曾國藩在衡州練軍時，把羅澤南、王、李續賓等人請來，一同定立營製章程，通過討論、折中，最後通過了曾國藩手訂的規製。曾國藩堅持“別開生麵”，對營製的原則性看得異常重要。所謂沒有規矩不成方圓。但王一則性格傲謾，自視甚高，二則手下有一大批得力人才，加之他認為自己是最早帶勇的湘鄉人，因此，並不完全接受曾國藩的約束。曾國藩將湘軍的營地搬到衡陽後，立即寫信給王，請他“即日來衡，共商一切”，並說：“募人之多寡，籌餉之有無，概待足下來商”。可見曾國藩最初很尊重這位對團練頗有經驗的鄉黨。
曾國藩還在給江忠源等好友的信中，稱讚王是“忠勇男子”，是中流擊楫的祖逖一類英雄。並說王每寫信函，“熱血激風雲，忠肝貫金石”。但王回到湘鄉後，十分張揚，出入都要敲鑼打鼓，鄉人為之側目，又將勇丁多招至3000人。曾國藩聽說後，立即去信製止，說新招的人最多不要超過三營，“不然，恐一到衡城，無糧可發，大為難事也！”按湘軍規製，三營隻是一千多人，這當然不為王所接受。
曾國藩主張“招一人即收一人之效”，即精兵厚餉之策。由於衡州沒有多少餉銀。因此王從巡撫駱秉章處請來一萬銀兩後，去信給曾國藩表示仍招六營即三千餘人。曾國藩不得已表示同意，但堅持這些新招之勇必須訓練，不訓練就會重蹈援江失敗的覆轍。曾國藩還提出，最好將隊伍拉到衡州一同訓練，如果實在來不及，也必須在當地訓練一個月。並說：即使湖北失守，亦不能將沒有訓練的隊伍開赴前線。以後曾國藩又多次分別給駱秉章和王寫信，堅持兵貴精、兵貴練的原則。如果王新募一萬，或四五千人，既談不上精銳，同時口糧、器械都成問題。曾國藩還說，自己“並非不知兵勇宜多”，但恐兩個月後，無餉可發，那時就成大包袱。 事實上，王、駱都沒有采納曾國藩的勸告。而且，更令曾國藩氣憤的是，王帶著這3000勇丁到長沙，與駱秉章來往密切，並漸漸流露出自成一軍、不再聽曾國藩指揮的傾向。
由於曾國藩對王的張揚、輕敵早已厭煩，現在又出現不聽約束，另搞一套的嚴重事情，因此曾國藩考慮是否能與王共事，是否將王開除湘軍之外的問題。鹹豐三年十月他在寫給駱秉章的信中說王“意氣滿溢，精神上浮，言事太易，心竊慮其難與謀大事。”又說王“血性可用，而近頗矜誇，悲其氣不固，或致僨事”，當王意欲將剛招來的新兵派赴援鄂時，曾國藩“特作一書嚴切規之”。由於王招募的新勇要取自官帑，因此須納入國家管轄的範圍，這是曾國藩所不能允許的。因此他寫信給王：
足下來衡，麵商大概規模，約定餉需不必支之藩庫，器械不必取之省局，足下自許，可勸捐餉銀一萬，可私辦軍裝數項，蓋以為此吾輩私興之義舉，非省垣應辦之官事也，嗣足下二十二書來，言二十四走省請餉一萬，仆已訝其與初議相刺謬矣。適會田家鎮之敗，鄂省大震，長沙戒嚴，中丞（駱秉章）命足下帶勇防守省城，倉卒興舉，一切皆取之於官，此則局勢與前議大變，止可謂之官勇，不得複謂之義師也。既為官勇，則值此官項支絀之秋，不得不通盤籌劃。目下兵勇萬餘，傾庫中所藏，僅付兩月之需。而足下寄來稟稿，乃雲須再發銀二萬，各勇須預支月半口糧，將來招足萬人等語。是則足下未能統籌全局，不知措餉之艱難也。又雲帳房三百架，硝磺等項，委員解縣，招勇本以援省，而多此一番周折，是亦足下閱曆太淺，不善省財、省力之咎也。仆素敬足下馭士有方，三次立功；近日忠勇奮發，尤見慷慨擊楫之風，心中愛重，恨不即遊揚其善，宣暴於眾，冀為國家收澄清之用。見足下所行未善，不得不詳明規勸。又察足下誌氣滿溢，語氣誇大，恐持之不固，發之不慎，將來或至僨事。天下反以激烈男子為戒，尤不敢不忠告痛陳。伏冀足下細察詳玩，以改造於慎重深穩之途，斯則愛足下者所禱祀求之者也。
曾國藩所強調或堅持的是有一兵即有一兵之效，而且既然是“義師”，就不應仰食官府。因為一旦靠省裏出錢，就必須為省中大僚所調遣，那樣就會亂了湘軍的大局。因此曾國藩詳細辨明這一層，希望王能理解。他在給劉蓉信中也說：“璞山在衡與國藩約，共招勇六營，往江南殺賊，將報湘人七月之仇，兼助江忠源一臂之力。其餉銀軍裝，皆將勸捐自籌，不欲取之省局。所以別於官軍，自成一枝義旅也。厥後璞山歸湘，即往省城取餉，蓋與初議異矣。適會下遊警急，駱秉章囑璞山帶勇晉省防堵，此則局勢與在衡之議大變，自有格例，未可意為伸縮。而璞山請餉器物，多不中程，以是省局上下，大滋物議；而璞山語言意氣，又多不檢，以是訾議其短者，評譏日入於吾之耳，書函日入於吾之目。國藩昨為一書，規箴璞山，未知老璞能細味而曲從否？仆蓋愛之深而思毖成之，非以文吏常談，挫其銳氣也。”曾國藩所說的“格例”以及請王“細味”他的話，說白了，就是湘軍不直接隸屬官府。由於曾、王之間的事鬧得很大，一時成為湖南省文武大吏談論的“熱點”。為了息事寧人，曾國藩采取低調處理。十一月初六，又寫函劉蓉：屢次致書，其精要處，皆未敢暢言，以省城易於傳播，事未一集而嘩然矣，故稍秘之也。茲恐吾弟及璞山終不達鄙意，故作一密書與璞山，求吾弟親攜示璞山，字字皆心血結成，璞山能如吾之約，則一一照辦，破釜沉舟，以圖一舉；若璞山必不肯從吾之約，則璞山當自成一軍，而吾當補招三四營，別為一軍。
他請劉蓉所攜給王的密信內容是：近日在敝處攻足下之短者甚多，其來尊處言仆之輕信讒謗、棄君如遺者，亦必不少。要之兩心炯炯，各有深信之處，為非毀所不能入，金石所不能穿者，別自有在。今欲多言，則反以晦真至之情，古人所謂窗欞愈多，則愈蔽明者也。特書與足下約，計必從鄙意而不可改者五條，不必從仆，聽足下自為屈伸主張者三條，仆自密辦，而不遽以書告足下者二條，並具於左。 曾國藩所寫的“必從鄙意，而不可改者五條”是：
1.各勇宜操練兩個月，體弱者、藝低者、油滑者，陸續嚴汰，明春始行遠出。
2.每營必須擇一營官，必劃然分出營數，此時即將全數交付與他，不必由足下一手經理。任人則逸，獨任則勞。此後必成流賊，股數甚多，吾須分股與之相逐。若平日由足下一人統帶，臨陣始分股逐賊，則差之毫厘，謬以千裏矣。幫辦者，每營須四五人，必須博求賢俊，不盡取之湘鄉。萬一營官有病，則幫辦即可統領，斷不可草率。足下現物色得幫辦者幾人？祈開單見示。
3.器械必趕緊製辦，局中窳脆之件，概不可用。伯韓所造抬槍甚好，不知鳥槍已成若幹？石樵言帳房宜用夾的，是否屬實，祈複示。如必須改的，此時尚可趕辦。鄒嶽屏所捐錨杆亦不好，竟須另覓硬木圓身，未經鋸破者，如有一械未精，不可輕出。
4.戰船能多更妙，縱使不能，亦當雇民船百餘號，與陸路之兵同宿同行，夾江而下，凡米、煤、油、鹽、布匹、幹肉、錢項、鐵鉛、竹木之類，百物皆備，匠工皆全。
5.凡兵勇紮營，即以船為市。所發之餉，即換吾船之錢。所換之錢，即買吾船之貨。如此展轉灌輸，銀錢總不外散，而兵勇無米鹽斷缺之患，無數倍昂貴之患。 年底，曾國藩又致信王，談及太平軍不過烏合之眾，但其官職、營製，人數之多少，旗幟之分寸，號令之森嚴，尚刊定章程，堅不可改，況吾黨奉朝廷之命，興君子之師，而可參差錯亂，彼立一幟，此更一製，不克整齊而劃一？要求“所定條款，務望遵從。即小處或有不當，亦當委曲商酌，不可遽爾違異。”
這封信提出王必須在遵守湘軍的營伍製度與脫離曾國藩的湘軍係統之間做一明確的選擇。而曾國藩所強調的不可更改的五條之中，最為關鍵的就是要求王自己隻能統帶其中的一營，其他各營需要由曾國藩另行委派營官統帶，各營勇丁的數量也必須遵守湘軍統一的營製，不得自行其是。勇丁在招募入營後，必須經過至少兩個月的訓練，才能開赴戰場打仗。一句話，王必須聽從他的指揮，否則，他就不承認王繼續做他的部下。王此時以為自己追隨湖南巡撫駱秉章比跟著曾國藩走更有前途，便對曾國藩的警告不予理睬。駱秉章也趁機拉攏王，表示他所統帶的3000勇丁可以不裁撤，並繼續駐守在省城長沙。曾國藩看到局勢已無可挽回，便忍痛與王一刀兩斷，將他逐出教門。