接著，捕蛇人當場剖開蛇腹，去掉腹腔內的雜物，然後用水洗淨蛇身，用竹簽固定住蛇頭，把蛇身盤成一團，用繩子係好。捕蛇人告訴李時珍：“就這樣把蛇烘幹即可成藥。”捕蛇人還告訴李時珍一個辨別真假蘄州白花蛇的方法，他說：“別處產的白花蛇烘幹時眼睛早已閉上，而蘄州白花蛇就不同，烘幹後眼睛還睜著，就跟它活著的時候一樣。”李時珍非常感謝捕蛇人對他的教誨。分手時，他還買了幾條活的蘄州白花蛇，以便細致觀察，親自製藥。
幾年後，李時珍又根據白花蛇的祛風特性，製成了專治半身不遂及中風症的“白花蛇酒”。現代藥理分析證明，白花蛇的提取物具有鎮靜、鎮痛，擴張血管和降壓作用。李時珍還把對蘄州白花蛇的研究成果寫成一部書，叫《白花蛇傳》。
鯪鯉，即今天所說的穿山甲，是常用的中藥材。陶弘景在引證《名醫別錄》中說它為鯪鯉科動物的鱗甲類，性味鹹涼，能夠消腫潰癰，搜風活絡，通風下乳，外用止血。還說它能水陸兩棲，喜歡吃螞蟻。白天它爬上岩來，張開鱗甲，裝出死了的樣子，引誘螞蟻進入甲內，再閉上鱗甲，潛入水中，然後開甲讓螞蟻浮出，將其吞食。
為了了解陶弘景的說法是否正確，李時珍親自上山去觀察，並在樵夫、獵人的幫助下捉到了一隻穿山甲，從它的胃裏剖出了一升左右的螞蟻，初步證實了陶弘景有關穿山甲食蟻的說法。不過，在以後的觀察中，他卻發現穿山甲並不是“誘蟻入甲，下水吞食”，而是搔開蟻穴進行舐食。李時珍肯定了陶弘景正確的一麵，也糾正了其錯誤之處。
李時珍在蘄州雨湖之畔的住宅附近親手開辟了一座藥圃，名叫紅花園，他在這裏精心培植了各種藥物。黃精是一味補虛益精的植物藥，本是野生的，李時珍從山上采回以後，便在院內加以栽培。後來他介紹栽培經驗時說：“黃精野生山中，亦可劈根長二寸，稀種之，一年後極稠，子亦可種。”他親手試種的結果，說明黃精既可栽培，又可播其種子育苗栽植。紅花是一味活血通經、祛瘀止痛的植物藥，李時珍也曾栽培過。他說：“紅花，二月、八月、十二月皆可以種下，雨後布子，如種麻法，初生嫩葉，苗亦可食。”“其子五月收采，淘盡搗碎煎汁，入醋拌蔬食，極肥美。”據他親身種植的體會，認為栽種紅花的方法就和栽植芋麻一樣，而且紅花的嫩苗和種子還可以充當美味的蔬菜。使君子是一味驅蟲消積的植物藥，主產於四川、雲南、廣東、廣西等地，湖北各地很少見到，李時珍便把它加以引種。他說：“使君子原出南海，交趾，今閩之邵武，蜀之眉州皆栽種之，亦易生。其藤如葛，繞樹而上。葉青如五加葉。五月開花，一簇二十葩，紅色，輕盈如海棠。其實長寸許，五瓣合成，有棱。先時半黃，老則紫黑。其中仁長如榧仁，色味如栗，久則油黑，不可用。”盡管蘄州地方不產使君子，但由於李時珍親自引種過它，因而對這種植物的生長過程及其特征了如指掌。
除了栽培藥用植物之外，李時珍還飼養過藥用動物。比如綠毛龜，它是一種補陰血益精氣的動物藥，因為是蘄州的特產，李時珍便養了幾隻。他通過親手用水缸飼養，了解綠毛龜的生長過程和生活習性，並且將它與普通烏龜進行對比，準確地記載了這種烏龜的特點。我們知道，綠毛龜是一種背甲生基藻或剛毛藻等綠藻的金龜或水龜，其藻為綠色絲狀分枝，長1—4厘米，在水中如被毛狀，故名綠毛龜。綠毛龜又是一種珍貴的觀賞動物，中外人士都很喜歡飼養它作為寵物，其經濟價值很高。李時珍記錄了飼養綠毛龜的方法，這是非常有意義的。
在太和五龍宮的後院有一種奇特的果樹，每年長出像梅子大小的“仙果”。道士們說，果樹是真武大帝所種，人吃了這仙果可以長生不老。皇帝聞訊，降旨下令五龍宮道士每年在“仙果”成熟時采摘作為貢品送到京城，供皇家享用，並不許百姓進五龍宮後院，誰要是偷看、偷采“仙果”，就是“欺君犯上”，有殺頭之罪。