然而，就連弗洛伊德自己也沒有注意到的一個事實，就是他的這種武斷的行為也被他帶到了他自己的夢中。在他的“艾瑪注射”的夢中，他對待艾瑪的方式無疑與他對待其他反抗自己的治療方案的病人相同。在那個夢中，他因為艾瑪沒有接受自己的治療方案而責備她，並說如果艾瑪仍舊疼痛，那麼隻能證明是她自己的錯。弗洛伊德堅信，精神分析就是一種公平的懷疑，無論任何人或是任何事如果打斷分析工作，那麼他們都將是這種分析工作的阻礙。也有人說，“確實，這個夢（艾瑪注射之夢）在精神分析學史上占有關鍵的地位，就是他通過指責別人來展示自己的正確”。弗洛伊德的這種強硬的態度不僅表現在對待自己的病人和自己的夢中，還表現在他對待與他執不同觀點的同事身上。他在給榮格的一封信中寫道：“別離我太遠，你現在真的離我很近，但是一旦你想離開，我們就會反目為仇。”之後他又補充說，“我的傾向是對待那些有抵觸情緒的同事與對待病人在態度上是一致的。”
盡管弗洛伊德為維護自己的理論，不惜用一種近乎強硬的態度對待自己的同事和病人，但他的這一做法卻並沒有導致這門科學走向末路，反而在一定的程度上激勵著它的迅猛發展。而這一奇跡，也就是說弗洛伊德理論持續的生命活力，則是完全由他個人的力量所支撐的。所以在人類曆史的頁頁篇章中，有著許多錯誤造成的成就，也正因如此，在科學史上許多理論是很難在它產生的年代給以對和錯的論斷的——無論給予它肯定還是否定都可能有所偏差，惟有讓曆史的車輪繼續向前推進，才可能對它做出一個較為公正的判斷。然而，弗洛伊德也為他的這種個人的態度付出了代價，那就是在他的夢的精神分析還處於萌芽時期就已然落入了經驗主義的傳統中。而首先舉起這麵反對旗幟的不是別人，就是弗洛伊德身邊最親的人——榮格。其實，在最開始榮格與弗洛伊德保持著友誼時，榮格已然對弗洛伊德把自己的性理論提升到神話的程度深感不滿。榮格說，每當他們談論到有關性的理論時，弗洛伊德的語調就驟然地高了八度，一種無限崇敬、深切激動的表情就占據了他的整個臉龐。弗洛伊德是個無神論主義者，而他似乎是把“性”當成他的宗教。用榮格的話來說，弗洛伊德是拒絕了上帝而把“性”放在了原來上帝的位置上。
盡管榮格對弗洛伊德的性理論有著不同的見解並深表懷疑，並且弗洛伊德對榮格最初所提出的異議總是置之不理並以沒有試驗依據而予以拒絕，但榮格仍是小心地把自己的疑問埋藏在心底，不再與弗洛伊德交流。因為在榮格看來，無論是在年齡上還是在資曆上，自己都無法與弗洛伊德相提並論。盡管科學界一直在努力地破除這種權威所造成的某種對於新生力量的壓抑，但取得的效果似乎是千百年來並沒有什麼大的改進。並且這種慣性的勢力並不僅僅存在於科學界，它似乎也普遍存在於各個行業。然而，我們也不能全盤否定權威，如果那樣絕對有失偏頗。權威和新生力量就如同一對矛盾的對立麵，權威是過去成就的標誌，是再次發展的基礎，而新生力量則是推動權威向前發展的齒輪，要讓科學繼續向前發展，二者缺一不可。很顯然，在這一點上，榮格認識得很清楚。他說：“在弗洛伊德的光環的籠罩下，我盡可能小心翼翼地收藏著我的觀點，壓抑住我的批評，那是與他合作的前提條件。我告訴自己，弗洛伊德遠遠比自己更聰明，經驗更豐富，現在你必須認認真真地聽他所說，學他所做。然後使我自己感到吃驚的是，我發現自己在夢中把他當作是奧地利帝國王室的一位易怒的官員，一個已經死了卻還在遊蕩的海關檢查員！”
弗洛伊德對於來自各個方麵的關於他的性理論的批判，他毫不動搖。在他給榮格的信中寫到，性行為是人類肌體中不可缺少的功能，它不僅僅是人類繁衍生息的需要，它還可以為人們在治療精神病人時提供有力的依據。由於對達爾文主義的深度崇拜，致使弗洛伊德也不可避免地深受進化論的影響。弗洛伊德認為，人類性的選擇就是人類進化的一個重要因素。因此可以說，弗洛伊德的性理論是在健康器官基礎上進行的精神分析學。