次年，李時珍再次來到王世貞的太倉縣弇山園。這次相見，李時珍不僅為王世貞治好了因迷戀道教方士之仙術給身體造成的禍患，而且還感動了王世貞。當李時珍再次請求他作序時，王世貞欣然應允，並挽留李時珍在弇山園多住幾天。在這短短的幾天裏，這兩位年過花甲的老人談得十分投機。一位是文壇巨匠，一位是蓋世名醫，雖然他們各自奮鬥的事業不同，但此時對待科學和真理的態度卻是嚴肅認真的。
王世貞看完《本草綱目》後讚歎不已，稱此書：“薄而不繁，詳而有要，綜核究竟，直窺淵海。茲豈僅以醫書覯哉？實性理之精微，格物之通典。帝王之秘錄，臣民之重寶。”經過曆史的驗證，王世貞的評語是恰如其分的。王世貞還寫道：“予窺其人，晬然貌也，臒然身也，津津然談議也，真北鬥以南一人。解其裝，無長物，有《本草綱目》數十卷。”此語既是對李時珍獻身醫學事業的由衷評價，也是對他高尚情操的真實寫照。
就在王世貞給《本草綱目》作序的這年，即1590年，南京著名書商胡承龍在讀了《本草綱目》手抄本後，認為這是一部極有價值的著作，理應流芳百世。當他得知王世貞已給《本草綱目》寫了序，並給予了極高的評價時，便決定出資印行。而此時的李時珍已在南京濟世救人十個春秋了，生活條件艱苦，損害了他的健康，他的身體日漸衰弱。交稿後，不得不匆匆啟程回到家鄉蘄州。
李時珍回蘄州後，由長子李建中代替他去南京，幾經周折，才與書商胡承龍洽談成功。自此，《本草綱目》開始付刻。
一聽到刻印的消息，李家上下沸騰了。李時珍眼裏飽含淚水，這是他一生的心血呀！
從此，李家開始忙碌起來。長子李建中與次子李建元是《本草綱目》的總校正，三子和四子進行重訂，李時珍的孫子們也參與了工作。《本草綱目》的全部附圖是李建中親手繪成的，原圖許多畫稿是工筆彩色，十分真實清晰，這是李建中伴隨父親長途調研時寫生臨摹下來的。
時光飛快，當《本草綱目》全部刻完，四年已經過去了。即將印刷出版之時，李時珍去世的噩耗從蘄州傳到了南京。李時珍與世長辭後的第三年（1596年），《本草綱目》在南京首刊出版。後人一致認為胡承龍在金陵（南京）刻印的《本草綱目》是最好的版本，世稱“金陵版”。
李時珍在去世前曾叮囑兒子李建元把《本草綱目》一書和《遺表》上呈給明神宗皇帝。遵照父親的遺囑，李建元於1596年11月將《本草綱目》和《遺表》獻給朝廷。當隻顧煉丹成仙的神宗皇帝接到《本草綱目》時，連看都沒看，僅僅禦批為“書留覽，禮部知道”。
雖然《本草綱目》的出版問世未能得到朝廷的重視，可在民間卻被廣泛傳抄。
金陵刻本不久銷售一空，在李建元將其進獻給朝廷不過六七年的時間後，江西人夏良心、張鼎思等人又以金陵胡承龍本為藍本翻刻一版。刊行問世後立即受到朝野的注意，社會各階層更把它視為家珍必藏之書。從《本草綱目》首次刻印問世，不到六十年的時間裏，前後共陸續翻刻了九次，平均不到六年就重印一次。
《本草綱目》在中國傳播之廣、流傳之久、影響之深，是其他醫藥學著作很難匹及的，它是中國醫藥寶庫中的偉大著作。