自由平等意識使學生們敢於挺起身來堂堂正正地反抗專製壓迫。“中學為主，西學為輔”的教育方針和忠君尊孔的教育宗旨，在統治者視為中西合璧的瑰寶，學生卻棄如不倫不類的敝履。各校經學課成績普遍很低。在學生的抵製下，不少學堂減少了讀經課時，而學生上課時仍是略為敷衍“即群散而歸”。於是，“有議請廢罷四書五經者，有中小學堂並無讀經講經功課者，甚至有師範學堂改訂章程，聲明不列讀經專科者。人心如是，習尚如是，循是以往，各項學堂於經學一科，雖列其目亦止視為具文，有名無實”③《光緒三十三年。升任兩湖總督張奏設存古學堂折》，《張文襄公奏稿》卷四十三。。以致有人驚呼：“朝廷振興學堂，未見其益，先受其損！”《學堂不得縮短經學時間》，《廣州總商會報》1907年。6月26日。張之洞對於“近來學堂新進之士，蔑先正而喜新奇，急功利而忘道誼”的“種種怪風惡俗”，尤感痛心疾首，聲稱：“正學既衰，人倫亦廢，為國家計，則必有亂臣賊子之禍；為世道計，則不啻有洪水猛獸之憂。”
學生們除消極對抗外，還公開批判忠君尊孔的道統觀念。甘肅文高等學生作文時引述黃宗羲《明夷待訪錄》中“君也者，天下之大害也”的句子，以表達其憎惡情緒。《清末甘肅文高等學堂的片斷回憶》，《甘肅文史資料選輯》第4輯，第97—106頁。福建學生連“諸葛亮事業論”這類題目，都可以用來排泄反對君權的心緒，指這位被曆朝帝王尊為一代名相者為“一姓之家奴”。而校方的懲辦，反而激起一場風潮。郭公木：《辛亥革命前福州的教會學校和各類學堂》，《福建文史資料》第20輯。蘇州常昭公立高等小學學生在修身課試卷中直抒胸臆，“王以謙卷謂：‘君為臣綱，夫為妻綱，其理甚謬。’徐曾植卷謂：‘後世謂父為嚴君，誤矣！’程瑛卷謂：‘在朝為臣則認為君，否則吾與君為路人。’張元龍卷謂：‘三綱之謬，彰彰明矣！’王耀祖卷謂：‘三綱中君為臣綱尤謬，蓋非我祖父，與我並無關係也。’”在地理考試中，學生莊學耀借題發揮：“君主與臣民，固無階級。”《總督部堂劄準江督谘據提學使樊詳請維持名教整飭士風文》，《四川教育官報》1909年。第7期。用自由平等觀批駁綱常名教的宗法等級製度及其意識形態。蘇州景海女塾一位筆名競群的14歲女學生賦詩道：“謬哉尼父亦狂顛，漫鼓簧言縱毒傳。女子小人終古恨，可憐孔母亦含冤。”《遣憤三首》，《中國新女界雜誌》第2期，1907年。。對統治者捧為“中國萬世不祧之宗”、“五洲生民共仰之聖”的偶像進行尖刻辛辣的嘲諷。
對於社會輿論的種種非議，學生們也義正詞嚴地予以辯駁。江南將備學生致書對其退學之舉頗有微詞的《中外日報》，針對該報所謂學潮給頑固派以阻撓興學的口實，求新反而複舊的論點加以批駁：“自入學之日，此身即非我有，非父母有，非兄弟妻子有，直認為四萬萬同胞所臠割所齏醢所犧牲之身。”“仆等處亡決之世，存救亡之心，研究救亡之學，苦心熱血，真可盟天地而泣鬼神。”“普通退學，本為無罪。因求總辦改良功課不之允，各自引退，於公理諒無不合。”《江南將備學堂致〈中外日報〉館書》，《大陸報》第3年。第12號，1905年。8月10日。強調其退學之舉的正當合理。天津法政學生致函貶抑退學的《大公報》，斥問：“貴主筆是何心肝？”並鄭重宣告：“竊某等非奴隸學生，安能受此野蠻之壓製？西諺曰：不自由，毋寧死。某等之退學，原以求自由也，所持主義，自認與西哲不相背謬。”以此為信念，他們嚴正要求：“今與貴報約，限三日內速行更正，以自保價值。如再桀犬狂嗷，則某等將據五千年。之曆史以辯，不得為貴報諒也。”《答無名自稱退學生公啟函》，《大公報》1908年。1月12日。勇敢地捍衛自己的正義行動。
自由平等觀不僅是學潮的內在驅動力，而且在民主漩流的翻卷下，浮升到社會生活的表層，“自由”、“平等”成為學界流行的時髦語彙和抗壓製勝的法寶。他們與巡警爭吵，夾雜著“自由”、“壓力”許多新名詞，“說的巡警無了法了，就放他過去了”《學生野蠻》，《愛國報》第35期，1906年。。。與人爭訟，也“以新學平等之說，倡言無忌”《追繳卒業文憑》，《湖南官報》第49冊，1906年。9月8日。。要求轉校，根據是“人人有天賦自由之權”《飭革好講自由學生》，《大公報》1909年。5月28日。。就連女學生課堂裏放聲高唱庭院內悄吟謾詠的，也是此類新聲佳音：“女學社，屋二間，人半百，書一寮，都拚著大地山河一半擔兒我輩挑，吳淞江上旭日一輪照耀自由花。”“自由花，何璀燦，文明培根基。茫茫吾神州，女教衰微四千載，我儕出求學，誓將教育救國孱。”劉三：《校歌》；《本校師範畢業歌》，《女學生雜誌》第1期，1910年。4月。“課餘結伴且還家，趁此春光樂歲華，鋤得階前幹淨土，滿園遍種自由花。”競群：《春閨雜詠五首》之四，《中國新女界雜誌》第2期。一些人對此大加抱怨，指責學生“放著功課不用心學，淨學些皮毛，嘴裏說些個新名辭，不是起風潮，就是不上課。監學人要一管他，你聽罷，什麼奴隸我咧，壓力咧，不自由咧，種種洋習”回教人秦繼昌：《不可無恥》，《愛國報》第90期，1907年。。。