此期學潮的新動向，是逐漸突破學堂空間，把解決學堂內部矛盾的手段，發展擴大為社會鬥爭的形式。這類學潮至少有40次，在起因、對象和目的方麵，均超出學堂範圍，顯示出學生群與專製統治秩序矛盾的擴大激化。其中又可依據起因、目標的不同，再加細分。首先是反對地方惡勢力迫害師生和破壞學堂。頑固官紳“於如錦如荼之學界而賤之踏之蹂躪之，於可欽可貴之學生而奴之隸之犬馬之”，“學界萌芽，不被壓製者即被摧殘”。影響所及，歧視排斥學生的惡風漸起，“人以是多賤學生，而學生被辱於地方官吏地方人民者，時有所聞”鞭石：《陝西學界之悲觀》，《夏聲》第1號，1908年。2月26日。。安慶、成都、廈門、漳州、兗州、徐州、碭山及奉天岫岩等地學界，因官吏、士兵、警察、家丁毆辱或無故拿辦師生，地方當局曲意庇護，反而“問堂長以約束不嚴之罪”《家丁毆打學生之駭聞》，《民籲日報》1909年。11月12日。激起學生罷課抗議，要求懲辦凶手及肇事者，甚至將警局拆毀。廣東豐順學界反對船戶與劣紳勾結，加價勒索並汙辱學生，天津葛沽官立學堂因流氓毆辱學生，巡官袖手旁觀，不加懲處阻止，均一致罷學。其次，帝國主義侵略勢力日益深入，在中國領土上為非作歹，與學生發生直接衝突。1907年。廣東嶺東同文學堂師生因教師被日本潮汕鐵路公司屬員打傷，且拒不交凶，大動公憤，散發傳單公啟，鼓動紳商學界“合謀對付”。其公啟揭露該鐵路所用人員“尤多貪橫凶暴，而管站之日人，複以言語不通，且蔑視中國人，故意庇縱。每藉行李小件，濫索規費，不遂則毆打踢罵。赴訴不理，過客多受其淩虐”。“有殺人不要償命之語。苟不合謀對付，將益縱其虎狼之毒。”《同文學堂學生對於教員被毆之公憤》，《嶺東日報》1907年。3月14日。這些鬥爭事關整個學界名譽，往往得到當地各學堂的響應，形成區域性風潮。
被動激發的學潮雖然顯示了學生與惡勢力的衝突，但為細微末節而暴起驟落，使趨新動力低效耗費，未免得不償失。一些有識之士在同情支持之餘，也別有深意地指出：“世界稱軍人、學生神聖不可侵犯者何也？尚公理而不涉意氣，明人道而不畏強權，有完全人格，無非禮行為。有奪我天賦自由固有權利，奴隸我壓製我，出其全力與抗，死而後已，此軍人、學生神聖之名轟轟烈烈於世界也。而不然者，逞小憤蔑大局，同室操戈，同類相殘，則學生之價值低矣。”“全體罷課，慷慨激昂，團結之誌，不謂不壯，以之投於先生長者之前，未免割雞之用牛刀也。”不醒：《高等學堂又起風潮矣》，《河南》第4期，1908年。5月5日。批評學生“隻知罷課要求退學了事，枝枝節節而為之，絕不謀根本上之解決，則退學自退學，而招生自招生，頑固之監督如故，混充之教習亦如故”平衡：《桂林鬧學風潮》，《粵西》第1號，1907年。11月15日。。他們認為中國不能“依政府之設施以圖存”，呼籲學生“能知其所當爭，與之日爭而不息，以求達吾學之誌，而無徒於飲食起居外觀之微”皮生：《箴學生》，《夏聲》第3號，1908年。4月25日。試圖將學潮引上反清正軌。
在輿論感召下，學生們采取更加積極的姿態，以民權思想為指導，以罷課為武器，主動幹預地方事務，反對貪官汙吏的苛政劣行。1905年。直隸深澤縣高等小學學生要求禁賭，縣令昏聵，反而斥退4名代表。學生以退學抗議，又被該令脅迫其家長逼回，而賭風更熾。次年。學生不甘坐視，再度要求禁賭。昆明的陸軍、師範、蠶桑、東文、法政等校學生聯合揭露滇省學務軍政腐敗廢弛，要求“改良整頓，以救滇危”《大事月表》，《雲南》第2號，1906年。。。1909年。福建海澄學生全體罷課，反對抽收米捐。在曆次反帝愛國運動中，罷課成為學生的重要鬥爭手段。抵製美貨運動時，上海、廣州、福州等地美辦學堂學生紛紛退學罷課。1907年。奉天學界反對總督徐世昌賣國求榮，1908年。保定師範學生抗議江浙路事，1911年。雲南學生反對英軍強占片馬，均以罷課為武器，使地方當局頗感“風潮棘手”《保定學堂之路事風潮》，《中國日報》1908年。1月8日。。