自由平等作為民主的個性化基本觀念，決非毫無限製的極端個人主義。學生們否認一切專製規範，在統治者看來，民主毫無秩序可言。而對於學生，則表現為一種嶄新秩序。這種更新重構經曆了一個從混沌到有序的發展過程，而自治正是學生民主追求的初級形式。他們反抗專製的言行中，理性精神夾雜著本能的逆反心理與散漫習氣，不免盲動浮躁，招致不少非議。為此，學生們主動借助自治形式實行自我約束，以改良舊習，化本能為自覺，變混沌為有序，樹立文明新形象。如揚州學生“以近日學生中頗有敗壞名譽之事，轉於學界進步有礙，特邀集官私各學堂學生創立學生自治會”《東方雜誌》第2年。第4期，1905年。5月28日。。一些地方官紳鑒於無力管束，被迫允許學生自治，以期相安無事。如四川敘州府學董“以近日學生不就範圍，特約集府屬各學堂倡立學生自治會”《七、八月大事記要》，《四川》第1號，1908年。1月5日。。有的官吏從促進憲政出發，支持學生自治。順天中學堂自立會成立後，府尹兩度到會演講，企圖把學生自治納入官方軌道。《好開通的尹憲》，《愛國報》第15期，1906年。。然而，自治並不能使學生馴服於專製統治，相反，勢必導致與舊秩序更激烈的衝突。
除標明“自治”、“自立”的團體外，校友會、聯合會、同鄉會、聯誼會等組織在民主風氣的影響下，也逐漸以自治為重要特色和基本內容，或成為輔助機構。
學生自治主要有以下幾方麵內容。
第一，抵製壓迫，掙脫專製束縛，由權威他律轉為民主自律，通過自我管理教育，提高民主素質，培養遵循民主原則和製度的心理習慣，結成新型群體關係，與當局抗衡。學生自治的矛頭直指學堂當局，而根本目標則是反對清政府頒行的規則章程以及賴此維持的教育宗旨和秩序。學生暫時無力改變國家專製製度，又不甘忍受專製之苦，於是以內部民主對抗外在壓力，擺脫清政府的直接控製。自治團體形式結構各異，但無不以自由平等的民主自律為基本準則。陝西宏道學堂學生多次嚐試組織全堂自治會，均因個別人從中阻撓而告失敗，遂采取“聯邦製”，“各班立一會，而後聯絡，由小及大”，以期“敬業樂群，課程完備，保全人格”本社同人啟：《宏道開除學生之顛末》，《夏聲》第7號，1908年。8月25日。。安徽高等學堂實行“代議製”，“堂內共有五齋，每齋八房，每房六人。先由六人中舉一人為代表，次由每齋八房中舉一人為代表，合五齋，共舉五代表人。其自治規則即由五人創訂。另擇數人為書記員”《安徽高等學生自治規則》，《嶺東日報》1905年。9月19日。。湖南常德府中學的自治形式可稱為“舍監憲政”，甲乙丙三班各由部長委派評議、檢察、裁判各二員，“學生如有違犯規則者，由各員白之舍監，分別情節輕重辦理。如檢察員失於覺察，或評議裁判未盡允協，準各學生商同部長撤換，均受裁於本學舍監”《學生新訂自治規則》，《北洋官報》第1187冊，1906年。11月12日。。
上海義務學堂學生自治會下設四大部，“一檢查部，各生自行檢查，互相檢查，養成記過之習慣。一遺失物代收及發還部，無論微細物貴重物妥為收拾，互相保護，養成廉潔之習慣。一勞作部，人人以整齊清潔堅忍耐勞為分所應為，養成精勤之習慣。一法律部，稽察嚴密，有善行公獎之，有劣跡公斥之，養成守法之習慣。會中辦事人員共十五人，正副會長各一人，記錄一人，議員四人，警察六人，正副幹事二人”《道德之芽》，《大公報》1905年。7月22日。。儼然一個體製完備的微型政權，實際上取代了校方的行政管理權限。由留日退學生發起組建的中國公學，則以自治“行共和之法”《湖南姚烈士遺書》，《直隸教育雜誌》1906年。第15期。“一切組織多含有試行民主政治之意”。創辦之初，實行立法行政分權，設執行、評議兩部，執行部職員由學生投票互選，有任期，對評議部負責。評議部由班長、室長組成，定期開會，有監督彈劾職員之權。胡適形象地稱之為“雛形共和國”。以後官府乘借款給該校之機，委派監督，學生主體製變成董事會主體製，學生經過鬥爭無效，退學另組中國新公學。胡適：《中國公學校史》，《胡適選集·曆史》，第1—6頁。