建文元年（公元1399年）七月五日，燕王朱棣宣布起兵“靖難”，討伐建文帝身邊的齊泰、黃子澄等人。短短半個月之內，他手中的兵馬就增至數萬，攻克了通州、懷來、密雲、遵化等地。
朱棣初起兵時，建文帝的重臣們並不以為然。然而他們沒有料到，燕王的影響力完全超過了預期，竟然將元老大將耿炳文的十餘萬大軍打了個落花流水。之後，又一個錯誤的決定出台了：臨陣易將，換上了“讀書通典故”的李景隆為將。然而這位公爵爺是個不折不扣的繡花枕頭，很快就讓建文帝吃了苦頭。
李景隆集合了五十萬大軍，打算輕鬆搞定朱棣的兵馬。趁著朱棣出襲大寧的時候，他將兵馬分成三路，主攻一路由他親自領頭，攻打朱棣的根據地北平。
大寧（今內蒙古寧縣），是朱元璋十七子寧王朱權的封地。他雖然有雄厚的兵力，但建文帝的削藩之舉還沒有來得及落實到他那裏，他仍然有大量剽悍的部屬。朱棣起兵後頗有力有不逮之歎，遂定下計謀，打算先奔襲大寧，奪取寧王之兵。到大寧之後，膽氣頗壯的朱棣在郊外埋下伏兵，自己則以請求朱權為自己草謝罪詔為名單騎入城。在城中盤桓數日後，借著朱權出城為自己送行的機會，暗令伏兵出動，將朱權活捉，妃嬪兒女也沒能逃過，數萬精兵也輕易就成了朱棣的部屬。大寧城為之一空。
朱棣冒險去了大寧，北平城裏，隻剩了朱棣的燕王妃和世子朱高熾留守，精兵也都隨朱棣在外，城中隻有些老弱之兵。
經曆了多年獨當一麵的燕王妃生涯，在丈夫自洪武年間就屢次出征又共同扶持著麵對“削藩”恐懼的錘煉之後，燕王妃已經完全地成熟。麵對兵臨城下的強敵，她先是冷靜地在宮中指導兒子應變，見情勢緊急，她又傳命，給所有和自己一樣留在城中的燕王部屬及官紳士民之妻都配發甲胄，讓大家都加入戰事中。燕王妃本人更是親自登城督戰。那時正是農曆十月，燕王妃又命眾人水潑城牆及城下兵將，李景隆措手不及，望城興歎。
在燕王妃的指揮下，北平守軍堅持到了燕王朱棣成功收編寧王軍隊，回師救援。這場守城之戰，顯示了燕王妃作為開國勳臣之女的風範。她在其中表現出的智謀膽略，在曆代皇後中是極為罕見的。從另一個角度看，也就更容易想象得到她與自幼習兵的丈夫之間，情投意合、誌趣相當的生活場麵了。
朱棣雄才大略一如父親，文治武功更出於其上，在他的手裏，明王朝達到了被史書稱為“遠邁漢、唐”的水平。但他當初以“靖難”起兵，卻又自己登基稱帝，怎麼也有點說不過去。因此能否把自己說得名正言順，也就成了朱棣的當務之急。
據《明史》記載，朱元璋的嫡妻馬皇後生了兩個女兒，還生了排行最前的五個兒子，朱棣是老四，乃是朱元璋的嫡子，很符合“立嫡”的要求。然而對於他的生母是誰，野史卻議論紛紛，說法不一，都認為正史資料早被朱棣修改，並質疑他的嫡子地位、登基資格。
一種觀點說，朱棣壓根就不是朱元璋的兒子。說其母是朱元璋攻取元大都時擄來的元順帝妃嬪，入宮不久就生下了朱棣。朱元璋疑心兒子是元順帝的骨血，便以“鐵裙”之刑處死了妃子，將孩子送給馬皇後撫養。其實，隻要略一推敲時間，就知道這種說法是非常離譜的。朱棣生於公元1360年，而攻大都及元順帝北逃則在公元1368年。什麼都可以做假，年齡做不了假，封王完婚的時間、年齡都擺在那兒。何況以朱元璋的殺伐決斷，壓根就沒有替元順帝這個心腹大患養兒子的道理。
還有一種說法，說朱棣確是朱元璋之子，但是個歸養嫡母的庶子。並有朱元璋葬地孝陵中的牌位做證，其實馬皇後壓根就隻生了兩個女兒，沒為朱元璋生過兒子，包括早死的太子朱標在內，五個歸在她名下的兒子都是庶出的。不過這說法也奇怪，在朱元璋的後宮中，地位僅次於馬皇後的女人一直都是孫貴妃，她沒有兒子，因此死後朱元璋特命周王朱橚行孝子禮。而傳說中生了三個兒子給馬皇後的李淑妃，卻直到孫貴妃死後十年、馬皇後死後兩年，才被朱元璋冊為“淑妃”，全沒有一點“生育有功之人”的架勢，也從沒見太子朱標為她爭取過什麼。而史料更明確地記載了太子朱標的出生時間、地點，沒有絲毫避人查驗的意思。
最多見的一種說法，則是說朱棣的母親是高麗進貢的碽妃。碽妃因觸犯宮規被處死，兒子也因此歸養馬皇後。朱棣稱帝後感念母親，不但蓋了大報恩寺，還因此格外寵愛高麗妃子。可是，這也很有些說不過去。因為，朱棣出生時，朱元璋還隻是野杆子小明王韓林兒手下的一個“吳國公”，高麗國的貢女再多，也送不到朱元璋頭上。而朱棣在對待高麗妃子的態度上也並不見得有多偏向。他的後宮中雖然有權賢妃、任順妃、李婕妤、崔美人、韓氏（傳說中還有呂莊妃、呂康妃）等高麗妃嬪，但她們所得的待遇並不見佳。在徐皇後死後，朱棣最寵愛的是蘇州人王貴妃，命她掌管後宮。這位貴妃沒有兒子，死後朱棣命兒女們為這位庶母守孝，一如朱元璋待孫貴妃之禮。而在高麗諸妃中最為得寵的權賢妃，雖然也和王貴妃一樣無子而終，卻根本沒有得到王貴妃身後享有的待遇。其他的高麗妃嬪就更是糟糕，不是觸怒朱棣被處死，就是在朱棣死後被遺詔殉葬。
馬皇後的生育問題、朱棣的生母問題，由於年代久遠已經很難有令所有人完全信服的答案。其實過多地追究這個問題對於現在的人來說並沒有多大意義。朱棣無論是以怎樣的身份和方式登基稱帝，他最終都完成了一代雄主“威德遐被，四方賓服”的任務，將父親一手創建的大明王朝推向了頂峰，使之成為“明帝國”，並將皇位順利地傳給了自己的子孫。