娘子軍的加入，豐富了這一階段學潮的色彩。直隸、北京、江蘇、浙江、四川、安徽、廣西等省的女學生先後10次罷課退學，成為奇峰突起的新軍，預示著中國近代女權運動勃興的到來。
由此可見，學生群體結構雖呈不穩定流動狀態，但隻要成為其中的一分子，無論其原來的階級、民族、性別和社會地位如何，都會受到群體性製約，在基本性格上顯示出學生的共同特征。他們的壓抑感相通，反抗的呐喊聲也必然和諧一致。
學潮在形式上也有顯著變化，1905年。以前多為退學，而這一階段罷課越來越成為主要鬥爭手段。罷課成為學潮的主要形式，從學生方麵看，是群體擴大穩定和群體意識增強的表現。學生陣容整齊雄壯，能夠在學堂內與當局分庭抗禮，也容易引起外界的反響聲援。退學的結果，除少數自辦學堂外，大都散處四方，無法形成有影響的實體，保持不斷增長的衝擊力。退學的廣泛性在一定程度上反映了興學初期學生的流動感，他們尚未真正擺脫混沌的士民觀念，沒有充分認識學生的社會獨立性和特殊性。而罷課則顯示出學生在穩定性加強基礎上群體意識的普遍提高。從策略上考慮，罷課堅持的時間長，在針鋒相對的公開對壘中持續衝擊舊秩序，可以爭取更加廣泛的社會同情與支持，鍛煉和考驗學生的組織與意誌。同時，這一轉變增加了攻防梯次配備，以罷課為前鋒，提出要求條件，而以退學作後盾，逼迫當局妥協，使之投鼠忌器，在衝突中處於被動，從而加強了攻擊力。就社會效果而論，有些人對學生動輒退學十分不滿，斥為“輕狂”。不少同情與支持學生的進步人士，鑒於自辦學堂的艱難，退學即失學的客觀事實，也不讚成學生輕舉妄動，以免養成浮躁之氣，缺少堅毅之心。而且清政府一再下令禁止退學生改名換姓別投他校，雖然禁令事實上未能貫徹，畢竟為學潮善後設下一重障礙，造成退學生就地重新入學的諸多不便。學生們在風潮中自覺不自覺地意識到合理運用有利鬥爭形式的必要性，通過自然選擇，形成循序漸進的良性發展趨向。
就內容而論，學潮可分為如下幾種類型。一是反對學堂內部的腐敗專製，共220次，占總數的67%。其中反對學校當局無理壓製及管理製度腐敗的94次；反對教員頑固守舊、愚昧無知、不稱其職的38次；因卒業、升學、考試等事不公而起的24次；因飲食惡劣而起的21次；反對學生之間待遇不平等的15次；因繳費、給獎等事不合理而起的14次；要求改良學製、課程的6次。這種帶有濃厚自發性的本能反抗，是前一階段學潮的直接延續。
二是反對洋教習和教會，共14次。由於新式教育高速發展，師資奇缺，於是各地大量聘請外籍人士。據不完全統計，從1901—1911年。先後來華的日本教習達674人，其中1909年。在中國任教者就有424人，而是年。全國高小以上學堂共有外籍教師452人。汪向榮：《日本教習》（三聯書店，1988年。），第67—95頁；《宣統元年。份教育統計圖表》。他們中間不乏德才兼優之士，但也有為侵奪權益而來的野心家，或不學無術的無賴漢。他們倚權仗勢，有的借名牟利，行為失檢；有的動輒打罵，舉止野蠻；有的盜賣校具，舞刀弄劍，致使學生憤然表示：“除非國亡，堅決不跟此類教習就學。”中島裁之：《東文學社紀要》，第139—140頁。雲南昆明各學堂和兩江師範學生分別聯合罷課，驅逐學識淺薄而無理需索的日本教習；湖北法政學生因日本教習“以戲謔語辱我國體”《太平耶忘國耶》，《民呼日報》1909年。6月6日。而罷課，迫使校方將其辭退；陝西宏道高等學堂、甘肅文高等學堂和營口商業學堂學生則以罷課抵拒抗議日籍教習“蔑視我華族，草菅我民命”健公：《辦理日教員行凶之非策》，《夏聲》第5號。、毆打同胞同學以及勾結領事館、包庇行凶浪人的種種劣跡。此外，上海浸會大學、徐彙公學、南京彙文書院、廈門同文書院等教會學堂學生，皆因校方“賤視華人”《記彙文書院全體散學事》，《大公報》1907年。7月2日。、拒絕增設漢文課程或無理責打同學而掀起退學風潮。山東廣文學堂和長沙雅禮學堂學生因為要求改良課程、撤換不合格教師以及買辦身份的學監、廢除下跪背書等有失尊嚴的做法不為校方接受，先後幾次發動持續數日的罷課。不過，一般而言，教會學堂的水準較高，能夠滿足青年。學生的求知欲，因此，即使在政治文化衝突的背景之下，矛盾的激化還是明顯少於一般學堂。