為了便利其他蒙古貴族和子弟讀書，還下詔將《貞觀政要》譯成蒙文，以便誦讀。平時處理朝政，他也虛懷善納，注意傾聽臣僚的進諫。至正二年，監察禦史成遵對順帝說：“天子應慎起居，節嗜欲。”還抨擊監察官杜塞言路，訪察不實。執政者聞之動怒。順帝則稱讚道：“成遵所言很好，皆世祖皇帝的風紀舊規呀！”又特賜內廷美酒，以表彰他的忠誠和直率。監察禦史李稷彈劾宦官高龍卜侵擾朝政擅作威福。順帝聽後全部采納，將其流放到高麗。
修撰三史的始末
順帝還任命脫脫為遼、金、宋三史都總裁設局修史。出於宣揚“祖宗盛德，得天下遼金宋三國之由，垂鑒後世，做一代盛興”的目的，於至正三年四月開始修撰，四年三月完成《遼史》，四年十一月完成《金史》，五年十月完成《宋史》。三史共七百四十七卷，以二年半時間迅速完成。脫脫雖然沒有親自寫史，但他為組織寫作班子、解決寫史經費，尤其是確定三史為正統的原則上起了很大作用。元初三史未修的重要原因是遼宋金三朝誰是正統的問題一直爭論不休。脫脫上任後獨斷說：“三國各與正統，各係其年號。”爭論才趨平息，構成了順帝執政時期“文治”的重要內容。
順帝還倚重脫脫，注意糾正伯顏當國時期朝廷政策的某些混亂和失誤，以緩和日益尖銳對立的階級矛盾。他廢黜了各地采珠戶、船戶等勞役。還效仿漢族皇帝親行借田禮，並重刊《農桑輯要》萬餘冊，以示重視農業。他試圖用蠲免稅糧五分和鹽引減額等方式，減輕受災百姓的負擔，並下令解除漢人、南人不得有寸鐵、禁百姓畜馬的禁令。即位初期，順帝比較注重節儉。他曾把一餐五羊的禦膳改為四羊，又禁用金銀刺花裝飾禦用靴鞋。每逢皇帝誕辰，還下令禁天下屠宰宴賀，以免擾民。可以說，經曆長時間的流亡遷謫，親政初希企有所作為的元順帝，尚未過分追求宮廷的奢侈享樂。順帝恢複世祖仁宗采用的某些漢法製度，努力使朝政比較清明。即位不久，他命康裏？等刪定《大元通製》和《至正條格》，頒行天下，使國家有了較完整的成文法規。
針對元朝後期官場吏治敗壞，順帝采取了一係列整頓措施。至正三年，他下令監察禦史和行台監察禦史分別負責中央、地方官員舉劾巡察。第二年，又規定官員的黜陟升降嚴格視考課優劣而定。在課稅、勸農、弭盜等六事中政績顯著者，升等獎勵；欠佳者，降等懲處。至正六年，順帝下詔，犯貪贓罪官員，正常銓選一律不用。七年，又立內外通調之法，選台閣名臣二十六人，出任郡守縣令。順帝對地方守令的選派十分重視，凡擇一外官他都要詢問以往政績。還對赴任前的地方官說：“你們守令的職司，就像牧羊一樣。羊饑了，喂它草，渴了，喂它水。饑飽勞逸不失其時，羊才會強壯繁息。你們為我管理百姓，不應使他們流離失所而有饑寒之患。如此，才算良牧善守。”
伯顏擅權以來，禮儀製度多有破壞，此時決定恢複太廟四時祭，一切按規矩辦事。至正三年（1343年）十月，順帝享於太廟，“拜享於列聖，次第至寧宗前。帝問禮儀使說：‘我兄也，彼弟也，拜合禮否，禮儀使傳旨，問博士劉聞，回答說：‘寧宗皇帝雖是弟，已曾承宗器。而為皇帝時，陛下亦嚐做他的臣子來，當拜……帝乃拜。”
伯顏專權時，為了自己的私利，迫害打擊異己，造成蒙古貴族內部不和。如今正式為郯王昭雪，召還宣讓王帖木兒不花、威順王寬徹普化，讓他們各回自己的領地，功臣博爾術四世孫阿魯圖繼廣平王之位。這些措施對於維護蒙古統治集團內部的團結起了一定的作用。
改革弊政內幕
元順帝妥歡帖睦爾倚重脫脫改革弊政，略見成效，脫脫因而博得“賢相”的美稱。可惜好景不長，自至正三年（1343年）妥歡帖睦爾起用中書平章別兒怯不花擔任中書左丞相後，情況發生了變化。別兒怯不花是元成宗時逆臣阿忽台的兒子，素與脫脫不和，他上台後，多次在元順帝麵前說脫脫的壞話，順帝本人也覺得脫脫權勢太重，恐怕他走上伯顏獨攬大權的老路，漸漸地疏遠脫脫。至正四年（1344年），脫脫被迫稱疾家居，辭去相位。這時候，順帝尚存勵精圖治之心，任用阿魯圖為中書右丞相。至正五年（1345年）十月，遣使巡行天下，意在廣布聖德，詢民疾苦，尋訪覽能，罷黜地方貪官汙吏，規定有罪者四品以上停職，五品以下處決。可是奉命巡行各省的宣撫使不僅不按皇帝旨意秉公辦事，反而借此機會敲詐勒索，虐害百姓。江西福建省宣撫使到達後，當地人作歌說：“奉使來時驚天動地，奉使去時烏天黑地，官員都歡天喜地，百姓卻啼天哭地。”順帝一番苦心化為烏有。
脫脫罷相後的幾年中，右丞相一職數易其主，朝中大臣彼此傾軋，日甚一日。至正七年（1347年）六月，順帝聽信讒言，罷免太師馬劄兒台徙於西寧州後又詔居甘肅，脫脫請求同行。先前，太子愛猷識理達臘降生後，一直養於脫脫家，因而奇氏皇後與脫脫關係甚密。奇氏多次為他在順帝麵前求情。順帝也覺得脫脫任中書右丞相的四年中，為他出盡了氣力，其後任命的丞相遠不如脫脫精明能幹。左丞相太平也出來為脫脫說情，使順帝想起了脫脫在雲州救皇子的事，甚為感動。原來，有一天，順帝攜皇子駕幸上都，脫脫也扈隨聖駕，至雲州，突然狂風暴雨，山洪爆發；車馬人畜多被湮沒衝走，順帝隻顧逃命，哪裏還能照料皇子，急急忙忙登山避水。脫脫見順帝棄了皇子自行脫身，慌忙涉水而行，來到禦輦之旁，背起皇子，光著兩隻腳涉水奔上山來。順帝登上山之後，方才想到皇子，心中正在著急，非常擔心皇子被水所淹，必遭不測。忽見脫脫背著皇子涉水登山，好似半天上落下奇寶一樣，急忙跑上前去抱下皇子並撫慰脫脫說：“卿為朕子勤勞若此，朕必不忘今日之舉。”有一天，有人進獻佛郎國馬，順帝看著膘肥體壯的良馬，感慨地說：“人中有脫脫，馬中有佛郎國馬，都是世上出類拔萃的。”後又召脫脫回京，至正九年（1349年）七月，複命脫脫為中書右丞相再圖振興祖宗大業。脫脫複相後，元廷已病入膏肓，朝廷財政近於枯竭，中原連降暴雨，黃河泛濫，吏治敗壞，脫脫也無回天之術。當他采取“變鈔”、“開河”措施時，卻引發了一場以韓山童、劉福通為領袖的大規模農民起義，加速了元朝滅亡的速度。隨之，順帝妥歡帖睦爾本人也變得心灰意冷，怠於朝政了。
脫脫出征不戰自亂之謎
至元十二年（1352年）九月，元順帝妥歡帖睦爾派丞相脫脫率大軍攻陷徐州，平定了芝麻李領導的農民起義。正當紅巾軍處於劣勢，遭受暫時失敗之時，至正十三年（1353年）正月，泰州白駒場（今江蘇東台）鹽販張士誠與其弟士義、士德、士信及李伯升等十八人，殺多次窘辱過張士誠的弓兵丘義及諸富戶，募集苦於官役的鹽丁，起兵反元。四月，攻破泰州，擁兵萬餘。五月，克興化，威脅高郵。高郵處在運河之濱，為不影響漕運，元遣高郵知府李齊去興化招降，“士誠因請降，行省授以民職；且乞從征討以自效。”但不久又反，攻占高郵。十四年正月，張士誠自稱誠王，國號大周，改元天祐，設官分職，把截要衝，南北梗塞。六月，張士誠攻破揚州，切斷京杭大運河，江南的歲貢和稅糧有斷絕的危險。妥歡帖睦爾驚恐萬狀，決定派脫脫再次出征，去高郵鎮壓張士誠。至正十四年（1354年）九月，脫脫率領諸王各省軍馬，號稱百萬大軍，浩浩蕩蕩開赴高郵前線。十一月，元朝軍隊將高郵包圍得水泄不通，城中不可支，日議投降事，但又恐罪不能赦，不敢投降，高郵危在旦夕。突然間，元軍不戰自亂，張士誠乘機出擊，大獲全勝。這究竟是怎麼回事呢？原來卻為哈麻進讒所致。
哈麻與脫脫的恩怨尋蹤
哈麻，字士廉，康裏人。父禿魯，母為寧宗懿？質班的乳母，禿魯因此被封為冀國公，加太尉，進階金紫光祿大夫。哈麻和母弟雪雪同入宿衛，深得順帝寵幸。因哈麻的口才很好，能言善辯，尤為順帝所嬖幸，累次提拔，官至殿中侍禦史。
脫脫複相前，哈麻屢次在順帝麵前為其美言。脫脫複相後，與其弟也先帖木兒對哈麻深為感激，升哈麻為中書右丞。在中書省裏，脫脫對左司郎中汝中柏十分信任，提拔他為參議中書，平章以下諸宰執對他也是唯唯諾諾，唯獨哈麻對之不恭。汝中柏在脫脫麵前告了他的狀，脫脫改哈麻為宣政院使，且位居第三，於是哈麻對脫脫懷恨在心。原來哈麻作為禁宮宿衛，與順帝妥歡帖睦爾接觸的機會較多，他善於媚上，深得寵幸。於是偷偷引進西天僧教妥歡帖睦爾運氣術。哈麻的妹婿集賢大學士禿魯帖木兒也有寵於帝，妥歡帖睦爾對他言聽計從，也推薦西番僧珈？真，所教者名“大喜樂”，又名雙修法，男女雙修氣功，即房中術。珈？真對順帝說：“陛下雖尊居萬乘，富有四海，不過保有現世而已。人生能有幾何？當受此秘密房中術，及時行樂。”順帝覺得言之有理，遂每日習事其法，唯淫亂是樂。他下令在清寧殿周圍建置“百花宮”，收羅婦女，供其玩樂。上自公卿命婦，下至市井麗配，皆難逃脫。還從中選出美女十六名為十六大魔女，翩翩起舞，弄得順帝如醉如癡，不能自拔。又招來包括舅父老的沙在內的十名親信使臣“相與褻狎，甚至男女裸處”，君臣宣淫，無所禁止。時值太平任左丞相，因哈麻在宮中引導順帝為淫樂之事，深為不滿，遂與禦史大夫韓嘉納商議。意欲驅逐哈麻。韓嘉納也非常讚成此舉，便命監察禦史沃呼海壽彈劾哈麻，曆訴罪狀，第一條是在禦幄後僭設帳房，犯上不敬；第二條是出入明宗妃子脫忽思宮闈，越分無禮；還私受饋遺，妄作威福等。不料此事泄露，被哈麻先知，惡人先告狀，到順帝麵前哭訴，說是太平、韓嘉納有意誣陷。順帝本來寵任哈麻，見他含淚哭訴，口口聲聲要請罷職，隻得溫言撫慰，讓他不要著急，明日如有奏章，決不批準。果然第二天有彈劾奏折，順帝不予理睬。太平等數次奏請順帝，堅持己見不退讓，哈麻也不示弱，惹怒順帝，於是擬了兩道詔書：一是免哈麻兄弟官職，出居草地；一道是置左丞相太平為翰林學士承旨等，重新起用脫脫為右丞相並管理端本堂事務。哈麻被黜之後，聽說脫脫複任相位，便故意前去辭行，並訴說原委，脫脫聽後，也不勝代為扼腕，於是勸慰他：“你雖暫時被黜，決不會永久羈滯。此時且出外居住數日，倘有機會，我當在禦前保奏，請勿憂慮！”脫脫複相後果然保薦哈麻兄弟，起複重用。當時，順帝沉湎於酒色，荒淫無度。皇子愛猷識理達臘對父皇行為極為不滿，恨不得手刃奸僧淫賊，以泄心頭之憤。適值脫脫由保定回京，談及宮闈近情，脫脫問：“那哈麻是我薦拔起來的，查以內事的，如何竟不規諫呢？”皇子冷笑說：“太師，你還提那哈麻麼？可知宮中之事，多是他引導的。”脫脫聞言，頗為驚詫，氣憤地說：“哈麻如此胡為，不但有負皇上，並且有負臣的薦拔，臣當即日進諫。”說完後，脫脫又覺得有點懷疑，便去詢問汝中柏，汝中柏極陳哈麻罪惡。於是，脫脫麵見順帝，要求革哈麻兄弟之職。多次上疏再劾宮中嬖侍，順帝耐不過情麵，左遷哈麻為宣政使。因此，哈麻對脫脫懷恨在心。
另外，哈麻在奇氏皇後的授意下，多次與脫脫商量授予愛猷識理達臘“皇太子寶璽”。脫脫以愛猷識理達臘不是正宮皇後所生為由，予以拒絕，並且還說“中宮有你哈麻在，何必來找我”，加以推脫。這樣一來，二人的隔閡越來越深，脫脫還由此得罪了奇氏和太子。奇氏開始在妥歡帖睦爾麵前添油加醋地說脫脫的壞話，加上哈麻從旁作梗，使妥歡帖睦爾與脫脫的君臣關係發生了顯著變化，妥歡帖睦爾對脫脫由猜疑發展到不信任的地步。
脫脫受害秘聞
脫脫奉命出師高郵之際，命汝中柏為治書侍禦史，以輔佐也先帖木兒代理朝政。汝中柏認定哈麻必為後患，勸脫脫除之，脫脫猶豫不決，命汝中柏與也先帖木兒商議。也先帖木兒認為哈麻曾有功於自己，不同意。哈麻獲知此情之後，將脫脫拖延皇太子冊寶禮等事，告訴奇皇後，說：“皇太子即立，而冊寶及郊廟之禮不行者，脫脫兄弟之意也。”奇氏頗為相信。哈麻又與汪家奴之子桑哥實裏、也先帖木兒之客明理明古等遊說皇太子，以達到挑撥皇後、太子與脫脫關係的目的。
脫脫出兵高郵以後，哈麻憑著三寸不爛之舌，博得了妥歡帖睦爾的信任，乘也先帖木兒患病在家之機，讓妥歡帖睦爾命他出任中書平章政事。十二月，指使監察禦史袁賽因不花出麵，三次奏劾脫脫和也先帖木兒罪惡，說脫脫有不軌之舉。指責“脫脫出師三月，略無寸功。傾國家之財以為己用，半朝廷之官以為自隨。又其弟也先帖木兒庸材鄙器，玷汙清台，綱紀之政不修，貪淫之心益著。”請求罷免脫脫。妥歡帖睦爾聽信讒言，又怕脫脫功高欺主，出現伯顏第二，於是派使臣急赴軍中下詔，以脫脫“勞師費財，坐視寇盜”為借口削除其兵權和官爵，將他貶居淮安，改派河南行省左丞相太不花、中書平章政事月闊察兒、知樞密院事雪雪，代統脫脫所部，任前線指揮。消息傳開，軍心大亂。脫脫的心腹參議龔伯於是對脫脫說：“將在外，君命有所不受！”勸他不奉聖旨，待攻下高郵，讒言自會大白於天下。並且說“且丞相出師時，嚐有密旨，今奉密旨一意進討可也。詔書且勿開，開則大事去矣”。脫脫搖頭說：“天子有詔，我如不從，便是抗命，後世將謂我為何種人。”逐不聽部下之勸，延詔使入帳，俯伏聽宣。將吏聽後都非常吃驚，而脫脫卻麵不改色，叩首謝道：“臣本至愚，受天子寵信，委以軍國重務，日夜惶懼，唯恐不克負荷。今得釋此重擔，真是出於殊恩了。”拜謝而起，送走詔使，召集將士，命他們各率所部，聽候後任節製。又命出兵甲名馬三千，分賜諸將。諸將垂淚叩謝。客省副使哈刺答奮然而起道：“丞相若去，我輩必死他人手中，寧可死在恩公之前，以報知遇之恩。”說完拔刀刎頸而死。皇帝詔書未到之前，哈麻早已派人先到軍中，說“詔書且至，不即散者當族誅！”故詔書一到，“大軍百萬，一時四散。其散而無所附者，多從紅巾軍。”臨陣輕易換帥，犯了兵家之大忌，其後果不堪設想。百萬大軍失去主帥，頓時潰散，使走投無路的張士誠抓住戰機，反敗為勝。從此，元朝失去了軍事優勢。劉福通乘機於至正十五年（1355年）二月，迎韓山童之子韓林兒於碭山夾河，在亳州（今安徽亳縣）正式建立宋政權，改元龍鳳，立林兒為帝，號小明王。劉福通是宋政權的實際領導人。從至正十六年（1356年）九月開始，劉福通分兵四出，發動了著名的三路北伐，勢力迅速壯大，所向披靡，占據了廣大地域，至正十八年五月攻下汴梁，元守將竹貞逃遁。宋政權定為都城。這時北方紅巾軍起義出現了鼎盛的局麵。
高郵戰役後，南方紅巾軍也利用這一機會重振旗鼓，再現當年雄風。至正十五年（1355年）正月，倪文俊攻克兩陽，在漢川雞鳴儀大敗元軍，威順王寬徹普化之子報恩奴、接待奴、佛家奴戰死。接著，又連克數城，俘威順王子歹帖木兒及王妃等，震動了元廷。至正十六年（1356年）正月，天完政權在漢陽重新建都，徐壽輝仍以鄒普勝為太師，命倪文俊為丞相，改元太平。天完軍擴大戰果，兩次圍攻軍事重鎮安慶。後為陳友諒篡奪政權。至正十九年（1359年）九月，陳友諒自稱漢王，改元天定，次年殺徐壽輝自稱皇帝，改國號大漢，年號大義。這時明玉珍也迅速占領四川大部地區，二十一年七月稱隴蜀王，後建立大夏政權，改元天統。勢力曾達到陝西、雲南、貴州地區。
高郵之戰是元末農民起義由衰而盛的轉折點。
脫脫被貶後先後安置於淮安路，不久即命移置於亦集乃路（今內蒙古額濟納旗東南）。至正十五年（1355年）三月，詔流於雲南大理宣慰司鎮西路（今雲南騰衝西），流也先帖木兒於四川碉門。脫脫的兩個兒子也因此受到牽連，分別被放逐蘭州、肅州，家產籍沒。脫脫奉命前往雲南途中，路過大理騰越，當地知府大人高惠對他熱情招待，設家宴歡迎。並欲將女兒嫁給他，讓他們當即成婚，脫脫再三推辭說：“我是朝廷罪人，怎敢有屈名姝。”說完，不肯久坐，立即起身欲行。高惠再三挽留，脫脫隻是不從，甩脫高惠，徑自登程。由於脫脫觸怒高惠，高惠便派鐵甲軍監察行蹤。剛到阿輕乞地方，一聲呐喊，便將驛舍圍住。脫脫已將生死置之度外，雖然被困，並不驚慌。不料兵還未退，朝中又下密詔，原來哈麻矯旨，遣使賜鴆酒一尊，令其自盡。脫脫奉詔服毒而亡，年僅四十二歲。
亂世三鳳
所謂三鳳即元順帝妥歡帖睦爾的皇後欽察，答納失裏、弘吉剌，伯顏忽都和奇，完者忽都，元順帝剛即位時，因皇太後卜答失裏的關係，對已死的燕鐵木兒推恩備至。先是聘娶燕鐵木兒的女兒答納失裏為皇後，又封燕鐵木兒的弟弟、左丞相撒敦為榮王，燕鐵木兒的兒子唐其勢襲爵太平王，進階金紫光祿大夫。幾年後，撒敦病死，右丞相伯顏獨攬大權。元順帝日益信任伯顏，使唐其勢憤憤不平。
一天，唐其勢同幾名親信在府中密商，想找機會廢黜元順帝，另立新君，並且殺死伯顏，以恢複自己家族的勢力，誰知事機不密，走漏了風聲。元順帝立即派人告知伯顏，命他小心防備。
元統二年（公元1334年）六月晦日（月底這一天），唐其勢先派弟弟塔剌海在東郊埋下伏兵，自己率衛士襲擊皇宮。誰知當他剛殺入禁城時，隻見伏兵四起，伯顏親自帶領大將殺了出來。唐其勢毫無思想準備，倉惶應戰，而伯顏的軍隊越來越多，把他和衛士們團團圍住，最後終因寡不敵眾，被拖下馬鞍活捉。
伯顏又帶兵去東郊，將塔剌海的軍隊殺得東逃西竄，潰不成軍，連塔剌海也一並活捉，關進了大牢。伯顏押著兩名罪犯，進宮請順帝登殿親加審訊。
元順帝說：“唐其勢兄弟謀反之罪昭然，何必再審，你就按國法嚴辦吧！”
伯顏便命衛士先將唐其勢拖出午門斬首。唐其勢返身攀住殿上欄杆，大叫道：“皇後救我！”坐在順帝身邊的皇後答納失裏雖然又悲又急，但不敢說一句話。唐其勢又對順帝說：“陛下當初對臣的父親有明令，寬恕子孫九死，為何今日違背前言？”
順帝大怒，斥責道：“謀逆之罪不可寬恕！當初你興兵犯上，怎麼不想到今日會身首分家呢？”
兩旁武士一擁上前牽扯唐其勢，直至扯斷欄杆，才把唐其勢拖出殿外。這時，塔剌海嚇得顫抖不已，畢竟年紀小，一閃身，竟躲到皇後的寶座下麵。皇後不忍幼弟遭難，忙用自己的衣裙把他遮掩起來。但是伯顏豈肯放過，他在文宗時與燕鐵木兒爭權好多年，一直屈燕鐵木兒之下，早就窩著一肚子氣。隻聽他一聲怒喝，命衛士上前，將塔剌海從皇後的座椅下麵拉了出來，拔劍出鞘，把塔剌海劈成兩段。鮮血四濺，灑在皇後的衣裙上，嚇得皇後麵色如土，縮成一團。
伯顏見狀，微微冷笑一聲，又對順帝奏道：“皇後兄弟謀逆皇後也有罪，何況皇後偏袒兄弟，顯然是同謀。請陛下割舍私情，以正國法。”
順帝聽了，尚在猶豫，伯顏已下命令：“把皇後拖出去！”
衛士們見順帝沒有表態，不敢動手。伯顏大怒，自己走上前，扯住皇後發髻，一把拖了下來。皇後大聲啼哭，哀求順帝：
“陛下救我，陛下救我！”
這時的順帝也無可奈何，隻是流著眼淚對皇後說：“你兄弟身犯大罪，朕亦不能救你！”
幾天之後，就有燕京派出的使者，手持順帝詔書和一瓶鴆酒，來到開平，命皇後立即飲毒自裁。
答納失裏立為皇後不到兩年，並無過錯，因受父兄牽連，遭到這個下場，實在可憐。元順帝對她這樣無情，除了為報複太後卜答失裏和燕鐵木兒之外，還有另一層原因。
元順帝冊立答納失裏為後不久，又寵愛一個高麗女子奇氏。奇氏名叫完者忽都，本是侍女，長得極其秀麗，尤擅長調製飲料。順帝每用膳必定要她侍候，她聰明狡黠，善用心計，很快就博得順帝歡心，由侍膳變成侍寢。皇後答納失裏知道後，大大吃醋，好幾次辱罵甚至責罰她。受了委屈，她不敢發作，但總到順帝跟前哭訴一番。順帝嘴上不說，心中頗為不滿，漸漸便同皇後疏遠起來。假如順帝一向同皇後情投意合，即使皇後犯了法，也會設法袒護的。
答納失裏死後，順帝想立奇氏為皇後。當時，奇氏已為順帝生下皇子愛猷識理達臘，更加得寵。但是伯顏堅決反對，說奇氏是個高麗女子，且出身微賤，不配正位中宮。順帝沒有辦法，隻好改立弘吉喇，伯顏忽都為皇後。
伯顏忽都是武宗皇後真哥的侄孫女。她同前皇後答納失裏不同，性情溫淑，表現得相當寬容大度，生活也很節儉。她從不同奇氏爭風吃醋，相反還處處謙讓，不時給奇氏一些賞賜。奇氏住興聖西宮，元順帝時常宿在那裏，很少去中宮。皇後左右的人有些不平，但皇後沒有一句怨言，一笑置之。
奇氏生了皇子，更得順帝寵幸，不免驕矜起來，很想奪取皇後寶座。無奈她同順帝說了幾次，順帝總是不敢，怕丞相伯顏阻撓。
元順帝即位之初還略有些作為，以後，漸漸沉湎於酒色與享樂之中，常常不坐朝。凡朝事要政，多由伯顏決定，日子一久，竟是處處受伯顏的鉗製。由此，奇氏更加痛恨伯顏，常在順帝跟前進讒。到元至四年，元順帝終於忍受不了伯顏的專橫無禮，在伯顏侄子脫脫的幫助下，設法鏟除了這個權相。伯顏死後，奇氏才得以立為第二皇後。她因伯顏忽都皇後待她不薄，不忍恩將仇報，所以讓人替她上奏，要求仿照前代幾位皇後並封的先例。順帝十分高興地接受下來。
過了幾年，皇子愛猷識理達臘漸漸長大，順帝視若掌上明珠，冊為皇太子。他還常命太子陪侍左右，凡有巡幸外出，身邊總帶著太子，還命太子拜丞相脫脫為老師，加以嚴格教育。而順帝自己，則越發追求享樂，不理朝政，甚至請了一些西洋僧人進宮，以學習氣功為名，在宮中公然進行淫亂活動。皇太子看在眼裏，非常憤恨，隻恨手中無權，不能誅滅這班妖人，唯有偷偷出宮，到脫脫府中訴說。
丞相脫脫在當時是個難得的忠直之臣，他不貪財，不好色，忠心為國。當他知道順帝竟在宮中整天幹這種荒唐事時，又驚又氣。他告訴太子說，方今天下大亂，警報頻傳，劉福通、徐壽輝、方國珍、張士誠紛紛起事，盤踞一方，皇帝竟毫不在意，整日裏尋歡作樂，大元朝不滅，更待何時？
太子離去後，脫脫連夜闖進宮去，竭力勸諫順帝，要他親君子，遠小人，崇德遠色，撥亂反正，以力挽危局，否則，亡國之日近在眼前！順帝表麵上聽從，可是過了幾天，當脫脫親率大軍去高郵同張士誠交戰時，忽有朝廷詔書下達，譴責他勞師費財，不勝重任，命削去官爵，安置去淮安。
過片刻功夫，竟又有第二道詔書飛來，命脫脫遷徙去雲南，並將他弟弟流放四川，長子充軍肅州，次子充軍蘭州，所有家財一律籍沒！不久，這位對元王朝忠心耿耿的脫脫丞相，在充軍路上被逼自殺。
至正二十五年（公元1365年），在各路義軍蜂起，元統治岌岌可危之時，伯顏忽都皇後病死，年42歲。伯顏忽都品德修養極好，連荒誕無恥的元順帝也十分敬重她，她居住坤德殿，整日端坐，行止均按法度。她死後，皇後奇氏見她遺下的衣服十分破舊，好笑地說：“身為正宮，怎麼穿用這樣的衣服！”倒是皇太子盡管不是伯顏忽都所生，卻對她相當尊重愛戴。聽到她死的消息，特意從外地趕回燕京，吊喪時痛哭流涕，十分傷心。
皇太子見各路變亂迭起，時局越來越困難，而父親元順帝終日荒淫無度，一點不管國事，十分憂急，便想自己來做皇帝。他同母親奇氏商量，想請順帝禪位。奇氏怕左丞相太平不同意。母子倆想了個辦法，把太平接進皇宮，招待好酒好菜，希望太平能幫助成全這件事。可是太平認為，皇帝假如不主地動提出禪讓的意思，是萬不能這樣幹的，奇氏懷恨在心，密囑親信大臣上本參奏太平。昏頭昏腦的元順帝相信了讒言，把太平發配去吐蕃，又逼他在路上自盡。就這樣，無論脫脫還是太平，元末為數極少的幾個忠直之臣，不是被皇帝弄死，就是被皇後弄死，元順帝時的朝政之腐朽，可見一斑。
太子異常急切地想做皇帝，但是元順帝不肯讓位，他對兒子說；“朕頭未白，齒未冷，怎能說朕已年老？”宦官樸不花與左丞相搠思監見有機可乘，便投靠了皇後與太子，兩人借著皇後和太子的勢力，排斥異己，殘害大臣，觸犯了大同鎮帥孛羅帖木兒的利益。孛羅帖木兒以“清君側”為名，率大軍進犯燕京。皇太子親率衛士去抵擋，結果大敗而逃。孛羅的軍隊長驅直入，緊逼城下，元順帝慌了手腳，一麵把樸不花與搠思監兩人捆綁起來，送入孛羅的軍營處死，一麵命令使臣把孛羅請進皇宮，好言撫慰，並封孛羅為右丞相，節製天下兵馬。
再說太子逃到統帥河南軍隊的擴廓鐵木兒那裏去之後，擴廓以太子名義召集各路軍隊，向燕京進發，征討孛羅木兒，孛羅聞訊大怒，帶劍闖入皇宮，逼順帝交出皇後奇氏。順帝不忍，隻是發抖不止。孛羅不耐煩了，指揮衛士們把皇後押出宮去，幽禁起來，又親自出城去，抵擋擴廓的軍隊。
奇氏雖被幽禁，但仍然積極活動，她設法授意一名親信宦宮，去皇宮裏挑選了幾名絕色美女，送入孛羅府中，孛羅見了喜笑顏開，對宦宮說：“難得皇後這樣好心，你去代我向她致謝，過幾天我馬上送她回宮！”
從此，孛羅帖木兒放鬆了警惕，一味躲在家中同美女們淫樂。在奇皇後的策劃下，順帝下詔把孛羅騙進皇宮殺死，又殺盡孛羅的眷屬以及部將。孛羅的軍隊便不戰自潰。
擴廓帖木兒護送太子進京，走在半路上忽然接到奇皇後的密諭，命令率軍隊擁護太子入城，逼順帝讓位。擴廓不露聲色，當走到離燕京3O裏地時，擴廓就下令部隊回去，自己隻帶了幾名衛士，把太子送入皇宮。母子、父子相見，格外高興，尤其元順帝，見了太子歡喜不迭，他還不知道這母子倆正一心謀奪他的皇位呢。
見擴廓鐵木兒不肯依附，奇皇後很是怨恨，唆使太子伺機讒害。此時元順帝任命擴郭為左丞相，加封太傅、河南王，總製關、陝、晉、山東等各地軍事，要他南下征討江淮一帶的農民軍張士誠、朱元璋和川蜀的明玉珍。但是關中的李思齊和張良弼不肯聽擴廓的調遣。擴廓再派兵去攻打李、張，皇太子乘機向元順帝進讒說：“擴廓不聽調令，私自出兵打自己人，未免過於跋扈。”順帝聽信了，派使者去傳諭，命擴廓立即停止同關陝一帶的戰事，揮軍南下打農民軍，並任命皇太子為全國兵馬大元帥，統領擴廓、李思齊、張良弼各部。擴廓不肯聽從，依然同李、張自相殘殺。皇太子請求順帝撤消擴廓兵權，還命令李、張兩麵夾擊擴廓。擴廓大怒，領兵占領了太原，殺盡元朝設在太原的官吏。元順帝再派各路軍隊圍剿擴廓。
就這樣，元朝的軍隊你打我，我打你，打了好幾年，而這段時期中，占據江、浙一帶的吳王朱元璋已是羽翼豐滿。他乘元朝軍隊忙於內戰，無暇他顧之際，迅速壯大自己的勢力。他先打敗占據湖廣、江西地區的陳友諒，再討伐江淮一帶的張士誠，又逼降占據溫州、慶元海域的方國珍。到元順帝至正二十七年（公元1367年），朱元璋業已掃平群雄，擁有江南的半壁江山了。這一年，他積極準備北上討元。
朱元璋的北伐軍隊對付腐敗的元軍綽綽有餘，一路勢如破竹，僅僅一年不到的時間，就連連攻下德州、通州，直逼大都。元順帝手忙腳亂，帶了三宮六院及皇太子，匆匆逃出建德門奔向上都開平而去。