鹹豐的即位還是喚起了大臣們新的希冀，至少，曾國藩抱著很高的熱忱。新舊君主更代時，是禮部最繁忙的時候，因為對大行皇帝的蓋棺論定要禮部拿出意見，一切喪儀也要做得有章有法，而新君即位大典等等，也是禮部不可少的事。由於曾國藩“職務繁劇，不遑兼顧家事”，因此寫信請他的四弟曾國潢到京幫助料理。三月十五日，曾國潢到達京都，兄弟二人“相見極歡”，曾國藩把所有的家務交給四弟“經理”，他自己則全身心投入到公務中。
三、署理部務，每日“自課八事”
曾國藩以內閣學士兼禮部侍郎銜後，又兼署兵部、工部、刑部、吏部侍郎。曾國藩的“部務”官雖屬於兼署，但可以說他一個稱職的堂官。他沒有因為“署理”，就得過且過，放任自己。相反，他利用每一個機會，鍛煉自己的政務才能。據《曾國藩年譜》記載，“公每綰官部務，悉取則倒博綜詳考，準以事理之宜。事至剖斷無滯。其在工部，尤究心方輿之學，左圖右書，鉤校不倦，於山川險要、河漕水利諸大政詳求折中。”《則例》是一種由皇帝欽定的各部辦事規章，曾國藩做事有條理，於此也可以體現。
此段時間由於職任日益重要，曾國藩有意培養自己的處理政事能力。從鹹豐元年起，中斷了數年之久的日記也恢複寫作了，並按好友劉傳瑩所題，名為“綿綿穆穆之室日記”。每天的工作安排也漸有條理，這就是“每日自課以八事：讀書、靜坐、屬文、作字、辦公、課子、對客、複信。觸事有見，則別識於其眉”。這是典型的學者型官僚的作風。曾國藩一生手不釋書，是學而仕、仕而不廢學的佼佼者。他的許多見識可以說得益於這種持之以恒、堅持數十年的工作方法。
在中央六部中，戶、刑兩部號稱繁要。尤其是刑部關係命案，曾國藩“值班奏事，入署辦公，蓋無虛日”。即使在緊張的工作之餘，他仍“手不釋卷”，對於“經世之務及在朝掌故”更是十分留意，按類別“分彙記錄，凡十有八門”。
在養成良好工作作風的同時，曾國藩遇事敢當，不推卸責任。他在審理琦善案時就表現了這種風格。
琦善，字靜庵，是滿洲正黃旗人，深得道光帝寵信，又倚重大學士穆彰阿，因此久膺疆寄，官運亨通。琦善“性氣高傲，不欲下人，才具素長，睥睨一切”，“遇事接物，多用權數（術）”。在第一次鴉片戰爭中，他抗旨求和，以罪擬絞監候，家產全部查抄入官。《南京條約》簽訂後，被重新起用。道光二十九年調任陝甘總督，次年兼署青海辦事大臣。琦善辦理雍沙“番族”一案屢被蒙古郡王參劾，鹹豐帝降旨令滿洲都統薩迎阿查辦。薩迎阿經過調查後向清廷奏稱：琦善將雍沙番族刑求副供，殺斃多名。鹹豐帝得奏後認為琦善妄加誅戮，實屬大負委任，命革職交刑部審訊。其職務由都統薩迎阿暫署。
鹹豐元年（1851）閏八月，琦善回至京師，由刑部審理他在任妄殺案。由於此案重大，鹹豐帝欽派軍機大臣與三法司會審。三法司是刑部、都察院、大理寺的統稱，刑部掌審判，都察院掌監察，大理寺掌審核。琦善自寫供折千餘言，稱自己被薩迎阿陷害。會審人員中，大多數畏懼琦善，因而隻尋微瑣細事令琦善回答，實際是為他開脫罪責。還有人認為薩迎阿原奏不當。當時薩迎阿還沒有回到京城，因此琦善以為無人對質，更加有恃無恐。這時，軍機章京邵懿辰將琦善供詞中的十九事逐一駁斥，審案諸公為大事化小，乃提議傳薩迎阿所隨帶查辦之司員四人，赴法堂與琦善對訊，甚至有議反坐者，這時，兼署刑部侍郎的曾國藩曰：“琦善雖位至將相，然既奉旨查辦，則研鞫乃其職分；司員職位雖卑，無有傳入廷尉與犯官對質之理。若因此得罰，將來大員有罪，誰敢過問者？且諭旨但令會審琦善，未聞訊及司員，必欲傳訊，當奏請奉旨然後可。”由於曾國藩的力爭，甚至詞氣抗厲，四坐為之悚動，傳司員對質之事才擱置下來。
鹹豐二年四月，琦善革職後發往吉林效力贖罪。其他有關人員，如已革甘肅布政使張集馨，已革西寧道文桂，已革署蘭州府知府步際桐，已革知州趙桂芳，已革知縣尹泗等十餘人，也被處發往軍台效力贖罪。這與曾國藩的剛正不阿不無關係。
此案中的琦善，倚任穆彰阿，而曾國藩是穆的門生，在審理此案中，曾國藩既顯示了他熟諳朝章國故的才能，又有秉公執法的美譽。
此時的清朝，賞罰不公已成惡習。曾國藩認為這也是吏治日下的緣由所在。尤其是朝臣間盤根錯節，往往牽一發而動全身。因此，需要從嚴整飭吏治，才能扭轉官場積習。在隨後的案件中，曾國藩就堅持這種意見。
就在曾國藩上書用人三策時，太平軍在廣西揭竿而起，並屢敗清軍。清廷派大學士賽尚阿南下督師。曾國藩的好友、軍機章京邵懿辰認為賽素不知兵，且以朝廷重臣督師，萬一失利，大失朝廷威嚴，因此上書稱七不可，但清廷並沒有采納邵懿辰的意見，賽尚阿果然一敗塗地。
清廷屢派朝廷重臣督師作戰，而這些重臣幾乎不免失敗。這並不僅僅因為將帥不用命，甚至也不是調度無方所致使，主要是清廷的軍事體製。
早在鹹豐元年三月，曾國藩就上《議汰兵疏》，提出“天下之大患，蓋有二端：一曰國用不足，一曰兵伍不精”的看法。
曾國藩所提出的問題，也是每個王朝處於衰落時期所遇到的共同問題：兵雖多而不用命，而且耗盡天下財富，使國用不足。二個問題因果相循，幾乎難以解決。宋代明代都是如此。 清朝的軍隊有八旗、綠營兩種，被稱為國家的“經製兵”，即正規軍”但到鹹豐初期，清朝已走過了二百多年，兵伍的問題已十分突出。曾國藩痛心地說：有的省份，兵卒以械鬥為常；有的省份，兵卒以勾結盜匪為業。其他吸食鴉片，聚開賭場，各省皆然。大抵無事則遊手恣睢，有事則雇無賴之人代充，見賊則望風奔潰，賊去則殺民以邀功。
對於財用不足，曾國藩說，自道光時即已捉襟見肘。道光帝每當與臣下論及開捐納時，“未嚐不谘嗟太息，憾宦途之濫雜，悔取財之非計也。”到了現在，情況更加嚴峻，“以天下之大，而無三年之蓄，汲汲乎惟朝夕之圖”，這是十分危險的。
曾國藩說：現在財用日困，而兵不用命，二者相互影響，而乾隆四十七年增兵之事是一大關鍵。當時綠營兵名為64萬，但因有“空名坐糧”六、七萬，即將六、七萬兵數的糧餉按級別攤下去，因此兵額實際隻有五十七八萬。這種“空糧”實際上是一種補帖，當國家財政良好時，收到強兵之效。乾隆四十六年以後，將空額補足，一下子，兵增加六、七萬。每年增加支出近三百萬兩。當時國庫充盈，普免天下錢糧已經舉行四次，而戶部常年存銀七千八百萬。當時大學士阿桂提出偶然增加不覺其多，但每年支出三百萬，恐怕難以為繼。統計二十餘年，即多增七千多萬。阿桂的建議沒能被采納。以後嘉慶、道兩次裁兵才裁去一萬六千名。 因此，曾國藩提出恢複乾隆四十六年以前的定製，裁兵五萬。由於一下子裁掉，恐怕有兵變，因而最好的辦法是有空缺後即不再補充。則六年之內，可以完成。每年節省一百二十萬，七年就會收效可觀。
再從當時前方作戰情況看，廣西有額兵二萬三千，士兵一萬四千，但“竟無一人足用者”。廣西如此，其他各省也差不多。這是值得“考慮”的事。裁兵的辦法，也不搞一刀切，或精強之鎮不動，而多裁劣營；或邊要之區不動，而多裁腹地；或營製太破，舊而並之；或汛防太散，撤而聚之。是在兵部之精審，督撫之體察，未可鹵莽以從事耳。
曾國藩還提出，訓練軍隊，提高戰鬥力還有一種成法可循，這就是舉行閱兵大典。本朝共舉行二十幾次，皇帝親自檢閱，“外藩從觀，軍容一肅，藩部破膽。自嘉慶十七年至今，不舉大閱者四十年矣。凡兵以勞而強，以逸而強。承平日久，京營之兵既不經戰陣之事，又不見搜狩之典，筋力日懈，勢所必然。伏求皇上於三年之後，行大閱之禮，明降諭旨，早示定期。練習三年，京營必大有起色。外省營伍，勢難遽遍，求皇上先注意數處，物色將才，分布天下要害之地。但使七十一鎮之中有十餘鎮可為腹心，五十餘萬之中有十餘萬可為長城，則緩急之際，隱然可恃，天子之精神一振，山澤之猛士雲興，在我皇上加意而已。昔宋臣龐籍汰慶曆兵八萬人，遂以大蘇邊儲；明臣戚繼光練金華兵三千人，遂以蕩平倭寇。臣書生愚見，以為今日論兵，正宜法此二事。
曾國藩提出了比較成熟的改革軍隊訓練的辦法，這對他後來組成湘軍有很大影響。
曾國藩上疏都有根有據，從無虛文。他上此疏時，還將乾隆朝增兵，嘉慶、道光二次汰兵成案一並進呈，請鹹豐帝發交九卿大臣們討論實施。他的建議得到了戶部的響應。
鹹豐二年四月，清廷發布上諭，上諭主要根據曾國藩的奏疏及他所進呈的三個成案而發。鹹豐帝要求各省督撫會同提督總兵等武職大員，以乾隆四十六年原額為基準，三年內裁兵四萬八千名。
由於曾國藩對清廷賞罰不當早已不滿，因此他擔任侍郎後，力圖扭轉積習。鹹豐二年，奉旨烏蘭太、向榮交部嚴加議處，賽尚阿文部議處。曾國藩赴部會議，以軍務關係重大，議處罪名宜從重者，不當比照成例。會議罷後，又專折奏請從嚴議處。賽尚阿終被革職。