接著，趙高就拉著灰溜溜的李斯，一塊去見胡亥。三人一番密謀，就假造了一份秦始皇的詔書，改定由胡亥繼承皇位。同時，還以秦始皇的名義指責扶蘇為子不孝，指責負責修長城的大將蒙恬為臣不忠，讓他們馬上自殺，不得違抗。接到詔書後扶蘇流著淚自殺了。蒙恬不願這麼胡裏胡塗地自殺，他說：“皇帝巡遊在外，命令我帶兵三十萬戍邊，這是天下重任，怎麼能見個使者就自殺呢？誰知道其中是否有詐？”讓使者把他押起來關進了監獄，等候處理。
趙高、胡亥之流聽說扶蘇已經自殺了，命令車隊日夜兼程，迅速返回鹹陽。為了繼續欺騙臣民，不取捷徑回鹹陽，而是擺出繼續巡遊的架勢，從沙丘到井陘，而後抵九原，經直道回鹹陽，繞了三、四千裏。由於暑天高溫，秦始皇的屍體已經腐爛發臭了。為了遮人耳目就買了許多鮑魚裝在所有的車上以亂其臭，迷惑大家。到鹹陽後，他們馬上公布了秦始皇死亡的消息，給其發喪出殯。緊接著，胡亥就登基做了皇帝，是為秦二世。趙高升官當了郎中令，李斯依舊做丞相。
宦官趙高陰謀得逞以後，盛氣淩人，不可一世。他向秦二世進讒言，陷害蒙氏弟兄，誅殺諸公子；布下陷阱，把李斯逐步逼上死路。李斯發覺趙高的奸佞後，就上書告發趙高。秦二世不僅偏袒趙高，並且將李斯投獄治罪，最後將李斯腰斬於鹹陽。
從以上趙高篡權亂政的幾個步驟就可以看出趙高是個包藏禍心、陰險毒辣的人。因此使人不得不懷疑秦始皇的死與趙高有關。
按照司馬遷《史記》記載，秦始皇自幼有疾——蜂準、摯鳥膺，這兩項均為先天或發育時落下的病症，又有豺聲（支氣管炎），所以體質素弱。他在生活上荒淫無度，為人又剛愎自用，事無巨細都要親自裁決；每日批閱文書12O斤，工作極度勞累；加以巡遊中七月高溫，以上諸因素並發，促使他在途中生病，但是否秦始皇就因此一命嗚呼，尚令人懷疑。
趙高為什麼謀害秦始皇
著名曆史學家郭沫若曾寫過一篇文章《秦始皇將死》，其中描述秦始皇在平原津渡黃河時，癲癇病發作，後腦殼撞在青銅冰鑒上，加重了腦膜炎的病情，人處於昏迷狀態；當？車趕到沙丘後，宿了一夜，第二天，趙高、李斯發覺秦始皇已死，右耳流著黑血，右耳孔內有一根三寸長的鐵釘。這篇小說反映出早就有人懷疑秦始皇的死屬於非正常死亡。至於謀害者是誰呢？小說中認為是胡亥。實際上進行比較，趙高進行謀害的可能性比胡亥大，因為詔書、玉璽都在趙高手中，繼承王位的決定權也掌握在他與李斯手中。而胡亥即使弑父，如果得不到趙高、李斯的配合，不僅得不到王位，反而有殺身之禍。而趙高常隨侍在皇帝左右，趁機行事不露痕跡，要較胡亥方便得多。如果要問趙高為什麼要謀害秦始皇？答案是趙高唯恐扶蘇繼承王位，如前所述，他對李斯講：“長子剛毅而武勇，信人而奮士，即位必用蒙恬為丞相。”而趙高對蒙恬、蒙毅恨之入骨，豈能容得蒙氏尊寵，所以必須阻止扶蘇即帝位。而秦始皇剛愎自用，決非進讒能奏效，隻有結束這一暴君的生命，才可矯詔立十八子胡亥。秦始皇平時居於深宮，戒備森嚴，無法下手，現在他在旅途中病倒，這真是天賜良機，正如趙高對胡亥所說：“狐疑猶豫，後必有悔，斷而敢行，鬼神避之，後有成功。”所以他果敢地對重病中的秦始皇下了毒手，使其提前結束了生命，也不是沒有可能。
趙高曾對胡亥講：“臣聞湯武殺其主，天下稱義焉，不為不忠。衛君殺其父，而衛國載其往，孔子著之，不為不孝。”趙高不僅有以上弑君的言論，而且後來還有弑君的公開行動，當秦二世拜趙高為中丞相後不久，大澤鄉陳勝、吳廣揭竿而起，燃起農民起義之火，這時趙高認為天下已亂，時機成熟，欲篡位稱帝。他怕大臣們不服，便想設法檢驗一下，看看究竟有多少人服從自己。於是，就導演了一出“指鹿為馬”的活劇。有一天，趙高牽了一頭鹿進入鹹陽皇宮，把它獻給秦二世說，這是一匹馬。秦二世一聽，不覺大笑起來，說丞相你錯了，怎麼把鹿說成是馬呢！說著立即問左右的官員們到底是鹿還是馬。他們當中，有的怕得罪趙高，不敢說實話，隻好默默不語；有的討好趙高，跟著說假話，硬說是馬；有的尊重事實，直言為鹿。事後，趙高認為直言為鹿的都是反對他的人，便將他們一一暗害了。而對那些在事實麵前表示沉默的人，特別是對那些存心說假話而巧於阿諛奉承的小醜，則成了趙高收羅的對象。趙高摸清了輿論的底細，不久便派他的女婿鹹陽令閻樂率士兵千餘人，喬裝謊稱為盜，闖入望夷宮，秦二世驚駭不已，閻樂曆數胡亥的罪狀，逼他自殺，胡亥苦苦求免，而閻樂驕橫地說：“臣受命於丞相，為天下誅足下。”說著就指揮士兵們擁向胡亥，胡亥隻好自殺身亡。這時，趙高就把玉璽佩在自己身上，來到大殿，欲自立為帝，可是群臣不從，他無可奈何，才立胡亥哥哥的兒子嬰為王。從這般逼宮的行徑就可以得知，趙高這種心狠手辣的人，他弑君並不為怪。然而，作惡多端的趙高最終也自食其果，落了個被子嬰刺殺的可恥下場。
由此可見，秦始皇之死不是正常死亡，實質上是一場宮廷政變，而這場政變的導演是趙高，他總想事事處處去支配命運、支配別人，而扶蘇、蒙恬、蒙毅、李斯、胡亥等就是被他支配的犧牲品。但是，趙高要實現對以上諸人的支配，首先要支配秦始皇，隻有假借秦始皇，才能實現自己的陰謀；對活的秦始皇支配不了，隻有將他弄死而後矯詔。至於趙高怎樣使秦始皇致死，這正是曆史上的缺頁，因此對秦始皇的死尚無定論，是病故還是被害？這個“沙丘疑案”應當存疑。但我們傾向於被害一說。
有史以來的大災難——焚書坑儒野史秘聞
為什麼會出現百家爭鳴這樣的局麵
秦始皇在二千多年曆史中引起無數的爭論。一部分輿論肯定其統一中國的功績。但他卻從未擺脫暴君形象的陰影。作為暴君的證據之一，便是焚書坑儒事件。中國曆代政治統治者與知識階層的關係都十分密切。據學術界推定，知識階層的形成，大體在春秋時代。從那時起直至今天，中國知識階層一直在政治的漩渦中浮沉。其得意之時不少，但失意之際卻更多。如果說這一階層有什麼特殊優點的話，頑強努力於發揮自身社會政治功用，恐怕算是突出之處了。
如果追尋秦始皇統一天下的原因，便要與百家爭鳴搭上界。也可以說，知識分子在這一曆史事件背後，扮演了重要角色。戰國七雄爭霸，其所憑藉者，一是強兵富國之策，一是合縱連橫之謀。而此二者均有知識分子推波助瀾，謀劃其間。以秦為例，一篇《諫逐客書》曾加以概括：
昔繆公求士，西取由餘於戎，東得百裏有奚於宛，迎蹇叔於宋，來丕豹、公孫支於晉。此五子者，不產於秦，而繆公用之，並國二十，遂霸西戎。孝公用商鞅之法，移風易俗，民以殷盛，國以富強，百姓樂用，諸侯親服，獲楚魏之師，舉地千裏，至今治強。惠王用張儀之計，拔三川之地，西並巴蜀，北收上郡，南取漢中，包九夷、製鄢郢，東據成皋之險，割膏腴之壤，遂散六國之縱，使之西麵事秦，功施到今。昭王得範雎，廢穰侯，逐華陽，強公室，杜私門，蠶食諸侯，使秦成帝業。
此文所舉的百裏奚、商鞅、範雎等人，都是由士出身的著名政治家，在秦國發展中致力於富國強兵，奠定秦始皇統一天下的基礎。而張儀，這位與蘇秦齊名的遊士，他們創造的合縱連橫的外交戰略，對各國力量的消長有著重要作用。李斯本人，更是一位聲名赫赫的王佐之才，在協助秦始皇吞並諸侯、建立郡縣、製定法度、鞏固政權的過程中，可算是功勳卓著。作為一名訓練有素的知識分子，他曾與韓非同投大儒荀況門下，“學帝王之術”。後來，在辭別恩師西入秦國建功立業之際，曾講過這樣的話：
斯聞得時無怠，今萬乘方爭時，遊者主事。今秦王欲吞天下，稱帝而治，此布衣馳騖之時，而遊說者之秋也……久處卑賤之位，困苦之地，非世而惡利，自托於無為，此非士之情也。
果然，李斯沒有辜負這番壯言，輔佐秦王，一並天下，位至三公。作為知識階層一員，李斯可謂功成名就了。
除像李斯這樣以遊士入仕諸侯，為王股肱，身列卿大夫的知識分子外，還有另一類知識分子，雖然他們不曾具體地為某個君王效力，許多人甚至得不到一官半職，但這些知識分子目睹天下混戰、生靈塗炭的局麵，或周遊天下宣傳自己的思想，或著書立說、整理古代典籍，或設立學宮，教徒授業。各家各派的學術思想得到充分發展並相互砥礪融合。中國社會空前絕後的百家爭鳴時代便是主要由這部分人造就的。
百家爭鳴的時代，一直為後世知識分子所稱道和向往，幾乎成了知識分子世代傳承的夢想。這種夢想成為檢驗政治統治者與知識分子關係的標準。可是，有兩點理由證明這種夢想是不切實際的。
第一，春秋戰國時代正是人類思想由幼稚走向成熟的時期。現代學者以“哲學的突破”概括這一時代的思想史特征，認為百家爭鳴是由禮崩樂壞從而導致王官之學散為諸子百家造成的。
有人認為：中國的“哲學的突破”是針對古代詩、書、禮、樂所謂“王官之學”而來的。最先興起的儒、墨兩家，便是最好的說明。孔子一方麵“述而不作”繼承了詩書禮樂的傳統，而另一方麵則賦予詩書禮樂以新的精神與意義。就後一方麵言，孔子正是突破了王官之學的舊傳統。墨子最初也是習詩書禮樂的，但後來竟成為禮樂的批判者。就其批判禮樂而言，墨子的突破自然遠較為孔子激烈。其餘戰國諸家也都是鑿王官之學之竅而各有突破。
不僅中國存在這種“哲學的突破”，即如古代文明的其他諸國如古希臘、印度、以色列等也都先後“各不相謀而方式各異地經曆了一個‘哲學的突破”。由此可見，百家爭鳴乃人類思想史中必經之過程。後代盡管也有各種思想學派的競起，但由於已不具備這種“突破”的特殊意義，自然也就難以表現如此充分的思想及學術的繁榮景象了。
第二，百家爭鳴的時代，天下尚未形成真正具有生命力的政治權力。前麵講過，夏商周三代，天子除在名義上據有天下外，對於各國諸侯並無絕對權威。況且維係天下的主要是禮樂性政治製度，政治對於思想的壓迫並不十分嚴厲。值得注意的是，秦孝公任用商鞅變法，許多措施，如推行縣製和建立官僚製度已開秦始皇政治製度的先河。而商鞅也曾“燔詩書而明法令”，這種做法與其變法措施之間似乎存在某種關係。將其與秦始皇焚書坑儒相比較，此中透露的信息，不能不令人對政統與道統在各自形成過程中的彼此消長加以深刻思考。
分封郡縣之爭內幕
由於秦始皇統一了天下，百家爭鳴的時代已成為過去。此時的中國社會，政治權威已經確立，知識階層再要各逞己見，遊說天下，勢必動搖政權基礎。而思想界的學派競爭也告一段落，主要的學派，各自的思想體係業已初步確立。一統天下、一個君主、一種思想，這樣的三位一體格局取代了八方爭霸、百家爭鳴的時代。秦始皇挾帝王之威，據天下之力向知識階層開刀便是當然之事。焚書坑儒事件的發生，直接的導火線仍是分封與郡縣之爭。秦始皇在並吞天下之後，就曾有人提出分封諸子，恢複三代“封國土，建諸侯”製度。秦始皇采納了李斯的建議，在全國範圍內建立了郡縣製。但有許多讀古書、循古禮的博士，仍然不肯接受這一既成事實。他們堅持認為“殷周之王千餘歲”是“封子弟功臣，自為枝輔”的結果，他們希望秦始皇效法先王，師古以長久。
從這種情形看，當時的知識階層，大部分人並沒有跟上時代政治的發展，暴露出知識階層的政治幼稚症。當代學者在考察政治運動嬗變過程時曾指出，大多數知識分子作為從事觀念工作的人，在政治革命前奏期作用甚大。這時的革命方向主導權操縱在他們手中，他們用觀念思想鼓動人民，推進革命。但隨著政治革命的深入，這批人物逐漸退居二線，取而代之者，是一批政治行動家，而前者往往為觀念所限，固執己見，成為後者行動的障礙。行動者勢必要收拾他們。
從秦朝建立後的幾番分封郡縣之爭，可以證明這種觀點有其正確的一麵。如前所述，知識階層在百家爭鳴時代創立的各種思想體係以及他們的實際參與，都對秦始皇統一天下有深刻的背景意義和實際功效。但隨著新王朝的建立，大多數知識分子開始與政治當權者發生觀念上的衝突，政治與學術矛盾激化，尤其當知識分子企圖幹涉政治之際，這種矛盾激化必然導致當權者以其政治權威鎮壓知識階層。由此看來，秦始皇焚書坑儒，並不僅僅是政治統治者亂施淫威的表現，更有其二者內在衝突之根源。清人朱彝尊《秦始皇論》中談到焚書坑儒事件，他說：
“彼之所深惡者，百家之邪說而非聖人之言；彼之所坑者，亂道之儒而非聖人之徒。特以為詩書不燔則百家有所附會，而儒生之紛論不止，勢使法不能出於一。其忿然焚之不顧者，懼黔道之議其法也。彼始皇之初心，豈若是其忍哉。蓋其所重者法，激而治之，甘為眾惡之所歸而不悔也。嗚呼，邪說之禍，其存也，無父無君，使人陷於禽獸；其發也，至合聖人之書燼焉，則非秦焚之，處士橫議焚之也。
《秦始皇論》中的言論，其立足點自然是正統儒家排斥之異端邪說。但如果細細想來，他對於秦始皇焚書坑儒的曆史情況的分析，還是有一定道理的。
焚書坑儒為何遭萬世唾罵
秦始皇焚書坑儒的後果，導致二千多年政統與道統間彼此爭執且總是政統占盡上風，形成政治壓迫學術的大局。無怪後代知識界人士幾乎異口同聲指斥秦始皇是位暴君。可是立足於政治統治者的角度，秦始皇的舉動又經常受到效法。清代就曾有大興文字獄和借編輯《四庫全書》毀禁圖書之舉。可見，政治與學術關係異常密切卻又各自獨立，兩者相安無事自是美好理想，一旦發生衝突，勝負結局不能單以各自角度觀察。實際上，焚書坑儒事件是無法以勝負判斷結果的。這場二千多年前的公案隨著時代與社會的變遷還會不斷被翻出來重新審理，而判決卻由審理者各自的價值標準和立場的差異而各有不同。