為防止士兵離營，甚至有意拖欠軍餉，或扣下大部分的銀存入公所，等士卒遣散或假歸時進行核算，酌發部分現銀以充川資，其餘部分由糧台發一印票，至湖南後路糧台付清。若士兵擅自離營，欠餉、存餉即被沒收，不再發給。這樣，士兵苦無川資，又戀於餉銀，也就不會輕易離營了。同時，士兵一旦假歸或遣散回家，就能領到一大筆銀兩，對未曾應募入伍的人也可以產生巨大的誘惑力。這樣，曾國藩就達到了一箭三雕的目的：既減輕了籌餉的困難，又防止了士兵的逃跑，還能引誘大批農民和書生踴躍應募。
四、精神訓練與思想灌輸
湘軍的崛起與其本身的素質有極大關係。由於從選將、募勇這一關口上從嚴從新把握，以此將湘軍與其他軍隊區別開來。但如何對招募來的將、勇進行訓練，在曾國藩看來，必須把思想灌輸和精神訓練放在首位；其次是技藝、陣法等訓練；第三是調整好軍民關係，嚴明軍紀。
曾國藩並不是一個以軍事見長的人，也不是一個純粹的學者，而是一名典型的學者型官員。他曾對著名學者俞樾說：“李少荃（鴻章）拚命做官，俞蔭甫（樾）拚命著書，吾皆不為也。”這句話即是他雜糅各家的多向度追求的表白，也是他不求單一而求實際的經世思想。而湘軍的創建、組織、訓練實際成為曾國藩的“實驗品”。而以後的事實證明，他是成功的。曾國藩十分強調將領於兵士的影響、幫帶作用，他尤其注重以義理來帶兵。他指出：帶勇之法，用恩莫如用仁，用威莫如有禮。仁者，即所謂欲立立人，欲達達人也。待弁勇如待子弟之心，常望其成立，望其發達，則人知恩矣。禮者，即所謂無眾寡，無大小，無敢慢，泰而不驕也。正其衣冠，尊其贍禮，伊然人望而畏之，威而不猛也。持之以敬，臨之以莊，無形無聲之際，常有懍然難犯之象，則人知威矣。守此二者，雖蠻貊之邦行矣，何兵勇之不可治哉！湘軍在創建初期，確實存在不少問題。首先是在建軍的指導思想、組織原則、目的等方麵將領們是不一致的。曾國藩練勇是為了“往江南殺賊”，“係為大局起見”，而王等人“係為複仇起見”，後來二人終於分道揚鑣。此外江忠源的弟弟江忠淑不聽約束，使曾國藩感到很難統領。就紀律而言，也很成問題。如江忠淑帶新募楚勇援南昌，中途聽到太平軍將到來的傳言，即刻嘩然而逃走，軍械餉銀，也丟棄不管，後又因鬧餉，全軍“大噪”，擁至撫院衙門，殺傷江忠源家丁。次日，一千餘人亂紛紛解散回鄉。湘勇雖比楚勇稍為馴服，但此時也因鬧餉，在德安竟一哄而散。湘潭打勝仗的五營，搶奪戰利品後即逃回縣城。以至於曾國藩大罵“湘勇之喪心昧良”。在給清廷上的奏折中對湘勇能否可以一戰也持懷疑態度。
曾國藩經過一段的思考，認識到加強思想統領的重要性。
湘軍的特點是，將領都是書生，信奉儒教，士兵都是農夫，容易受感化教育。因此，曾國藩通過書生出身的將領將儒家思想灌輸到士兵中去，因而對將領的訓導尤其認真和嚴格。書生能知兵事的有多少呢？曾國藩說自己不懂戰陣之法，但不要緊，“書生以忠誠相期獎”，“我不知戰，但知無走，平生久要，臨難不苟”。作為將領，能以維護名教為主義，必忠必信，就能保鄉衛國。
他用禮法來訓導將領，鞏固其忠義血性，有幾種作法：
一是以身作則轉移習氣，他平生最恨“官氣”，即圓滑取巧，心竅太多，敷衍塞責，不能負巨艱，擔大難；推崇“鄉氣”，任用久困場屋，沉淪下僚，有用世心腸而無從致用的人。這種人守著一個“拙”字，遇事能身到、心到、口到、眼到，能忍辱負重。用鄉氣代替官氣，是轉移原則。
二是勤教，兢兢自持，以身作則，教人早起，自己首先早起。在批牘裏，在書信中，對身邊人，諄諄告誡，不厭其煩地教育。生平標榜誠敬二字，精誠所至，金石為開，鬼神也避。 三是嚴繩，用嚴師管束弟子的方法來進行約束。大至領兵作戰，小至平日不晏起、不撒謊，自立準繩，自為守之，互相規勸。
如此這般，“引出一班正人，倡成一時風氣”，再來訓練士兵，也就容易了。
曾國藩自詡為“訓練之才”，而訓練的著重點不在技藝陣法，而在思想教育，他稱為“訓家規”和“訓營規”。曾國藩似乎是中國軍事史上第一個將“訓”與“練”明確區分的人。他講的“訓”，即教育、灌輸、訓導，他講的“練”才是練陣法、習技藝、演方陣等。也可以說，“訓”側重於政治與思想方麵，“練”側重於軍事與技藝方麵。他說：“新幕之勇全在立營時認真訓練。訓有二，訓打仗之法，訓作人之道。訓打仗則專尚嚴明，須令臨陣之際，兵勇畏主將之法令，甚於畏賊之炮子；訓作人之道則全要肫誠，如父母教子，有殷殷望其成立之意，庶人人易於感動。練有二，練隊伍，練技藝。練技藝則欲一人足禦數人，練隊伍則欲數百人如一人。”關於“訓”兵士的方麵，他將用於精神教育的倫理綱常寫在軍規中，讓官兵記誦，或編成歌謠，讓官兵傳唱。如《勸誡淺語十六條》、《營規二十二條》等，都是淺顯易懂，日日用得著的紀律規範。
每逢三、八操練的日子，曾國藩還親臨校場訓話，每次訓講“一時數刻之久”，反複開導千百語。如《曉諭新募鄉勇》保留了曾國藩“訓”教的內容：照得本部堂招你們來充當鄉勇，替國家出力。每日給你們的口糧，養活你們，均是皇上的國帑。原是要你們學些武藝，好去與賊人打仗拚命。你們平日如不早將武藝學得精熟，將來遇賊打仗，你不能殺他，他便殺你；你若退縮，又難逃國法。可見學的武藝，原是保護你們自己性命的。若是學得武藝精熟，大膽上前，未必即死；一經退後，斷不得生。此理甚明，況人之生死有命存焉。你若不該死時，雖千萬人將你圍住，自有神明護佑，斷不得死；你若該死，就坐在家中，也是要死。可見與賊打仗，是怕不得的，也可不必害怕。
於今要你們學習拳棍，是操練你們的筋力；要你們學習槍法，是操練你們的手腳；要你們跑坡跳坑，是操練你們的步履；要你們學習刀、矛、鈀、叉，是操練你們的技藝；要你們看旗幟、聽號令，是操練你們的耳目；要你們每日演陣，住則同住，行則同行，要快大家快，要慢大家慢，要上前大家上前，要退後大家退後，是操練你們的行伍，要你們齊心。你們若是操得筋力強健，手足伶俐，步履便捷，技藝純熟，耳目精明，而又大家齊心，膽便大了。一遇賊匪，放炮的放炮，放槍的放槍，刀、矛、鈀、叉一齊上前，見一個殺一個，見十個殺十個，那怕他千軍萬馬，不難一戰成功。你們得官的得官，得賞的得賞，上不負皇上深仁厚澤，下即可慰本部堂一片苦心。本部堂於爾等有厚望焉。
為配合精神訓話，他還將“四書”、《孝經》下發到士兵手中，幾乎把兵營變成學校：“常教士卒作字讀書，書聲琅琅，如家塾然。又時以義理反複訓諭，若慈父之訓其愛子，聽者潸然淚下。”這種以封建倫常為核心的家規、營規、歌謠、精神訓話以及把兵營變成學校的作法，經過年複一年、鍥而不舍的努力，就把湘軍訓練成一個尊長死上，辨等明威的具有濃厚儒教色彩的軍隊。
第二個方麵是“練”。隻有“訓”是不夠的，“訓”的效果在於將士的思想政治素質的提高上，但沒有真本領必然會打敗仗，因此，曾國藩在“訓”的同時加強“練”的內容。 曾國藩初到長沙時曾訓練過三營湘勇，其後鎮壓湖南各地會黨起義甚感得力。而派往江西的一千湘勇則有兩營從未進行過訓練，因而傷亡慘重，不堪一戰。正反兩麵的經驗，使曾國藩增強了練兵的信心和決心。同時，曾國藩的父親也幾次寫信給他，講述自己在湘鄉辦團練的得失，以及應該注意的問題。這對曾國藩也非常有幫助。他在給駱秉章的信中說：“不練之兵斷不可用。侍今年在省練過三營，雖不足當大寇，然猶可以一戰。六月援江之役，新集之卒未經一日訓練，在江不得力，至今懊悔。”
對湘軍的操練，曾國藩強調勤與熟。他將湘軍營規定為《日夜常課之規》七條：
一、五更三點皆起，派三成隊站牆子一次。放醒炮，聞鑼聲則散。
二、黎明演早操一次，營官看親兵之操，或幫辦代看。哨官看本哨之操。
三、午刻點名一次，親兵由營官點，或幫辦代點。各哨由哨長點。