學潮的雙重效應，使封建勢力越來越明確地意識到學堂學生與專製秩序的本質對立。有人主張幹脆停辦學堂，懲治鼓吹興學之人。一些曾經讚同發展新教育的官員，也開始懷疑學堂能否為舊秩序所容納，認為：“昔日之書院，養以餼廩，動以利祿，無大益亦無大害。今日之學堂，可以造人材，亦可以召世變，大美所在，而大惡隨之。”④《新學芻議》，《四川教育官報》1908年。第5期。由於退回舊製事實上已不可能，為了去“惡”存“美”，他們想方設法消弭自由平等思潮在學界的傳播影響。有的請出古代聖賢的亡靈，以招魂曲淆亂新聲。張之洞“以自由平等異說流行，非提倡古學，不足以防流弊，故大鼓吹複古主義”，繼倡設存古學堂之後，又提出在國學館舊址建立古學院；由學部通飭各省，中小學必須以《四書》、《五經》為專修科目；《張之洞之頑固》，《中國日報》1908年。1月22日。並規定所有畢業生必須到存古學堂肄業一年。才能擔任教職。《張宮保力保國粹》，《廣州總商會報》1907年。4月19日。有的試圖調和儒學與西學，閹割民主自由觀的精髓。四川江油知縣陳誌喆針對“今日之學生，人人有一平等自由之說”的狀況，把儒學的“一視同仁”、“有教無類”說成平等，“各得其所”、“為仁由己”說成自由，聲稱：“幸生中國者，其平等自由已臻極點。”根本無須再加倡導要求。
四川提學使方旭撰寫專論《自由平權說》，表麵對“當路”將自由平權“懸之為厲禁”的作法提出異議，實際上肆意歪曲，鼓吹所謂：“自由者，殆即吾聖人率性之謂也；平權者，殆即吾聖人挈短之謂也。一以貫之，則亦曰忠恕而已矣！”他認為：“文明之元素，富強之根荄者，仍不外乎吾聖人之道。”於是一方麵把封建倫理道德捧為自由平權的正宗，經過改頭換麵，“能言自由平權者，亦聖人之徒也，又烏幹禁耶？”另一方麵，則將學生奉行的主張斥為異端邪說，“托為自由平權者，……逾閑蕩檢，無所不至，在聖賢謂之德之賊，謂之小人無忌憚；在哲學家謂之無公德，謂之野蠻之行為”。並以西方哲人“不可放棄己之自由，不可侵害人之自由”與“己所不欲，勿施於人”相映證，反對學生以自由平等觀衝擊封建專製和宗法禮教。《四川學報》1905年。第11期。這些喬裝打扮的衛道士，把盧梭、福祿特爾等人倡導、“釀成歐洲列國大革命之變”的學說貶為“無界之平等自由”，“學生中有為是說者，直是以之賈禍，直是以之倡亂”。主張首先“演說曆史以開導之。導之不從，則屏去之。去其害馬，毋使敗群”《新學芻議》，《四川教育官報》1908年。第5期。。以沐猴而冠始，以圖窮匕現終。
值得注意的是，這一論爭涉及近代中國的重大難題，即傳統文化中究竟有沒有近代意義的平等自由觀；中國衰敗的症結在於根本沒有平等自由，還是存在兩種平等自由觀的衝突對立；真正侵害自由扼殺人性的，是君主專製還是所謂“無界之平等自由”。在這一係列重大問題上，舊勢力固然顛倒黑白，開明之士甚至革命黨人有時也似是而非。自由絕不是毫無限製的放縱，而是對個人與社會之間權力界限的規定。1903年。商務印書館出版由嚴複翻譯的穆勒《論自由》一書，書名就是《群己權界論》。盡管東西文化在自由觀上有偏重個體與群體的差異，但改革者與衛道士不可能有統一的自由界定。朝廷官府的自由，就是不受任何限製的極端專製。而衝擊專製道統，不僅必然打破傳統秩序的規範，在慣性作用下，也可能衝出自由平等的界限。況且近代自由觀本身就是並非完美的曆史進步。造人才與召世變，正是新式教育並行不悖的雙重作用，要求新人才恪守舊規範，實在是葉公好龍似的悖論。