青年。學生的反清革命傾向，很大程度上帶有青春期逆反心理和躁動性格的情緒化。而兩種因素進一步加強了情緒化的色彩。其一，學生聚居為小群體，其角色內化的偶像並非造軌造車材料的乙派，而是有嘉言懿行的甲派，功課好遠不如自立自強受人尊崇。黃遠庸所佩服的兩位同學，便是能夠獨立自尊和沉毅剛強之人。黃遠庸本人也是“文筆頗佳，尤工辯論，其科學程度則未得為第一流”，卻成為群體領袖。其二，社會輿論對學界風潮的讚譽鼓吹。上海的政論風潮對於助長學生習氣起了推波助瀾的作用。黃遠庸後來承認：“此時學生，正講革命自由民權種種，餘輩羨慕南洋公學學生鬧學之風潮，為報紙所讚歎，即為電賀之。”黃遠庸：《懺悔錄》，《遠生遺著》卷1，上海書店1984年。版，第127—128頁。該校第一次風潮，雖然被視為學界革命之舉，但先則“施種種野蠻之手段，而後無佳聞矣”《南洋公學學生退學意見書》，《選報》第35期，1902年。11月20日。為輿論所詬病，這也促使學生不達目的誓不罷休，衝突很難以妥協方式解決。
四調停失敗
針對學潮的起因，蔡元培提出具體的解決辦法：“日本留學界之事，中國教育會擬函勸留學者回國，而於上海設一學校以待之。論者或曰：留學者必不盡歸，吾之學校亦決不足以厭其意。吾曰：是不然。吾之學校，於形式上不特不及外國之學校而已，即以吾國各學校科較而量之，亦未有以遠勝。雖然，吾之精神教育則可以當仁而不讓。且吾所欲待者，甲派之學生而已。彼其非甲派者，吾且避之不遑，吾何希冀為？及南洋公學之衝突也，退學二百人，公議有共和學社之設，是真甲派學生之善於自處者。據宗仰山人（黃宗仰）《愛國學社開學誌》（《選報》第35期，1902年。11月20日），蔡元培在愛國學社開學之日曾代表中國教育會致祝辭，可見其對於培養甲派學生的期望：“近今吾國學校日月增設，其所授科學誠非可一筆抹殺者。然其精神上之腐敗之卑猥決不能為之諱。此如人之有官體而無神經，則土偶傀儡之類耳。吾輩今既以製造神經為主義，則有三希望焉：一曰純粹其質點，則沉浸學理以成國民之資格是也；二曰完全其構造，則實踐自治以練督製社會之手段是也；三曰發達其能力。則吾學社不惟不以為雛形，而以為萌芽，以一夫不獲之責，盡萬物皆備之量，用吾理想普及全國，如神經係之遍布腦筋於全體是也。嗚呼！吾學社果能達此希望乎？則微特學社之光榮，微特吾教育會之關係，吾中國之前途，實大被其影響焉。”其時回學者亦已數十人，學生社會中痛恨而惋歎焉。吾曉之曰：‘彼等佹出佹入、無目的無意誌之輩，留之於社會，是腐敗吾社會之微生物也，吾願其速去。’今潯溪公學之衝突尚未決裂，吾意當於決裂之先，溝畫而刃劙之，引去其甲派者，留其非甲派者。於是公學之規則可以不破壞，學生之誌氣可以不夭閼，是誠離之而兩美者。吾意學校衝突之風潮既起，學生社會之公德漸明，手段漸高，其後衝突之事，將不可勝紀。各處腐敗之學校，將鑒於此而有所改良。然決非可厭甲派學生之希望者。惟吾此論可為各學校普通之調停法，將於潯溪公學一試之。即使以吾此論而公學學生無一留者，則解散全學之罪在吾一人，而於總教、總理、總董之名譽固無損焉。”
對於蔡元培的建議，杜亞泉表示認可。翌日，蔡元培以告總理，後者亦表示同意。蔡元培是日決計返回上海，而龐青城尚未起，問總理曰：“子知總董之以吾言為然乎？”曰：“必以為然。”於是蔡元培至演說廳，集學生而告之如告杜亞泉之言，詳言杜與諸分教交涉之事，以示其可諒。並招司事與學生對質，杜亞泉並無自支分教脩金之事，以示學生所以詆總教習者，“皆假借之詞柄，非本意。即使學生有所誤會，亦其助因，非主因，而主因則在外界之衝動力”。蔡元培於是申告學生：“諸君以吾言為然者，請自審甲派與非甲派。甲派者可決去，此公學決非可達甲派諸君之希望者，宜別自為計；非甲派可決留。吾觀吾國各官私學校，殆未有如此公學之善者。”學生代表人黃為基避席而言曰：“詆總教恣私意，為某一人誤會，某一人任其過，與諸同學無弊。惟蔡某之言，諸同學既悉聞矣，請諸同學決去留，願去者舉手。”蔡元培道：“舉手不易明了，此事人人有自主權，非以多數決者，不如各簽名注去留。”於是簽名注去者二十九人，注留者六人。蔡元培複重申：“諸君之去者留者，皆吾國所必不可少之材料也，吾皆所敬佩。去者必當有自達其希望之建設，無佹出佹入，貽同學羞；留者當潛心於所目的之學問，無再多事奪目力。”眾人稱：“善！”蔡元培：《潯溪公學第二次衝突之原因》（錄《蘇報》來稿），《選報》第35期，1902年。11月20日。