不久，武漢市也淪入敵手，國民黨政府又遷移到四川重慶。剛剛安頓下來的機器、設備和人員，又麵臨著長途跋涉的征程。進人冬季的長江又遇上枯水季節，江水流量極少，一些較大噸位的船舶無法上溯前進，隻有一些川江小輪能施展手腳。但是小輪運量實在是太有限了所有船隻每月的運量隻限在5000噸左右。而滯留在湖北宜昌一地的器材物資就達20萬噸，人員有10萬。若按這樣速度按部就班，至少需要20個月時間方可輸送完。形勢岌岌可危！為了不使這批寶貴的器材、設備和物資落入敵手，長江航運局精心組織，調集了大批江輪，並動員民船1200艘，采取縮短航線分段轉運的辦法，將宜昌至重慶的航路分成數路，分頭搶運，分段疏流，各界人士為了抗日保國，不分晝夜加緊運送，終於在1940年宜昌淪陷之前將大部分器材、物資搶運入川，包括內遷工廠448家、物資器材12萬餘噸。中國航運業及時搶運，增強了抗敵後方的工業力量，為抗日戰爭立了殊功。
1940年，湖北宜昌淪陷後，原先的湖北、四川、湖南水運已無法繼續維持，招商局、民生等航運公司沒有坐等，他們聯合開辟新的四川至湖南水陸聯運新線：由重慶經四川涪陵入烏江，改為一段陸運後，再沿酒水、沅江向下航行至沅陵、常德。在半年的時間內，這幾家公司就組織了輪船1258艘、木船62艘航行於兩地之間，其規模之大、艘次之多是空前的。在抗日戰爭極為艱苦卓絕的條件下木帆船不僅發揮了運輸的輔助作用，而且在某些地區甚至起到了主力軍的作用。尤其是在敵機狂轟濫炸的地區，使用木機船可以減小目標，分散人員物資的運輸量一定要安全感。更重要的是木帆船眾多，航行靈活。以寧波港為例，抗戰爆發後寧波成為內地各省貨物和戰區軍用物資的轉運口岸，大量物資通過寧波集散，成為上海物資運往內地的主要通道。1937年一年，寧波港進出輪船達1502艘次，總計噸位220萬噸。此外，還有近2:9萬餘艘次木帆船從該港進出。
為期8年的抗戰以中國軍民的勝利，日本帝國主義的徹底失敗而告終。這個來之不易的勝利是國共兩黨在合作基礎上並肩禦敵的偉大勝利。可是蔣介石卻背信棄義，加緊部署，開始下山“摘桃”，搶奪勝利果實。1945年8月，日軍剛宣布無條件投降後，國民黨政府立即通知日方，長江一帶所有船隻集中沙市、宜昌；沿海的船隻集中上海，聽候接收。1945年9月至1946年7月，招商局共接收各類船舶2158艘，近24萬噸。同時接收碼頭34座、倉庫162處,造船修造廠4家。確確實實地發了一筆國難財。再加上原先保存留下的數百艘船舶，10多萬噸的家當，一下子成了運輸“暴發戶”。應當說，這是中國航海事業發展的新起點。但是由於官僚買辦營私舞弊嚴重，管理效率低下，浪費現象嚴重，結果一個好端端的振興機會錯過了。
適逢二次大戰期間，美國為適應戰時海上運輸的需要，建造了一大批海輪。戰爭結束後，這些船隻無用武之地，美國政府急欲將它們作為剩餘物資向國外市場傾銷。國民黨政府正為運輸力量不足而發愁，結果雙方一拍即合，簽訂了購買船舶的有關協議：分批購買貨輪、油輪，並向美軍商租賃輪10艘。即便如此，招商局仍感到運力嚴重匱乏，繼續派出幾路人馬赴加拿大、美國等國擴大購買船隻。為解燃眉之急，招商局又把目光盯向國內航商身上，他們從國內民營航運公司購買了多艘船隻，略加改裝，以敷急用。從抗戰結束到全國解放前夕的3年時間內，招商局廣開渠道，購買了各型船舶30餘萬噸，加上戰前殘留船舶和戰後接收日偽船舶，總噸數超過40萬噸，成為一支規模較為龐大的商船隊。這一規模相當於抗戰勝利前夕的172倍。特別是大型船舶的噸位增長尤為顯著，約是抗戰前夕的138倍。有了這樣大運載能力的江海大輪作基礎，就使得沿海航運、遠洋運輸勢在必行。
1946年，開辟海外航線的計劃被提到議事日程上來。1947年1月3日，“海列”號輪船作為抗戰後的首次遠洋航運的先鋒，運米抵達泰國曼穀；2月12日招商局的“海夭”號輪船由上海直駛印度的加爾各答，正式開辟了中印航線。2月27日又加派“海地”號輪船開航日本關島，及門司等地。在這之後，緊接著又開辟了上海至維納斯線，上海至南寧島線上海至神戶線，香港至新加坡航線平均每個月開辟一至兩條新航線。