你的位子，你隻好讓位回老家去。”趙高盡管這樣說，李斯還是不同意。趙高見軟的不行，便來硬的，他露出一副凶狠陰險的樣，冷冷地說道：“如今大權掌握在公子胡亥手裏，丞相不同意這麼辦，一定會惹下大禍的。丞相也該替自己的子孫著想啊，否則的話，到那時候，恐怕再後悔也就來不及了。”這一嚇唬，果然見效，李斯考慮了一會兒，終於長歎一聲，答應了趙高的要求。