然而，好景不長。隨著國民黨政府在軍事上的節節失利，軍運任務繁重，招商局已無力繼續增加或開辟新的遠洋航線，就連維持原有航線都難以為繼了。招商局的主要精力―中到軍事調集和運輸，因此對民營航業控製一日緊於一日，在上海率先組織航運業聯合營業。很快，長江線組成了中國江輪聯營處，浙閩線組成寧溫閩航輪聯營處，海外聯營處，寧溫閩以外的航線組成海外聯營處。參與這幾條航線航行的共有華輪48艘，計21萬噸。凡參加聯營的船舶，按噸位大小分級，參照定期租賃辦法，並根據分數分配營業收人。聯營的船舶一律集中配載，而分配貨載的標準，則由招商局舉握。
民族航運業趁著抗戰勝利的大好時機，進入了蓬勃發展的階段。首先，過去壓的我國民族航運業難以抬頭的英國太古和怡和、日本的日清等公司的外輪完全退出了我南北洋航線和長江航線，需要由中國的船舶填補這個空白。中國沿海、沿江各地建設迅猛發展，急需各種物資，旅客往來也急劇增加，國內外貿易加速發展。要完成如此巨大的客貨運輸要求，必須要有數以萬計、乃至數以百萬計的輪船。招商局的船隊盡管比戰前增加了4倍多，但是軍事運輸占去了它相當一部分噸位。在高額利潤的誘惑下和吸引下，一些發了國難財的官僚、商人紛紛把資本投人航運市場，並轉手向國外買船，一時間大大小小的新公司如雨後春筍般湧現出來。
在眾多的公司中，既有官商合辦的，又有純粹是中小商人獨資創辦的。還有為數相當的民營輪船公司是一家公司一艘船，實際上是“光杆司令”。據統計，後者比例約占4296，這足以反映中國航運商人各自為戰的特點。
蔣介石變本加厲、磨刀霍霍，進一步擴大內戰的規模。招商局和民營航運公司的船舶都遭了殃，大部被招集來運兵、運武器、運物資一切都為內戰服務，以致正常的業務受到嚴重幹擾和影響不少正常航班誤點晚點已成習慣，有時被迫停開。許多萬噸級海輪和江輪被強令征集，連剛修好的登陸艇出塢就被征調軍差；有時船舶行駛中途也不能幸免，隻好把裝的貨物堆存在就近的港口。軍差運費低，還要半年結算，再經過層層七折八扣，往往連成本都要虧掉。遇到這種情況隻好自認倒黴。
遼沈、平津戰役之後，北平、天津及北方大部分地區回歸人民的懷抱，南北航運中斷。一個極為突出問題出現了：南方缺煤，將嚴重影響上海、華東一帶的工業生產和人民生活。輪船商業同業公會全國聯合會向國共雙方籲請並建議：用上海等地加工的麵粉，交換北方的煤。國民黨行政院1月28日批複同意，並決定派“唐山”號和“大上海”號兩艘輪船試辦。毛澤東主席和周恩來副主席立即回電全國聯船，同意恢複上海華北之間的航運,並歡迎派員到華北接洽。
在雙方共同努力和推動下，1949年2月12日，“大上海”號輪船裝載了1萬袋麵粉，4666包郵件啟航離開上海，航業界代表魏文翰、周啟新、薑克尼、俞惠方4人隨船經秦皇島轉赴天津，與天津市長黃敬、北平市長葉劍英、華北人民政府謝主席薄一波商談,研究製訂了恢複南北洋㈣的具體辦法，實現通航。
自那時起，秦皇島港又恢複了往日的喧囂和繁忙。在線往返航行的除“大上海”號和“唐山”號兩艘輪船外，華北人民政府又批準頒發了“南強”、“華勝”、“裕東”、“永興”、“太平”、“台安”、“福祥”、“華利”、“新康”9艘輪船的人口許可證，加入這一條航線的運輸。截止1949年4月23南京解放前夕，進出秦皇島港的船舶達90艘次，接卸上海運來的麵粉299973袋，裝出煤炭11萬多噸；同時為南北兩地人民傳遞了數以萬計的郵袋。不久，國共兩黨和談破裂，秦皇島與上海之間的南北通航貿易再度中止。
就在蔣介石偏安江南一隅、苟延殘喘時，中國東北、華北已基本解放，人民真正當家作了主人。人民政府為了盡快恢複生產、促進貿易，迅速提出和恢複北方海域的航運。沿激海灣的各港口：大連、龍口、葫蘆島、連雲港、煙台和天津等港第一批恢複航運；一些經過管區的航線，如天津至香港航線也在1944年2月24日恢複。當時北方的工業基礎相對較為薄弱和落後，多輸送一些土特產品和農產品，如煤炭、豬鬃、羊毛、蛋類、獸皮、粉條、地毯等；南方則擁有相當工業實力和加工業，輸入的主要有汽車零件、化學製品、藥品、橡膠、汽油、布匹、紙張及加工機械。
蔣介石發動的連年內戰，使得工業停產、田園荒蕪、百姓流離失所，經濟嚴重萎縮。為了支付龐大的軍費開支，國民黨政府隻能靠大量的印發鈔票來支付1以致出現物價飛漲，通貨膨脹。管區的招商局和民營航運業處在這樣動蕩不安境況中，除受軍差之苦外，還受到原料不足和交通阻斷不暢的影響，貨客運量均減到興盛期的十分之一二。自1947年2月至1948年4月，航運成本平均上漲24倍，而客貨物運價卻受到限製，整個航運業出現嚴重虧損，瀕臨破產的邊緣。