李時珍是個喜歡讀書的人，數年來，他翻閱了不少唐、宋兩朝的本草藥書，書上記載的豐富的醫藥知識，使他大開眼界，受益匪淺。可是，我國古來的“本草”同明朝當時用藥的實際並不相符，這是李時珍在自己行醫過程中逐漸發現的嚴重而迫切需要解決的問題。
舊“本草”不隻是品種不全，而且還有很多錯誤。就拿唐慎微編寫的當時醫藥界公認的全書《證類本草》來說，李時珍一方麵稱讚唐慎微的學問廣博，肯定《證類本草》彙集了各家本草的藥物和民間許多的單方、驗方，使這些民間和古來的用藥經驗能夠流傳下來。但另一方麵，李時珍覺得《證類本草》仍有不少瑕疵，如品種不全、分類雜亂、草木混淆，或一物誤分為二，或二物誤以為一，有的甚至誤將毒藥當做壽藥。例如，它把葳蕤、女萎並入一條，這就是個差錯。葳蕤是一種矮小的多年生草本植物，開白色的鍾形小花，葉子像竹子，所以又名玉竹，是一種常用的滋補強壯藥。女萎也稱萬年藤，莖長數丈，是止痢消食藥，這兩者是不可以混為一談的。還有，生薑、山藥是兩種蔬菜，《證類本草》卻把它們列入草部；檳榔、龍眼是兩種果子，《證類本草》又把它們列入木本等等。
又如有的本草認為“黃精即鉤吻”，“旋花即山薑”。黃精是一種補藥，無毒，鉤吻卻有劇毒；旋花與山薑也是兩種不同的植物，分屬旋花科和薑科。把這些東西相互混淆就屬於錯加注釋了。
更比如“水銀”，據以前本草書記載，言其“無其毒”“其久服神仙”“為長生不老之藥”等。確有其事嗎？李時珍通過調查，認識到水銀是由丹砂加熱後分解出來的(就是所謂的“汞出於丹砂”)；水銀和硫磺一起加熱，可以變成銀朱(硫化汞)；水銀加鹽等物，又可以變成另一種物質，名叫輕粉(氯化汞)。由此，在李時珍的記述下，水銀終於回到了它本來的位置，他說水銀是一種“溫燥有毒”的物質，“若服之過劑，則毒被蒸竄入經絡筋骨，變為筋攣骨痛，發為癰腫疳漏，或手足破裂，蟲癬頑痹，經年累月，遂成疾癌，其害無窮。”李時珍又根據六朝以來久服水銀而造成終身殘廢的曆史事實，駁斥了久服水銀可以長生不老的無稽之談，並憤言道：“方士固不足道，本草豈可妄言哉。”
藥的功效搞錯了，就算醫生處方開得再好也還是不能治病，甚至會引起醫療事故。
一天，一個漁夫滿麵愁容且焦急不安地前來請李時珍去他家給妻子治病。李時珍匆忙趕到漁夫家，隻見漁夫的妻子麵色灰白，精神恍惚，昏沉沉地躺在床上。原來，她患病後曾請過一位醫生診治，不料服藥後病勢反而加重了。李時珍用銀針刺進急救穴位，病人發出了低微的呻吟聲，接著“哇”的一聲，吐出許多汙穢之物，並慢慢睜開了雙眼。
李時珍隨後將原藥方攤開再三推敲，覺得處方開得尚好，配方也無不妥之處。但病人服此藥後，為何病情反而加重了呢？李時珍疑惑不解，會不會是抓錯了藥呢？他仔細查看藥渣，發現了一味“虎掌”(天南星的葉子)，藥方上沒有。而藥方中的“漏籃子”，藥渣中卻沒有找到。疑團終於解開了，原來是藥鋪抓錯了藥！虎掌有大毒，被錯當成漏籃子抓給病人了。為此，李時珍和漁夫一同趕到藥鋪。藥鋪掌櫃對漁夫的叫罵不理睬，對李時珍的責備也不表態，他麵無表情地用鼻子一哼，轉身進屋拿出一本書朝李時珍麵前一扔，冷笑著說：“本人自幼熟讀本草藥書，從無抓錯之說。現有藥書為證，請你過目！”李時珍仔細一看，原來是一本《日華子本草》。他翻開來查閱，書上清清楚楚地寫著目漏籃子又名虎掌，二者為同一藥物。李時珍大感意外，無話可說，在那裏發愣。這次藥物中毒的事例，使李時珍萌生了修正舊醫書上的錯誤，增補新內容，寫出一部新的本草的想法。因為一旦見錯不改，任其自然泛濫，他將成為醫學史上的千古罪人。
回到家裏，李時珍把這一想法告訴了他的父親。沒想到父親卻頗有同感，把自己行醫幾十年所經曆的類似事件也都講述給李時珍聽，然後感慨地說：“這也難怪，離現在最近的本草距今也有四百多年了，怎麼可能符合今天的需要呢！”然後又望著兒子，若有所思地說：“可是，自唐朝以來，曆代修本草都是朝廷的事，咱們隻是空有良好的願望，無法實現啊。”