據《羅山先生行狀》載，林道春於1608年赴駿府，日日為德川家康進講《論語三略》，“更與醫官研討醫藥之事”，則他很可能也向德川家康講了有關《本草綱目》的內容。繼此之後，金陵本、杭州本及其他版本的《本草綱目》善本也陸續經山海路由中國商船(唐船)直接載入日本。我們可以從日本漢學家大庭惰的著作中查得不同時期的“唐船”向日本出口《本草綱目》等漢籍的詳細情況。根據上野和大庭的考證，可以看到1705年、1706年、1710年、1714年、1719年、1725年、1735年、1804年、1841年及1855年每年從南京和廣州來的“唐船”都攜帶有《本草綱目》到長崎，其中1719年第22號南京船一次就帶去五部，再由長崎轉運到江戶(東京)、京都等地。以上是有檔案可查的，不為《商舶載來書目》等所記錄的流入日本的《本草綱目》還有很多。
剛傳入日本的時候，醫藥學家們爭相傳抄。林道春為了人們能更好地閱讀掌握其內涵，特別寫了《多識篇》《本草綱目注》，這是最早介紹《本草綱目》的入門書和工具書。
1637年，日本出現最早的“和刻本”《本草綱目》。此書以“江西本”為底本，用和文加以訓點，由野田彌次右衛門刊行，也稱“寬永本”。其後相繼出版了“承應本”“鬆下本”“貝原本”“益軒本”“若水本”等多種版本。可見在明末清初近七八十年時間裏，《本草綱目》僅在日本就翻刻了八個版次，數量已超過中國。
在江戶時代的二百多年間，日本學術界學習和研究《本草綱目》的風氣一直很盛，同時湧現出了許多著名的致力於《本草綱目》研究的學者。與此同時，一批本草學家應時而生，他們借鑒《本草綱目》纂著專書，如《庖廚備用倭名本草》《語本草綱目》《大和本草》《庶物類纂》《本草綱目啟蒙》。這些本草學家為《本草綱目》在日本的廣泛傳播做了大量的工作。
18世紀，《本草綱目》經遼東陸路過鴨綠江傳入朝鮮。雖然我們迄今沒有看到朝鮮半島的翻刻本，但朝鮮半島上的醫藥學者都把《本草綱目》當做重要的參考書。根據日本研究朝鮮半島醫藥史的專家三木榮的《朝鮮醫學史及疾病史》一書中提供的資料，使我們對《本草綱目》在朝鮮半島的傳播有了更多的了解。
《本草綱目》問世時，正值朝鮮史中李朝（1396—1910年）的中期（1568—1800年）。這一時期有代表性的醫書有《鄉醫集成方》《東醫寶鑒》等，都引用了《證類本草》。但是，從這以後情況有了變化，朝鮮學者轉而引用《本草綱目》。李朝肅宗三十八年（1712年）成書的《老稼齋燕行錄》中，在“所買書冊”項下見有《本草綱目》。這是朝鮮使者從北京坊間購得帶回朝鮮的。
18世紀以後，《本草綱目》中國原刊本陸續流入朝鮮。於是從英祖、正祖以來，此書便成為朝鮮醫家所熟悉的參考書了。到李朝末期，《本草綱目》的影響尤為顯著，像在日本一樣，它取代了《證類本草》原來所占的地位。
成於李朝正祖時期的《本草精華》二卷，就是按《本草綱目》編寫的，附朝鮮文諺字解。但此書作者及撰寫年代不詳，未曾刊刻行世。正祖14年（1790年），朝醫李景華著《廣注明秘方》四卷，在引用書目中提到《本草綱目》。此書分救急、雜病、婦科、小兒科及藥材等篇，由鹹鏡道觀察使李秉模為之刊印。引用《本草綱目》最著名的醫書是《濟眾新編》。其《濟眾新編》八卷成於正祖23年（1799年）。康命吉將當時常用醫方予以係統編纂，除引用《東醫寶鑒》等朝鮮醫書外，還大量引用《本草綱目》《醫學入門》《醫學正傳》及《赤水玄珠》等中國醫藥著作。這部朝鮮醫書用漢文寫成，還在清代嘉慶22年（1817年）由北京經國堂翻印，受到中國醫界的歡迎。