乾隆十三年（1748年）四月一，即大行皇後富察氏崩逝的次日，乾隆寫下了痛悼大行皇後的挽詩：
恩情廿二載，內治十三年。忽作春風夢，偏於旅岸邊。
聖慈深憶孝，宮壺盡欽賢。忍誦關雎什，朱琴已斷弦。
夏日冬之夜，歸於縱有期。半生成永訣，一見定何時？
棉服驚空設，蘭帷此尚垂。回思想對坐，忍淚惜嬌兒。
愁喜惟予共，寒暄無刻忘。絕倫軼巾幗，遺澤感嬪嬙。
一女悲何恃，雙男痛早亡。不堪重憶舊，擲筆黯神傷！
同日，向全國公布了噩耗，諭旨曰：“皇後同朕奉皇太後東巡，諸禮已畢，忽在濟南微感寒疾，將息數天，已覺漸愈，誠恐久駐勞眾，重廑聖母之念，勸朕回鑾；朕亦以膚屙已痊，途次亦可將息，因命車駕還京。今至德州水程，忽遭變故。言念大行皇後乃皇考恩命作配朕躬，二十二年以來，誠敬皇考，孝奉聖母，事朕盡禮。待下極仁，此亦宮中府中所盡知者。今在舟行，值此事故，永失內佐，痛何忍言！昔古帝王尚有因巡方而殂落在外者，況皇後隨朕事聖母膝下，仙逝於此，亦所愉快。一應典禮，至京舉行。布告天下，鹹使聞知。”
乾隆十三年（1748年）三月十六正午，大行皇後梓宮由水路起旱，暫奉通州蘆殿。在京王公以下、三品官以上，及諸皇子齊集舉哀行禮。隨後靈駕從通州蘆殿出發。皇子們與皇後姻親在旁痛哭隨行。傍晚時分，靈駕至京。四品以下官員、公主、王妃、命婦，以及內務府佐領、內管領下婦女，分班在朝陽門、東華門內和儲秀宮縞服跪迎。大行皇後梓宮進東華門，自寧壽宮西行，入蒼震門，至長春宮，安奉於正殿。此時，先行還宮的皇帝身著白綢孝服，看視皇子們在靈前祭酒三爵。按照總理喪儀大臣所議，皇帝輟朝九日，仍循以日易月之製，服縞二十七日；妃嬪、皇子、公主服白布孝服，皇子截發辮，皇子福晉剪發；親王以下，凡有頂戴的滿漢文武大臣一律百日後才準剃頭；停止嫁娶作樂二十七天；京中所有軍民，男去冠纓，女去耳環。至於外省是否與京師相同，恭辦皇後大喪儀的王公大臣們則頗感為難。清朝衙門辦事，恪遵“有例不滅，無例不興”的規矩。
皇後喪儀的先例載在《會典》。那是康熙十三年（1674年）五月初三，皇二子胤礽的生母孝誠仁皇後去世，其時正值三藩之亂，平西王吳三桂大軍連陷湖南常德、澧州、衡州、嶽州、長沙，靖南王耿精忠又響應吳藩在福建舉起叛旗，戰亂四起，民心不穩。聖祖康熙皇帝唯恐外省各官舉哀服喪，“有惑觀聽”，引起更大的驚恐混亂，遂降旨各省一切喪儀皆免。此後聖祖康熙諸後——孝昭仁皇後、孝懿仁皇後、孝恭仁皇後，世宗雍正孝敬憲皇後的大喪儀，一律循例而行，從未訃告在外文武官員、軍民人等回京師治喪。如今令總理皇後大喪儀的王公大臣進退兩難的是，照例行事，難免龍顏不悅，而違例提高喪儀規格，又必然招致非議。權衡之下，他們決定索性拋開本朝《會典》而援引先朝《大明會典》所載皇後喪儀，聯銜奏請外省一律照京師治喪，理由冠冕堂皇：“大行皇後正位中宮，母儀天下，忽值崩逝，正四海同哀之日”，皇帝自然照準。於是，各省文武官員從奉到諭旨之日為始，摘除冠上的紅纓，齊集公所，哭臨三日，百日內不準剃頭，持服穿孝的二十七天內，停止音樂嫁娶；一般軍民，則摘冠纓七日，在此期間，亦不嫁娶、不作樂。天下臣民一律為國母故世而服喪，就清朝而言，尚屬空前。
中國古代，極重所謂“諡法”。“諡”者，行之跡也。也就是帝後及大臣死後，要據其生前事跡，評定一個或褒或貶的稱號。《大清會典》規定，皇帝崩逝所上廟號、尊諡，由大學士偕九卿科道等官會議，將所議定之字奏請嗣皇帝欽定；而後妃及王大臣凡應賜諡者，皆由大學士酌擬合適字樣，奏請欽定。但富察氏去世後，乾隆皇帝卻根本不理會內閣，徑自降旨定大行皇後諡號為“孝賢”，實無先例。
諡以“孝賢”，是皇後生前的夙願。早在三年前的正月二十五，皇貴妃高氏薨逝，皇帝賜給她的諡號是“慧賢”。孝賢皇後知道這件事後，流著眼淚對乾隆帝請求說：“我朝皇後諡上一字皆用‘孝’。倘許他日諡為‘賢’，敬當終身自勵，以副此二字。”皇後崩逝之時，猛地想起了三年前的往事，乾隆不由得大為傷感。於是將當時任刑部尚書的著名文人汪由敦召進宮來，向他講了這件事，命他寫到祭文中去。汪由敦的祭文是這樣寫的：“……尚憶宮廷相對之日，適當‘慧賢’定諡之初，後忽哽咽以陳詞，朕為欷籲而悚聽。謂兩言之征信，傳奕禩以流芳。念百行以孝為先，而四德唯賢兼備。倘易名於他日，期紀實於生平。豈知疇昔所雲，果作後來之讖。在皇後貽芬圖史，洵乎克踐前言；乃朕今稽古典章，竟亦如酬夙諾。興懷及此，悲慟如何？”
孝賢皇後離去後的半年，表麵上乾隆皇帝仍然在全力處理國務，但是悲傷像化入了血管，讓他根本無法安心政事。一連數月，他都睡不踏實，動不動就覺得孝賢皇後還在身邊，頻頻驚醒。一向嚴謹精明的乾隆皇帝變得遲鈍了，無目的的活動增多，工作沒什麼效率，常常走到一處卻忘了自己是要尋找哪個奏折。有時剛說過的話，立刻就忘得一幹二淨。還不時莫名其妙地大發脾氣，後宮上下都提心吊膽。
在孝賢皇後安放在裕陵地宮後的四年多時間裏，乾隆為她祭酒一百一十次。正值壯年的乾隆痛失愛妻，一度暴躁不已，而這期間，倒黴的皇長子永璜（哲憫皇貴妃富察氏所生）因為毫無悲哀之意，而被盛怒的乾隆斥為不孝，連同其老師也一同受到了懲罰。而永璜也因為這件事，失去競爭皇位的機會。