除了組建微軟中國研究院時的種種困難，李開複遇到的最大困境還是在其離開微軟加盟Google之時。
根據2005年9月13日的法庭裁決，李開複可以立即為Google工作，但工作範圍將受到限製。年底，微軟與Google正式就李開複跳槽達成和解，此時的微軟還不忘嘲諷李開複幾句。微軟副法律顧問湯姆·伯特稱：“我們對法官的裁決實在是感到滿意。因為他拿了1000萬美元隻能去麵試學生，去當一個出租代理人。”就因為這句話，李開複被戴上了“最昂貴的人力資源經理”的帽子。
微軟研究院與Google中國的區別在於，前者是一個很純粹的研究機構，不必太多考慮科研以外的問題；後者雖然也包含Google中國工程院，但從本質上來說是一個獨立核算的單位，所花出去的每一分錢都要從日後的經營中得到回報。既然李開複是Google中國的負責人，那麼他就有義務考慮，Google應如何在中國獲得成功，這也是他在Google和在微軟的工作的最大區別。
由於李開複的工作範圍受到限製，Google中國相繼聘請了前UT斯達康中國區總裁周韶寧擔任Google中國聯席總裁，前雅虎的高級營銷總監、一拍網CEO王懷南擔任亞太區市場總監。三人的分工是，李開複負責人才招聘和公關，周韶寧負責在中國的銷售和渠道業務，王懷南負責市場拓展。Google中國“三駕馬車”的格局由此形成。
雖然做好了麵對各種困難的準備，在加盟Google時，李開複或許不會想到，2005年那場因他跳槽而起的長達半年的官司隻是一個序曲，而接下來的2006年，對於Google中國和李開複來說，都可以算得上是最長的一年。
回顧曆史，我們不得不說，Google錯過了進入中國最好的時期。2002年，隻有五個工程師在美國運作的Google拿下中文搜索引擎的大部分份額，當這年有傳言Google即將進入中國時，百度上下如臨大敵。
這一年，在Google的壓力下，李彥宏親自掛帥，幹起一個小小的產品經理應該幹的活，親自抓起旨在趕超Google的“閃電計劃”；到第二年，百度已經在媒體上造勢：百度至少和Google一樣好。
三年來，百度一直很懼怕Google進入中國，一旦Google進入中國，就是和Google這個巨無霸正式開戰的時候。但是當Google真的進來了，百度反而不怕了——這個時候的百度市場份額已經超過了Google，再說百度為了這場仗準備了三年，或許在Google沒來的時候，百度多少也會有點期待Google的到來吧？
以有備算無備，整個2006年，穀歌給人的感覺是在競爭對手的緊逼下節節敗退。
穀歌給人的感覺是從春節起就流年不利。先是Google。cn與趕集網共用ICP證東窗事發，穀歌被信產部調查，整個公司人心渙散，員工每天上班的第一件事情就是等待從信產部回來的同事的消息，看看是否有什麼嚴厲的處罰措施；緊接著又傳出穀歌輸入法抄襲搜狗詞庫的消息，穀歌的聲譽受到了極大的損害；同時，穀歌中國的市場份額從2005年的30%左右滑落到20%以下，留下了“進入中國市場後份額反而下降了”的尷尬。不僅穀歌的市場份額跌到了最低點，到了年底，穀歌中國的“三駕馬車”也三去其二，周韶寧、王懷南相繼離職，隻剩下李開複一人支撐，有輿論甚至開始猜測，穀歌中國什麼時候會撤出中國市場。
事實上，穀歌中國2006年的市場份額的下降固然令人沮喪，但對穀歌來說，在2006年所遭遇的最大厄運，是管理層思想的不統一，以及由此帶來的戰略飄忽不定。在Google中國的管理團隊形成之時，在未來的發展戰略上就存在分歧：李開複認為，Google中國與其去尋找100種改善流量的方法，不如堅持改善搜索引擎技術，但他的搭檔周韶寧和王懷南對此無法完全認同。