靈帝非常憤怒，聯想起剛剛處理過的劉悝謀反，他更加怒不可遏，立即詔令廢黜宋皇後，並誅殺其父及兄弟，流放其他親屬。宋皇後無辜受貶，並累及親人，不久便在暴室中憂憤而死。
怒氣過後，漢靈帝有時也感到有所不解：堂叔劉悝從未犯過錯誤，他是先帝桓帝的同母弟弟，怎麼會謀反呢？宋皇後與自己共承天下，母臨萬國，怎麼會詛咒自己呢？“遊魂不安”的恐懼，使他做了一個夢。他夢見已故的桓帝色俱厲地斥責他說：“宋皇後有什麼罪過？你聽信任用奸邪的大臣和嬖姬使宋皇後絕命。以前渤海王劉悝，既然已經自貶了，但還是被你殺死。現在宋皇後和劉悝都到天帝那兒去告你。天帝極為氣憤，你的罪過太大，很難赦免！”靈帝被驚醒了，夢中情景卻依然曆曆在目，他將這件事說給羽林左監許永，問他這是什麼征兆。許永便借此向他講了劉悝與宋皇後冤死的全部事實，並指明改葬、反家、複封的補救措施。但漢靈帝最終也沒有走出宦官們為他製造的陰影，至死也沒有對劉悝及宋皇後的“冤魂”進行絲毫安撫。不過夢是心境的外顯，可見在他內心的深處多少也有一些愧疚。
宋皇後被廢之後，又過了兩年，靈帝耽於淫樂，還沒有打算再冊立皇後。朝臣上表請求靈帝趕緊確立中宮，因為這是國家的一個象征，靈帝便冊立了貴人何氏為皇後。
何氏出身於一個南陽的一個屠戶家庭，卻生得花容月貌，她身高七尺一寸，肌膚如雪、亭亭玉立，是當地有名的美女。其父何真便有了依靠女兒出人頭地的打算。例行的宮中選美開始後，何真用宰羊積攢下的金帛錢財賄賂那些前來擇選的宦官，希冀能把女兒送到宮中。由於主事的宦官受了賄，何氏又果然容貌不凡，便將她選中，送入了宮中。像何氏以屠夫的女兒得以入主中宮，若不是走宦官的門路，恐怕是很難達到目的的。這一點說明東漢帝國的體製已經不再按照原來的規則運作了，何氏以屠夫之女能夠成為皇後，自然也足以說明宦官在當時社會政治中的分量。
靈帝一見到何氏就喜歡上了她。於是，何氏夜夜獨占靈帝，後宮又多了許多枯燈中打發寂寞光陰的女子。幾度春風之後，何氏懷孕後生下了皇子劉辯。靈帝對她就更為寵愛，幾乎夜夜與她共度春宵。因為靈帝宮人所生之子多數夭折，何氏不敢再把劉辯養在皇宮，而是寄養在史道人家，也不稱“皇子”，隻稱“史侯”。
何皇後成為後宮之主後，按照慣例，將她的父親追封為車騎將軍、舞陽宣德侯，母親也被封為舞陽君。
何皇後一方麵對宦官恭恭敬敬，另一方麵卻對後宮的嬪妃張牙舞爪，極盡強悍妒狠，六宮粉黛無不震懾。後宮裏有位王美人（地位次於貴人的嬪妃）是前五官中郎將王苞的孫女，出身名門、知書達理，姿色比何皇後還略勝了一籌，而且能詩擅畫、談吐優雅、舉止端莊。靈帝對王美人極為寵愛，顛鸞倒鳳後不久王氏懷了孕，被晉封為美人。
何皇後對王美人恨之入骨，私下裏時刻圖謀加以陷害。王美人生性聰敏，她早知道妒忌心強烈的何皇後不會容她，所以在進謁何皇後的時候用帛束住腰部，不讓何後看出她懷了孕。隻是腹中的胎兒一天比一天大，王美人朝夕輾轉不安，便弄來墮胎藥喝下去。因為一旦生下兒子，可能母子都保不住性命。誰知，王美人吃了藥，僅肚子痛了幾天，胎兒卻安然無恙。據說，王美人夜裏曾做過一個夢，夢到自己背負天日而行。她心中疑惑，感到這是胎兒的吉貴之兆，是天意如此，便不再喝墮胎藥，聽天由命了。十月懷胎後，王美人生下一個男嬰，靈帝十分高興，給嬰兒取名為劉協，這就是後來的漢獻帝。
何皇後得知情況，果然怒不可遏，就一直找機會想要除掉王美人。於是就趁王美人產後服藥調理的機會，密遣心腹的內侍用鴆毒代替藥物毒死了王美人。靈帝聽到王美人忽然去世的消息，急忙前去探視，他一看王美人四肢青黑，就知道是中毒而死，不禁悲痛萬分。立即下令嚴查，不久追查到是何皇後下的毒，靈帝出於憤怒，打算將何後廢去。膽大包天的何皇後這才感到害怕了，她急忙花錢賄賂曹節、張讓等閹宦為她說情。靈帝一生最相信宦官，於是何後大事化小，小事化了。何後這次有驚無險，逃過一劫，自然對宦官更是格外敬重。
後來，何皇後的異母哥哥何進借鎮壓黃巾軍之際，升任大將軍之職。由於權力之爭，何皇後與皇太後董氏發生了衝突。二人的衝突與尋常的婆媳口角不同，她們一開始就動了真格的，最終竟升級為刀槍相見你死我活。
其實，何皇後和董太後兩人之間早有積怨。原來，在何後毒死王美人之後，靈帝擔心兒子劉協遭到不測，就將他送到永樂宮，請母親董太後收養，號稱董侯。靈帝常常思念冤死的王美人，曾作《追德賦》、《令儀頌》兩篇辭賦紀念她，辭賦裏的字句纏綿悱惻、如泣如訴。也許是愛屋及烏吧，漢靈帝對於失去母親的皇子劉協也就憐愛有加，又因為這個孩子像自己，便萌生了立他為太子的念頭。
但是，何皇後已經有了皇子劉辯，是漢靈帝的嫡長子，天經地義的皇位繼承人。當群臣奏請立太子時，何皇後所生的兒子史侯劉辯雖然年長，但靈帝認為劉辯為人輕佻，缺乏君主應有的尊嚴儀表，難以做人主。董氏就乘機勸靈帝立劉協為太子。為此，何皇後對婆婆董太後恨得咬牙切齒。不過，由於何皇後是劉辯的生母，何進又掌握軍權，再加上當時不論是外廷的官僚，還是內廷的宦官，包括靈帝自己的外戚，都支持劉辯。漢靈帝沒有辦法，隻好先拖下去。