李時珍略一沉思，說道：“對於個人來說，這件事情的難度確實太大了，可是，我們也很難爭取到朝廷的支持啊……”
見父親沒作聲，李時珍便對父親笑了笑，揮著拳頭堅毅地說道：“如果得不到朝廷的支持，那就多用點時間和精力，也不能因為沒有朝廷的支持就讓老百姓繼續受苦啊。我一定要修訂出一部完備正確的《本草》！幾年不行，就用上十幾年，幾十年！”
接著，他奮筆寫下了：
身如逆流船，
心如鐵石堅。
望夫全兒誌，
至死不怕難！
李時珍的父親深知這件事非同小可，更深知這一工程的浩大和繁雜。但見兒子明理、誌大、心誠、意堅，便表示願意支持讓他試一試。就這樣，高度的責任感促使年輕的李時珍立下了宏偉誌向，為自己的一生確立了一個艱辛而偉大的奮鬥目標。
明世宗嘉靖三十一年（1552年），李時珍35歲，他開始著手編寫《本草綱目》了。
在編寫《本草綱目》的過程中，最使李時珍頭痛的就是由於藥名混雜，往往弄不清藥物的形狀和生長情況。過去的本草書，雖然做了反複的解釋，但是由於有些作者沒有深入實際進行調查研究，而是在書本上抄來抄去地做“紙上猜度”，所以越解釋越糊塗，而且前後矛盾，莫衷一是。
這些難題該怎樣解決呢？在父親的啟示下，李時珍認識到“讀萬卷書”固然重要，但“行萬裏路”更不可少。於是，一個既“搜羅百氏”又“采訪四方”，深入實際進行調查的方案就此形成了。
李時珍穿上草鞋，背起藥筐，在徒弟龐憲、兒子建元的伴隨下遠涉深山曠野，遍訪名醫宿儒，搜求民間驗方，觀察和收集藥物標本。他首先在家鄉蘄州一帶調查，後來又多次出外采訪，除湖廣外，還到過江西、江蘇、安徽等地。
李時珍非常注重調查研究，看重第一手資料，每到一地都虛心向各類人物請教。這些人中有采藥的，也有種田的、捕魚的、砍柴的、打獵的，他們都熱情地與李時珍攀談，幫助他了解認識各種各樣的藥物。
比如芸苔，是治病常用的藥。但究竟是什麼樣的呢？《神農本草經》沒有明確描述，各家注釋也不詳細。李時珍問一個種菜的老人，在他的指點下，又察看了實物，才確定芸苔實際上就是油菜。於是，這種藥物便在他的《本草綱目》中得到了確鑿的注解。
蘄蛇，即蘄州產的白花蛇。這種藥有醫治風痹、驚搐、癬癩等功用，李時珍早就開始研究它了。最初他隻從蛇販子那裏觀察，內行人提醒他——那是從江南興國州山裏捕來的，不是真的蘄蛇。那麼真正的蘄蛇又是什麼樣的呢？他請教一位捕蛇的人，捕蛇人告訴他，蘄蛇牙尖有劇毒，人被咬傷後要立即截肢，否則就要中毒死亡。它對治療一些病有特效，因此非常貴重，州官便逼著群眾冒著生命危險去捉，以便向皇帝進貢。可蘄州那麼大，其實隻有城北龍峰山上才有真正的蘄蛇。
李時珍追根究底，要親眼觀察蘄蛇，便請捕蛇人帶他上了龍峰山。山上有個狻猊洞，洞周圍怪石嶙峋，灌木叢生，李時珍置危險於不顧，到處尋找，在捕蛇人的幫助下，終於親眼看見了蘄州白花蛇。捕蛇人先向白花蛇身上撒一把土，說來也奇，蛇就像麵粉遇到水一樣縮成一團不動了。捕蛇人立即上前用木叉往白花蛇的頸部叉去，另一隻手抓住蛇體的後部。這時的白花蛇再也施不出威力來了，被用繩子拴著倒掛在了樹上。
李時珍上前仔細觀察白花蛇的形態，隻見蛇頭大似三角形，嘴裏長著四隻長牙，背上有二十四塊斜方格，腹部還有斑紋，與普通的蛇確實不一樣。