返臨安途中，作《赴闕》詩雲：“壯心欲填海，苦膽為憂天。”“丈夫竟何事？一日定千年。”此為《指南錄》的第一首詩。
十二月，與張世傑一同上奏朝廷，建議背城與元軍血戰，遭到拒絕。
是年正月，宋黃、蘄以下長江沿岸諸州、軍望風降元。二月，賈似道兵潰魯港，逃往揚州，被罷職。江萬裏在饒州殉國。三月，陳宜中任右丞相兼樞密使。七月，張世傑兵敗鎮江焦山。十一月，元軍分三路往臨安。
恭帝德祐二年丙子，五月改景炎元年（1276） 四十一歲
正月初二，任知臨安府，辭不拜。十三日，與杜滸見於西湖上。當夜力阻陳宜中將與伯顏議降之行。十九日，任右丞相兼樞密使、都督諸路軍馬，辭相印不拜。
二十日，以資政殿學士舊職出使元營，據理力爭，辭旨慷慨，被伯顏扣留。二十一日，大罵赴元營奉表獻土的丞相賈餘慶等賣國。二十五日，其勤王軍兩萬餘人被伯顏遣散。
二月初八，被迫隨祈請使吳堅、賈餘慶等去元大都。十八日至鎮江。二十九日，與隨從杜滸等十一人夜走真州。三月初一至真州，與守將苗再成議糾合兩淮以圖複興。初三，為李庭芝所忌，被苗再成逐到城外。曆盡艱險，經揚州、高郵、海陵，於三月二十四日到達通州。途中一路作詩，在通州編為《指南錄》，並作自序。
閏三月十七日，離通州泛海追尋益王、廣王。三十日至台州。四月初八至溫州。五月二十六日，奉召至福安，任為右丞相、樞密使兼都督諸路軍馬，因見左丞相陳宜中、樞密副使張世傑擅權，辭不拜。六月，改任樞密使，同都督諸路軍馬。繼續編訂《指南錄》，並作後序。
七月初四，從福安啟程，十三日至南劍州，建同督府募兵。
十一月，督府移至汀州，派兵規取江西。
長女定娘和幼女壽娘，當年在惠州河源縣三角村病亡。
是年正月，吉王趙昰改封益王，信王趙昺改封廣王。初八，謝道清派劉岊奉表稱臣，乞存境土。十八日，伯顏至皋亭山。二月初五，恭帝趙 拜表祥曦殿，宣布退位，向元朝乞為藩輔。
三月，趙 與全太後北去。
閏三月，陳宜中、張世傑在溫州奉益王趙昰為天下兵馬都元帥。五月初一，趙昰在福州即皇帝位，是為端宗，改元景炎，改福州為福安府。
七月，朱煥以揚州降元，李庭芝、薑才在泰州被俘。八月，真州陷，苗再成殉難。十月，呂師夔率元軍度梅嶺進軍嶺南。十一月，建寧府、邵武軍、南劍州陷。十一月十五日，陳宜中、張世傑奉端宗逃往海上。
宋端宗景炎二年丁醜（1277） 四十二歲
正月，元軍進攻汀州。同督府自汀州遷往漳州龍岩。叛將吳浚奉命來勸降，斬之。又派羅輝來勸，回《正月書》堅拒。
三月，至梅州，文璧自惠州帶全家人前來會合。
五月，入贛南，占領會昌縣。六月初三，大敗元軍，大捷雩都。二十一日進駐興國縣。七月，派兵圍攻贛州、吉州。相繼收複龍泉、永新、永豐、吉水、萬安五縣。汀州斬偽天子黃從。臨江軍、洪州、袁州、瑞州等地豪傑紛起響應，大江以西有席卷包舉之勢。淮西兵收複興國軍，黃州收複壽昌軍，號令通江淮。
八月，攻贛、吉二州兵敗。同督府轉往永豐，急撤中老將鞏信阻元軍於廬陵東固方石嶺。二十七日，在永豐縣空坑被元軍追及，幸脫身。妻歐陽氏、妾顏氏和黃氏、次子佛生、二女柳娘、三女環娘皆被俘。佛生被人救出，後為羅宰收養。
十月，收拾殘部再入汀州。十一月至廣東循州，屯兵南嶺。
是年二月，元軍占領廣州，廣東各州大部陷落。
七月，為對付文天祥，元廷專設江西行中書省，以塔出為右丞、麥術丁為左丞，李恒、蒲壽庚、程鵬飛為參知政事，在隆興設元帥府。八月，李恒自隆興派兵支援贛州，並親率大軍襲擊興
國縣。
十一月，張世傑奉端守從淺灣逃至秀山、井澳。陳宜中逃往占城。端宗複逃海上。
端宗景炎三年戊寅，五月改為祥興（1278） 四十三歲
二月，文天祥進軍惠州海豐縣。三月，進駐麗江浦，派人沿海尋訪行朝下落。
是年四月十五日，十一歲的景炎帝趙昰驚悸成疾而死。八歲的衛王趙昺繼位，五月初一改元祥興。六月初七，行朝遷居新會縣厓山。