向校方了解情況後，蔡元培會見學生代表黃為基等五人，詢問事件所由，學生一一以前事述告。蔡曰：“是固有使諸生不得不然者。然擲獎物於廁所，亦未免為太過之舉動。”學生曰：“以是責我等誠當。顧我等之為此，亦激於前事耳。”《潯溪公學學生第二次散學始末記》，《政藝通報》第21期，1902年。12月14日。黃為基稱：“我等非激動於南洋公學之風潮者，亦非為褒賞物小事者，實為學問前途計，不得不出於此。我等所要四條，想君知之矣。我等所以最不慊於總教者為第一條，第二條即第一條之支別也。自某甲任總教以來，分教某丙、某丁、某戊均以不合辭去，今又及某己矣。我輩今乃知某甲之恣其私意，以誤我輩之前途也，故憤憤。”蔡元培問：“吾知分教辭去，則總教兼任其教科，總教果勝任否？”答曰：“不勝任。我輩自忖半年。來無甚進步也。”蔡元培進一步追問：“此事憑君等良心決之，無可容吾擬議。吾意學校中非各科可單獨運動者，必有統合之組織，故分教與總教不合，自不得不辭；即不辭，總教亦當辭去之。今日文明國易一執政，則其僚屬殆鮮不更易者，亦此義也。故分教之不合而去，與總教之別延分教而未得其人，此尚未可為總教罪。我國此時欲延一科學教習，甚不易也。惟學校中非獨以教科灌入知識於學生而已，教師之熱心與公德，其類化學生之力甚大，關係甚重。故君等詆某甲之恣其私意，吾不能不一推求。使某甲以延分教不得之故，而勉強自承其乏，雖不勝任，尚可原諒。然君等之恣私意，是必某甲利於分教之無人，而因以自便其私也。吾欲問某甲既兼分教之任，曾自取分教之脩否？”黃為基稱：“某甲已書一紙，支分教之脩於司事，但司事尚未付耳。此自有證據，否則吾輩不能以春秋誅心之法遽詆為私意也。”
蔡元培見是時惟黃為基一人出言，其餘四人皆默然表同意而已，遂轉而問司事：“某甲果有支分教脩之一紙書乎？”司事回答：“無之。惟告以前分教未支之脩，以其半津貼兩助教之膳費，以其半預備明年。派人往日本展覽會而已。”蔡元培認為這仍是“為公學公費，不得據以為總教之私意”。
掌握各方的觀點態度後，蔡元培與杜亞泉深談一次。他首先詢問：“學生所執之詞柄，非有所必不得已也。而顯若深恨大仇，舉平日師生關切之愛情而一切抹殺之，此何以故？”杜亞泉對此亦表示“不解”，指其“殆全為上海近日之風潮所激動耳。餘甚不以上海助長學生之氣焰者為然。餘平日願此間學生韌性樸學，別樹一幟於政論風潮之外，以故高明偏宕之材，不能不以漸裁抑之。餘費苦心半年。矣，以為幾達目的，而不意以外界之激動，一旦付之水泡。餘今已槁灰其心，不願複委身於教育。然餘不惜犧牲餘名，將著一書，專攻擊若輩助長之議論。固不免若輩唾罵，然數十年。後，必有思餘言者”。就教育而言，校方規範教學秩序，為學務所必須。但杜亞泉“裁抑”“高明偏宕之材”的作法，在學生看來，與專製壓迫並無二致。
聽罷其言，蔡元培講了一大段意味深長的話，全麵闡述其對學潮起因、學生類型的分析以及區別對待的處理辦法，不僅對理解潯溪公學及風起雲湧的學界風潮大有幫助，而且可以了解蔡元培的社會政治主張。他首先分析了學潮興起的社會原因：
“子言此次衝突之原因，近之矣。雖然，猶未也。子不見學校衝突之事，近者惟吾國及俄國屢見之乎？吾國學校之未完備姑不論，彼俄國者，學校之編製，教育家之所講授，何遽不若彼共和立憲諸國，而衝突乃如是。蓋學問者，以實現理想於未來為目的者也。彼共和立憲諸國，學理之所闡，與夫政界之所涉，蓋無不密合者。學生者，過渡之時代也，預備之時代也。學成以後，因當有自由之幸福，亦何惜犧牲現在以要求之？謂之曰學生不得自由，彼且謂吾此時固不願自由也。專製之國，則其學理之所闡，與夫政界之所涉，乃無一不反對。彼自信將來必無實現理想之一日。凡人情於必不可得之事，則其求之也愈迫，而其攫之也因亦不暇於熟慮。況在我國外交之疲苶，社會之腐敗，已有朝不保暮之勢，彼自以待學之成，則已國墟而人奴矣。彼其如燃眉之急，如滅頂之厄，固何暇問火政漫人之如何也。彼又多時過而學，則自以已負國民之義務。彼又日染於譯書之理論，日激於新聞之記載，則憤叱狂囈，血湧技癢，不知其所由。彼當外界衝因極強烈之時，則一觸即發，一縱即逝，雖犧牲身命，犧牲社會，犧牲全世界之美利，以供其一快，亦所不擇，況區區之普通學若師生關愛之感情哉。”