學潮成為引起廣泛關注的重大社會問題，對待學潮的態度分歧加強了各種社會勢力重新分化組合後政治分野逐漸清晰的趨勢。學潮的發展擴大，使清政府如鯁在喉，唯恐引起統治權威的根本動搖。1907年。12月25日所頒上諭稱：“士為四民之首，士風如此，則民俗之敝隨之，治理將不可問。”《光緒朝東華錄》，總第5806—5807頁。所以，清末數年。間，學界動向一直為清政府嚴密注視。1907年。河南巡撫張人駿鑒於“各省學校林立”，風潮不斷，“其人既不遵約束，監督管理各員力難禁止，既犯之後，地方官又以學校名譽攸關，事涉動眾，往往設法調停，遷就了結，學生無所畏忌”，認為，“學堂定章，懲罪之條，僅止記過退學，似不足以示儆。學堂為創辦之事，學生與平民有別，似應明定科罪專條”。奏請製定專門對付學潮的“學律”《學部駁複汴撫張人駿請定學律折》，《廣州總商會報》1907年。5月10日。。學部司官“都是些無能的官員，絲毫不想進步”《1910年。10月21日德米格致莫理循函》，《清末民初政情內幕》上，第672頁。掌握實權的楊熊、譚繼宗、陳曾壽、蔣楷等人更是壓製學潮的老手。陳曾壽為張之洞門生，早在1904年。供職湖北學界時，就因開除宋教仁、田桐等人，激怒學生，被迫下台。到日本任留日鄂生監督，又被驅逐回國。然而，絕對專製畢竟是明日黃花，諸多掣肘使他們也不敢為所欲為，輕允張人駿所請，隻能要求進一步嚴格執行既頒規章律令。
同年。底，清廷因“近來京外各學堂糾眾生事，發電妄言者紛紛皆是”，為防止“育學之舉轉為釀亂之階”，特別發出上諭，規定一旦出事，而教職員不加懲革者，“不惟學生立即屏斥懲罰，其教員管理員一並重處，決不姑寬”。甚至要追究所在督撫要員的失察之責，以防懲辦不力。同時下令各學堂將此諭旨一律書寫懸掛，並刊錄於畢業文憑扉頁。《光緒朝東華錄》，總第5806—5807頁。1908年。學部通令“嗣後京外各學堂如有糾眾罷考結黨立會情事，其為首滋事之學生即行斥革。抗不遵辦者，即全體解散亦所不恤”。並竭力強調道德評判，強化思想統治。“蓋道德與法律互相維係，不能遵守法律之學生，斷不能有精深之學業。而規條窳敗，教科廢弛，辦一有名無實之學堂，滋長囂張之習，患乃滋大。”《學部奏議複翰林院編修陳驤條陳學務折》，《東方雜誌》第5年。第1期，1908年。2月26日。統治者希望培養俯首貼耳的有用奴才，學生卻渴望成為氣宇軒昂的國家主人，奴才與國民的道德價值觀根本無法統一。1909年。學部又因“京師學堂風潮迭起，非切實整頓，不足以杜流弊”，嚴飭各校於招考學生派訂教員時，“務於品行一端切為注意，不得稍有疏忽，致使校風日下，學務前途不堪著手”《擬飭整頓校風》，《大公報》1909年。10月23日。。堵源截流，可謂機關用盡。但是，統治機器的功能業已失調，既頒規章也無法切實有效地執行。各地退學生紛紛轉校就讀，成為新的小群體的核心領袖，把火種播向四方。統治者欲懲無力，欲罷不能，被學潮之火燒得坐臥不寧。一些地方官員“最畏與學生交涉，至呼學生為教民。蓋因辦理學堂事件，無異審理教案之棘手也”《廣益叢報》第6年。第2期。。統治秩序混亂失範，使清政府日益喪失駕馭國家管理社會的機能。
清政府不僅害怕學潮的直接影響，更擔憂大批經過學潮洗禮的學生走向社會，對其統治構成根本威脅。一位學務觀察憂心仲忡地說：“夫他日政界學界軍界及實業界之人才，皆恃今日學生為儲蓄。”因此，各學堂於修身一科，“須切實講授，勿得視為具文，並將公私二德分析解釋，發明義理，且使征諸實行，定為功過，輔此學業，漸臻文明。久之，不須法律檢束，自能服從命令，服從義務，各成有用之才，而一切弊習澆風，不禁自絕。否則，學堂林立，學生飆興，徒構成一種複雜性質之社會，而教育之能力發達，反因之遲滯，即於政治機關亦有影響。轉移所在，關係匪輕”《兩江學務處沈觀察致張殿撰書》，《湖南官報》第49冊，1906年。9月8日。。