到達南昌的當天，他就找來營官蕭捷三。這是多少次把頭顱丟在戰場又撿回來的一員愛將。外江的水師都支援武昌去了，那是湘軍水師的精銳。一年多了，曾國潘和水師的將領、士兵們都吃住在那裏。望著遠去的船隊，一種油然而生的失落和悵然浸透著每個將士的心。曾國潘拿出僅存的一些銀兩，請蕭捷三去安撫一下打了敗仗的兵士們。
“楚師三局”立即投入製造炮位子藥的工作。在籍候選知府劉於潯受命設立船廠，打造戰船。鹹豐五年正月初一，曾國潘致信署江西按察使鄧仁坤，囑其經理造船及訓練水師事宜。曾國潘稱“即為江省計，亦萬不可無水師”。
整頓、重建水師的同時，曾國潘又將隨行的幕僚們找來，總結自去年“東征”以來嶽州、靖港、湖口三次大敗的原因。當時跟隨曾國潘的幕僚已不多，一是因為曾國潘連遭失敗，一些人對他失去了信心，另謀他途。二是因為曾國藩不被清廷重視，跟著他前程堪憂。三是南昌更加危急，弄不好會同曾國潘同歸於盡。望著如此冷清的場麵，曾國藩心中空落落的，很不是滋味。他讓眾人指陳三次失敗的原因，但大家都麵麵相覷，不敢亂講話。
曾國藩一向看重李元度，他又有救命之恩，便親點名號說：“次青，你大膽請言！” 李元度為人仗義，見曾國藩幾次尋死覓活，總不得勝，心裏也很著急。眼見這樣下去，自己的前途也著實堪憂。於是他鼓足勇氣，語未盡，已驚三座： “恩公東下之師，氣勢銳甚。然自三月至今，凡經三次大挫折，初挫於嶽州，繼挫於靖港，今又挫於九江湖口。幸而屢蹶複振，未壞大局。然依在下之見，非失於恩公不知兵，而失於知兵。” 李元度的話，如芒刺在背，一針見血。眾將領誰也不敢望一眼曾國藩的表情，隻是默不作聲地坐在那兒。空氣驟然緊張起來。 曾國藩倒還沉得住氣。他又說： “次青請細道之，吾願聞其詳。” 李元度也不再猶豫，說：“嶽州之敗，師未集而因大風阻於洞庭湖，敵察我困，大股圍入，其敗可謂天意，於理於勢都是如此的結局。靖港之敗就不然。一惑於團丁之清，臨陣變成謀，夕令朝改，是策略之失。九江湖口之敗，問題就更大了。三板大船入湖，敵斷歸路，變出不測，以大船攻敵小船，無異猛虎拔牙，虛威無用。並且，師出不為退路著想，乃行軍大忌。犯此，則不能不敗。” 李元度的話雖然當眾揭了曾國藩的瘡疤，但無疑是一劑良藥，眾將領不由地頻頻點頭，已忘記了曾國藩此刻什麼樣了。 曾國藩善於聽人之言，博采眾長，以為己用。他的心胸是寬廣的。此刻見李元度一針見血地指出了三次失敗的原因，也頗覺歎服。於是他接著說： “次青的話句句在理。望吾將士共當戒之。”他一生嗜棋如命，此時，話鋒一轉，以棋喻戰： 大抵用兵之道，形同兩人對弈，弈術高低備於棋譜，而臨局走子，對方未必按棋譜走路，以符合我布下的陣。又如射箭，射經主要講的是身正，但身正也未必都能命中。因為勝負都在變化萬端之中。國藩不才，東下之師，勝敗之情，也如臨局發矢，優劣共見。孫子曰：“軍爭為利，軍爭為危，利危相倚，豈有常域！”次青的話我當銘記。
人不怕失敗，怕在失敗中沉淪。
內湖水師在重整中又恢複起來。正月底，曾國藩將先期修整好的戰船六十餘隻派駐康山。 陸師方麵因胡林翼已率部前往武昌救援，曾國藩又令李元度回家鄉招募四千人，二月底也抵達南康。由於有更多的戰船進泊南康，李元度統領的平江勇緊相護隨。曾國藩頗為感慨，他說水師之起，專為肅清江麵而設，陸軍之所維護水營，九江、湖口之所以失敗，都是因為水師孤懸，與陸師遠隔不能配合作戰之故。 水師奔赴南康前，曾國藩親自登上舟船，督促將弁操練一番。曾國藩見可以一戰時，即分批調赴南康。隨即與平江勇各扼水陸要衝。自九江敗後的危局有所緩和，曾國藩長長地舒了一口氣。
三月二十七日，曾國藩從南昌起行，親督水師，移駐吳城鎮。四月十三日，又由吳城進駐南康。 但江西的形勢越來越危急。四月下旬，義寧州被攻陷，省城南昌戒嚴。巡撫陳啟邁急調湘軍回援省城南昌。 這時，在江西的兩位大員，曾國藩駐南康，塔齊布駐九江，中間雖僅隔一個廬山，但由於太平軍不時襲擊，二人都不敢遠離營次。因此，屢次約定騎馬相見，均未能如願。由於羅澤南一軍須回南昌防守，而九江水師又無陸營護駕，曾國藩上奏清廷，用了“孤懸可慮”四個字。對此，清廷也無計可施。
五月底，內湖水師在青山取得了重整內湖水師後的一次小勝仗，曾國藩的座船施罟也失而複得。曾國藩百感交集。上奏稱：
伏查水軍自去歲湖口失利以來，陷入內湖各船與外江水營隔絕，卒與將離，兄與弟隔，小船之素附大船者，皆隔絕而不得相見。臣國藩特至江西造船添勇，另立新軍，方慮士氣已傷，難期再振，幸仗我皇上威福，兩次獲勝，奪回拖罟大船，積憤為之稍申，軍心為之一振。若使此軍果足自立，則扼斷長江之腰膂，上有金口水軍以擊其首，下有紅單戰船以擊其尾，二千餘裏之江麵，分為三段剿辦，或有肅清之期。
由湖口戰前的“和”勢局麵，變為戰後的離隔之局，曾國藩十分傷感。但他有了新的想法，就是分段肅清江麵。
六月二十七日，曾國藩與塔齊布終於在青山大營相會，這是兩人近半年的第一次相會。言及頓兵九江，老師糜餉，上負主恩，下失民望，兩人愧憤交集，哽咽難言。當時九江城的太平軍時多時少，塔齊布之師若分剿他處，則恐大營單薄，反給太平軍以可乘之機；若合聚一處，則五千之眾，久無成功，日對堅城，徒深焦灼。就湖口水軍而言，由於無陸軍保護，彼此都無所作為。因此曾國藩上奏清廷：“不得不思所變計，以求有濟於大局。擬於七月以內，臣塔齊布移至青山，渡湖之東，會剿湖口。如能攻破此關，全局固有轉機；即不能遽破，亦當由彭澤而下，直趨建德、東流，以期與下遊池、太之師聯為一片，是亦大局旋轉之一策也。”塔齊布也同意曾國藩的部署，但提出在七月發動一次大規模的攻勢，如攻下九江最好，攻不下再移師。按照新的部署，李元度率平江勇渡湖而來。羅澤南統領陸師攻克義寧州，省城的危機有所緩解。
塔齊布回九江後，廣置攻具，備雲梯數百，布袋四千，紮草人以攀城，結竹筏以渡水，各營弁勇，皆自備擋牌、竹盔之屬，無一不齊，專等月黑陰雨之夜，大舉攻城。並約定七月十五以後，九江、湖口同時發動攻勢。但東風不與塔軍便，七月十八日塔齊布卒於九江大營。七月十九日，即塔齊布卒死後的第二天，曾國藩立即趕赴九江陸營。想想身邊最得力的大將在自己孤危之時而去，不禁悲從心中來，他伏在塔齊布的屍體上放聲大哭。
塔齊布是個旗人統帥，由於他與曾國藩統領湘軍，緩解了外界對“曾家軍”的種種猜測與議論，而多了層滿漢協同作戰的形象。 現在，塔齊布盛年而去，不僅使他失去了一位好將領，更重要的是，會有更多的人帶著疑慮的眼光看著湘軍的“熱鬧”。因為，所有的功勞都是湘軍的，都是曾國藩的，與旗人、與國家的正規軍似乎沒有幹係。這在戰局十分不利的形勢下，曾國藩已經意識到他的困難。 曾國藩在塔齊布的靈柩前飲泣不止。靈堂兩側掛上了剛剛寫就的一副挽聯：
大勇卻慈祥，論古略同曹武惠；
至誠相許與，有章曾薦郭汾陽。
曾國藩又先行吩咐派人給塔齊布老母送去二千兩銀子，以慰這位兩失愛子的母親。
塔齊布在不到二年時間裏升任大帥，與他的英勇善戰不無關係，但更重要的是曾國藩的多次保薦。在曾國藩起家的路途上，塔齊布在前期對他的幫助最大：置個人安危於度外，在長沙練軍如此；在湘軍的第一次“東征”，取得所謂“湘軍初興第一奇捷”中，也主要靠塔齊布的頑強攻戰。其後，塔齊布任提督，曾國藩卻因敗績被革職。但塔齊布“事曾國藩謹，自居部曲，不主奏報”，對曾氏極盡維護之能事，為湖南士紳官員所重。塔齊布因與鮑起豹有隙，代其位後，“遍賞提標兵，得軍功六品牌者三千人，使人人知新提督無修怨之心，標兵大歡。”
湘潭戰後，塔齊布率陸軍7000人偕水師北上攻取嶽州。不日，其軍敗太平軍於嶽州以南新牆，湘軍水師則取勝於君山雷公湖。太平軍棄嶽州退守城陵磯。就在這次戰役中，塔齊布陣斬太平軍老將曾天養，清廷為此予其騎都尉世職。
塔齊布平時有愚憨、無能之態，及到戰場，磨拳切齒，口流唾沫，一副好似要生吞對方的架式。尤好單騎逼近敵壘偵視虛實，幾次進入危境，都轉危為安。塔齊布治軍也頗有方。 每當深夜，呼親卒相語家事，說到悲痛事，相對泣淚以流。一次，德化縣令給這位大帥送了一張莞席，塔齊布說：“軍士皆臥草土，我睡莞席，豈能安枕？”立令退回。曾國藩“赧顏”入南昌後，塔齊布駐紮九江，兩人隔廬山相望，因太平軍往來攻襲，多日不通音信，曾國藩為此十分焦慮。除夕前一天，塔齊布攻九江，終因寡不敵眾，單騎敗走鄉間，馬陷泥潭中，迷失道路。後被一位鄉農救回家中。次日，各軍以塔齊布未回，洶洶如所失，士卒哭作一團。曾國藩也悲痛不已。三更時，鄉農將塔齊布送回，曾國藩、羅澤南傾營而出，光著腳出去相迎，三人抱在一起，淚訴勞苦。但塔齊布卻談笑自若地說：“餓極了，快拿飯給我吃。”各營官都驚喜異常。飯畢，已是元旦。
鹹豐五年（1855）夏，曾國藩遣李元度率平江勇渡河攻湖口，約定次日塔齊布攻九江，使太平軍腹背受敵。清晨，塔齊布忽患心悸而卒，年35歲。據說，塔齊布每次戰前，先讓百名親兵蒙麵，從中選一人為掌纛，每戰必勝。死前的一個晚上，選掌纛時，有一純施粉墨者，塔齊布見之，默然不悅，勉強說：“好！好！纛授你了。”第二天即卒。
塔齊布兄弟三人，他的小弟去年死於戰場。他沒有子嗣，隻有年邁的母親還健在。 曾國藩一直在潯城照料塔齊布的喪事。二十一日，親送靈柩出營，並派副將玉山等率提標官兵三百五十人護送到南昌。由於陸營暫時無人統領，曾國藩暫時留在九江統轄，安撫將士。
太平軍顯然得到了塔齊布死亡的消息，因此，當塔齊布的靈柩剛從九江走出幾裏，太平軍就發動進攻。曾國藩親自指揮作戰，竟打退了太平軍。曾國藩認為，“當統軍新易，人心危疑之際，得此一仗，此支勁旅可無渙散之虞。”八月，湘軍九江陸營經曾國藩奏請，由廣東羅定協副將周鳳山統領。
三、“聞春風之怒號，寸心欲碎”
自鹹豐四年底湖口戰敗後，湘軍水師被肢解為內湖外江兩部分，戰鬥力大大下降。而太平軍三克武昌，使湘軍陷入更大的困境。
此時在外江的水師，由彭玉麟統領。進入鄱陽湖的，由營官蕭捷三、段瑩器、孫昌國、黃翼升統領。由於曾國藩意識到水師一分為二，對作戰極為不利，因此急欲將兩部分水師打通。但太平軍強大的威勢，隻好使曾國藩作罷。為此，曾國藩開始重建內湖水師。
鹹豐五年正月初五，曾國藩向清廷上奏，剖白其軍“進止機宜有萬難者”：
太平軍大隊上犯武漢，鄂省兵勇難資抵禦，意圖抄我後路，斷我餉道。若擄上遊無數之民船，搶漢鎮新造之戰舟，梗塞江漢之間，則大江千裏上下皆賊，臣等水軍裹於中段，錢糧、子藥來源已截，水勇之心斷難自固。若果重踞武漢，西窺荊、襄，南伺湘省，防不勝防，其可慮者一也，。若使臣等一軍回駐武漢，則艱難百戰肅清江麵，一旦委而棄之，實屬可惜。且臣等水師西旋，九江、湖口之賊，勢必內犯江西，臣等此後軍餉，更難仰給於江省。且陷入內湖之戰舟百餘，精銳二千，從此斷難衝出與外江水師會合。年餘講求練此精華，一旦置之無用之地，後日難以再振，其可慮者二也。陸軍屢勝之餘，士氣極盛，自至九江、湖口攻城攻壘，傷亡健卒多至數百人，銳氣挫損，若使一意前進，得勝仗數次，尚不難於振刷精神，再接再厲。若使回軍武漢，則兵勇之雄心先減，加以遠道跋涉，消磨精氣，雖認真振厲，亦難作其方新之氣，其可慮者三也。臣等反複籌思，進退兩難，現派李孟群督帶炮船至黃州一帶跟追，毋使上竄之賊擄船下水。如果大股賊匪占踞武漢，水師當全軍回剿，陸兵亦當相機返顧。進止機宜，關係極大。
曾國藩的意思很明確：湘軍水師被一分為二，如果陸營再往來於鄂、贛千裏戰線，必將被拖垮。湘軍將陷入更大的困境。 屋漏偏逢連雨天。正當曾國藩一愁莫展之際，駐在潯江的外江水師突遇風暴，一下子損毀四十餘號長龍、三板等大船。曾國藩隻好令水師稍事修整，開赴金口。曾國藩想想二年多“肅清江麵”之舉，費了相當力量奪得的江麵又被太平軍收複，內心十分沮喪。他感到自己的“錯謬”有兩條：一是武漢攻克後應留重兵守護，並應派水師待援。由於計不出此，使得武漢空虛，太平軍必將重新收複。那樣，長江中遊又為敵有，局勢相當不利。二是進攻九江屬孤軍深入，而水師一分為二，已無所作為。實際上是對清廷令他東下的委婉批評。為了扭轉局麵，曾國藩令李孟群、彭玉麟在鄂渚紮營，在湖北新堤修整船隊，一來可以固守荊、湘之門戶，二來可以阻擊太平軍向武漢進攻。但曾國藩人在江西，如何能遠隔千裏，指揮自如，而且修船造艦需要很多餉銀，加之水師開銷原也不少，這令曾國藩十分為難。 外江水師全部開赴金口，留在內湖的水師隻剩下小型船隻，“各小舟有所依附，乃能自成一軍”，因此在內湖必須造三板、長龍等號大船，但造大船又何其難哉！更為嚴重的是，外江水師已將將領帶走，留在內湖的水師幾乎沒有得力之人統帶。“各勇聞老營被燒，衣物全失，如鳥失巢，人無固誌，甚不放心”。曾國藩打算親自至吳城等處去統轄這支水師，但又如何能行得通。 清廷似乎不理解曾國藩的處境，仍然要曾國藩“力攻九江為扼要之策”。對於曾國藩要前往吳城統領內湖水師，清廷在表示讚同之餘，也有一番憂慮。如果曾國藩到吳城能將內湖水師帶走當然最好，但如果不能帶出，大帥被困，與攻九江的陸師塔齊布部天各一方，問題則更為嚴重。因此，清廷指示曾國藩到吳城後“若一時不能全數出湖，必須察看軍情，仍回大營”。 在清廷沒有好的辦法的情況下，曾國藩決定水師一軍，“惟有分頭整飭，各自成軍，庶幾轉敗為敗，仍不墮屢勝之威”。為此，他請巡撫陳啟邁將江西現造的長龍三十號撥給他使用，同時趕造快蟹大船十餘支。 此時的太平軍取得湖口大捷後，由都昌陷饒州府，又分別進擊樂平、景德鎮、祁門、徽州、廣信等地。使江西、湖北、安徽各處清軍難以應付。