由於上諭中有“楚軍素聽指揮”之言，曾國藩說這並非是他的功勞，而是將士懷利而來，既說出了湘軍發展的真諦，也為自己洗脫了“曾家軍首”的猜嫌。他說：
湖南練勇，昔年猶有見賊逃循、懷鄉思歸之事。近則閱曆既久，膽氣皆壯。輕賊匪之伎倆，慕天家之官爵。以投營為名利兩全之場，以戰陣為日用常行之務。湘中勇夫，赴江西、湖北投效者，絡繹不絕。父缺子代，此往彼歸。較之臣初募練之時，風氣迥不相同。但使稍給口食，即可靜聽指揮。臣二月聞訃之初，亦慮將士相從日久，恐難驟離而他屬。自出營而後，各路安謐如常。吉安、臨江屢獲勝仗。將軍福興至瑞州視師一次，巡撫耆齡遣員至瑞州犒賞一次，各營皆歡欣踴躍，樂為用命。可見士無常親，惟撫馭者是親。不必楚人而後能用楚眾也。
他還說自己兩遭親喪，是不祥之身，決非宏濟時艱，挽回大局之象。因此懇請終製。曾國藩心靈在經受著比死亡還嚴重的折磨。
就在奏請開缺終製的同一天，即六月初六，曾國藩又上了一道給他的命運帶來另一番捉弄的奏折，即《瀝陳辦事艱難仍籲懇在籍守製折》。這篇奏折引起了當時人乃至後人毀譽不一的評價，也是曾國藩一生事業的一個重要轉折點。他後來者，造物主不輕易讓一個人成功，就是這次的磨折。但可以說，這篇奏折真實反映了曾國藩的思想脈絡，是他內心矛盾鬥爭後“豁然開朗”的表現。他承認自己與古來疆場之臣為朝中掣肘萬端者，有霄壤之別。但“以臣之愚，處臣之位，曆年所值之時勢，亦殊有艱難情狀無以自申者，不得不略陳於聖主之前。”這就是說，任何人要做事必須有信譽、有權力、有舞台，否則，就像孔雀自開屏，人莫知也。
曾國藩向清廷不無沉重地講了三個問題，他表述為“辦事艱難之三端”，說到底還是體製，他沒有正規軍的旗號，他遊離於體製外，因此沒有給予應有的“待遇”。他的職權是虛的。
第一條是沒有提拔部下權。定例軍營出缺，先盡在軍人員拔補，給予劄付。臣處一軍，概係募勇，不特參、遊、都、守以上無缺可補，即千、把、外委亦終不能得缺。武弁相從數年，雖保舉至二三品，而充哨長者，仍領哨長額餉。充隊目者，仍領隊目額餉。一日告假，即時開除，終不得照綠營廉俸之例，長遠支領。弁勇互生猜疑，徒有保舉之名，永無履任之實。或與巡撫、提督共事一方，隸人衙門，則挑補實缺；隸臣麾下，則長生觖望。臣未奉有統兵之旨，曆年在外，不敢奏調滿漢各營官兵。實缺之將領太少，大小不足以相維，權位不足以相維。去年會籌江西軍務，偶欲補一千、把之缺，必婉商巡撫，請其酌補。其隸九江鎮標者，猶須商之總兵，令其給予劄付。雖居兵部堂官之位，而事權反不如提鎮，此辦事艱難之一端也。
第二條是沒有任免文武權。國家定製，各省文武黜陟之權，責成督撫。相沿日久，積威日漸。督撫之喜怒，州縣之榮辱，進退係焉。州縣之敬畏督撫，蓋出於勢之不得已。其奉承意旨，常探乎心之所未言。臣辦理軍務，處處與地方官相交涉。文武僚屬，大率視臣為客，視本管上司為主。賓主既已歧視，呼應斷難靈通。防剿之事，不必盡謀之地方官矣。至於籌餉之事，如地丁、漕折、勸捐、抽厘，何一不經由州縣之手，或臣營抽厘之處，而州縣故為阻撓。或臣營已捐之戶，而州縣另行逼勒。欲聽之，則深慮事勢之窒礙；欲懲之，則恐與大吏相齟齬。錢漕一事，小民平日本以浮收為苦，近年又處積困之餘。自甲冬間，兩路悍賊竄入江西，所在劫掠，民不聊生。今欲於未經克複之州縣征收錢漕，勸諭捐輸，則必有勁旅屯駐，以庇民之室家，而又或擇良吏，以恤民隱。或廣學額，以振士氣。或永減向日之浮收，或奏豁一年之正課，使民感惠於前，幸澤於後。庶幾屢捐而不怨，竭脂膏奉公上而不以為苦。然此數者，皆巡撫之專政。臣身為客官，職在軍旅，於勸捐擾民之事，則職分所得為。於吏治、學額、減漕、豁免諸務，則不敢越俎代謀。縱欲出一愷惻詳明之告示，以儆官邪而慰民望，而身非地方大吏，州縣未必奉行，百姓亦終難見信。此辦事艱難之一端也。
第三條是名實不符，沒有處事權。臣幫辦團練之始，仿照通例，鐫刻木質關防，其文曰：“欽命幫辦團防查匪事務前任禮部右侍郎之關防”。鹹豐四年八月，臣剿賊出境，湖南撫臣谘送木印一顆，其文曰：“欽命辦理軍務前任禮部侍郎關防”。九江敗後，五年正月換刻：“欽差兵部侍郎銜前禮部侍郎關防”。是年秋間補缺，又換刻：“欽差兵部右侍郎之關防”。臣前後所奉援鄂、援皖，籌備船炮，肅清江麵諸諭，皆係接奉廷寄，未經明降諭旨，外間時有譏議。或謂臣係自請出征，不應支領官餉；或謂臣未奉明詔，不應稱欽差字樣；或謂臣曾經革職，不應專折奏事。臣低首茹歎，但求集事，雖被侮辱而不辭。迄今歲月太久，關防之更換太多，往往疑為偽造，釀成事端。如李成謀戰功卓著，已保至參將矣，被刑辱於芷江縣，出示以臣印劄而不見信；周鳳山備曆艱辛，已保至副將矣，被羈押於長汀縣，亦出示以臣印劄而不見信。前福建巡撫呂孫，曾專函馳詢臣印不符之故。甚至捐生領臣處之實收，每為州縣猜疑，加之鞠訊。或以為不足據，而勒令續捐。今若再赴軍營，又須另刻關防，歧舛愈多，憑信愈難。臣駐紮之省，營次無定，間有部頒緊要之件，亦不徑交臣營。四年所請部照，因久稽而重請。六年所請實官執照，至今尚無交到確耗。此外文員之憑、武官之劄，皆由督撫轉交，臣營常遲久而不到。軍中之事，貴取信如金石，迅速如風霆，而臣則勢有所不能。斯又辦事艱難之一端也。
曾國藩在例舉以上“三難”之事實，最後說：茲三者其端甚微，關係甚巨。以臣細察今日局勢，非位任巡撫，有察吏之權者，決不能以治軍。縱能治軍，決不能兼及籌餉。臣處客寄虛懸之位，又無圓通濟變之才，恐終不免於貽誤大局。凡有領軍之責者，軍覆則死之；有守城之責者，城破則死之。此天地之常經，古今之通義。微臣講求頗熟，不敢逾閑。今楚軍斷無覆敗之患，省城亦無意外之虞。臣赴江西，無所容其規避，特以所陳三端艱難情形既如此，而奪情兩次，得罪名教又如彼。斯則宛轉縈思，不得不泣陳於聖主之前者也。臣冒昧之見，如果賊勢猖狂，江西危迫，臣當專折馳奏，請赴軍營，以明不敢避難之義。若猶是目下平安之狀，則由將軍、巡撫會辦，事權較專，提挈較捷。臣仍籲懇天恩在籍終製，多守數月，盡數月之心；多守一年，盡一年之心。出自聖主逾格鴻慈，不勝惶恐待命之至。所有瀝陳辦事艱難，仍籲懇終製緣由，恭折馳奏。
曾國藩的奏折無疑是對清廷的一次攤牌，但也確是他不能發揮大作用的原因所在。曾國藩伸手“要官”，並非是他個人進退之事，而事關他手下的湘軍應放在什麼樣的位置這一大問題。按他所帶湘軍的功績，給予總督巡撫也不為過。但清廷始終對這股“一呼而應，從者數萬”的隊伍不放心。當時武昌已下，清軍已據上遊，江南大營也日有起色，因此拒絕了曾國藩的請求。值得玩味的是，六月十九日的上諭也沒有把話說絕：
曾國藩以督兵大員正當江西吃緊之際，原不應遽請息肩。惟據一再陳請，情詞懇切，朕素知該侍郎並非畏難苟安之人，著照所請，準其先開兵部侍郎之缺，暫行在籍守製。江西如有緩急，即行前赴軍營，以資督率。此外各路軍營設有需才之處，經朕特旨派出，該侍郎不得再行瀆請，致辜委任。
清廷的這個上諭給雙方都是一個體麵的台階。因為形勢好就不用曾國藩出山，形勢不好，照樣可以命他出山。一切以“長毛”的消長為轉移。
三、反躬自省，全無是處
鹹豐帝的上諭使曾國藩感到自己是一個棄婦，需要上戰場賣命的時候沒有什麼商量；不需要的時候就棄之如敝履。曾國藩感到天大的委屈。他想不通，地方的紳士、官僚不容他，處處刁難、譏諷，自己吃盡了苦頭，這些他都忍下去了。但他不明白，“一門忠義”，將身家性命都交付給大清朝愛新覺羅家族，為什麼還換不來起碼的信任呢？他越想心裏就愈鬱悶，愁腸百結，理也理不清。什麼“天行健，君子以自強不息，”什麼“以天下為己任”，看來儒家的積極入世思想並不是什麼時候都行得通。
他想到了老莊。這似乎是中國的士大夫在身處艱厄時最好的精神慰藉品。西漢賈誼在謫居長沙時，作《鳥賦》，不是用莊子的人生變化無常，不必以生為樂、以死為哀來安慰自己嗎？什麼“忽然為人兮，何足控摶；化為異物兮，又何足患”，既不惜生，也不怕死，生死都不入胸次，那麼何必憂患於得意失意呢？唐代詩人白居易在被貶流放時，也從莊子中吸取精神力量，在《讀莊子》一詩中寫道：“去國辭家謫異方，中心自怪少憂傷；為尋莊子知歸處，記得無何是本鄉。”這種身處逆境而“少憂傷”的開朗豁達，顯然是得之於莊子的。
曾國藩對老莊也不陌生，早年時記住的諸如“大方無隅”“大音稀聲”“大象無形”“大巧若拙”的話，過去一直似懂非懂，現在一下子豁然開朗。這些年來與官場內部以及與綠營的爭鬥，其實都是一種有隅之方，有聲之音，有形之象，似巧實拙，而真正的大方、大象、大巧絕不是像他這樣發脾氣，彈劾人，處處樹敵，它要做到全無形跡之嫌，全無斧鑿之工。 “人之生也柔弱，其死也堅強，草木之生也柔脆，其死也枯槁。”柔弱，天下萬事萬物，歸根結底，莫不是以至柔克至剛。能克剛之柔，難道不是更剛嗎？祖父竟希公“男兒以懦弱無剛為恥”的家訓，他發現自己竟片麵理解了。曾國藩想到這裏，興奮地在《道德經》扉頁上寫下了八個字：“大柔非柔，至剛無剛。”他覺得胸中的鬱結解開了許多。
他又拿起《莊子》來溫習。這部書是他最愛讀的書；他已記不清讀過多少遍了。那汪洋恣肆的文筆，奇譎瑰麗的意境，曾無數將地令他折服，令他神往。過去，他是把作為文章的範本來讀，從中學習作文的技巧。思想上，他不讚同莊子出世的觀點，一心一意地遵循孔孟之道，要入世拯世，建功立業，澤惠斯民，彪炳後昆。說也奇怪，經過暴風驟雨衝刷後，曾國藩再來讀《莊子》，竟有了另一番“發現”。甚至，他還悟出了莊子和孔子並不是截然相對立的，入世出世，可以而且應該相輔相成，互為補充。曾國藩為自己的發現而高興，鄭重其事地記錄下來：
靜中細思，古今億百年無有窮期，人生其間數十寒暑，僅須臾耳，當思一搏。大地數萬裏，不可紀極，人於其中寢處遊息，晝僅一室，夜僅一榻耳，當思珍惜。古人書籍，近人著述，浩如煙海，人生目光之所能及者，不過九牛一毛耳，當思多覽。事變萬端，美名百途，人生才力之所能及者，不過太倉之粒耳，當思奮爭。然知天之長，而吾所曆者短，則憂患橫逆之來，當少忍以待其定；知地之大，而吾所居者小，則遇榮利爭奪之境，當退讓以守其雌。
老莊深邃的哲理，如一道雲梯，使曾國藩從百思不解的委屈苦惱深淵中，踏著它走了出來，身心日漸好轉了。
這一切使他認識到：古人患難憂虞之際，正是德業長進之時，其功在於胸懷坦夷，其效在於身體康健。聖賢之所以為聖賢，佛家之所以成佛，所爭皆在大難磨折之日，將此心放得實，養得靈，有活潑潑之胸襟，有坦蕩蕩之意境，則身體雖有外感，必不至於內傷。
曾國藩通過古代先賢及同時代的優秀人物，吸取他們人生的智慧和精華，反觀自己中年以前“胸多抑鬱，怨天尤人”，不但不能養心，且不能保身。“中年以後，則肝腎交受其病。”
也即從這時起，他一意克製自己，以養其博大胸襟。他在寫給弟弟的信中說：
不若就現有之功，而加之以讀書養氣，小心大度，以求德日進，言日醇。譬如築室，譬之立功，弟有絕大基址，絕好結構，以後但加裝修工夫，何必汲汲皇皇，茫若無主乎？
信雖是寫給九弟的，又何嚐不是自己心靈之寫照！他還說：
放翁每以美睡為樂。蓋必心無愧怍，而後睡夢皆恬，故古人每以此自課也。 放翁胸次廣大，蓋與陶淵明，白樂天，邵堯夫、蘇子瞻……等同其曠逸，其於滅虜之意、養生之道，千言萬語，造次不離，真可謂有道之士。惜餘備員兵間，不獲於閑靜中，探討道義，夜睡頗成寐，當思玩索陸詩少得裨補乎！
從老莊一直到李白、陸遊，他發現人的心靈是相通的。而這些“有道之士”自己僅從文章角度欣賞，實不知他們還是“有道之士”。按照這種思路，他反省五年間辦理軍務的得失，似乎別有境界。這種“境界，”先在給九弟垢信中坦露了。
由於曾國荃所統的湘軍吉字營全軍退守安福，江西巡撫耆齡奏請起複曾國荃，因此清廷令曾國荃總統吉安各軍。曾國荃的率先奪情，為曾國藩重新啟用鋪就了一條道路。因此當九弟行前，曾國藩反複訓誡，告以和輯營伍、聯絡官紳之法。曾國荃到吉安後，曾國藩的“格致”功夫也更有成效，反省自己愧對江西父老，他請九弟為之救正補苴。七年十二月二十一日的信中說：餘前在江西，所以鬱鬱不得意者：第一不能幹預民事，有剝民之權，無澤民之位，滿腹誠心無處施展；第二不能接見官員，凡省中文武官僚晉接有稽，語言有察；第三不能聯絡紳士，凡紳士與我營款愜，則或因吃醋而獲咎萬軒是也。坐是數者，方寸鬱鬱，無以自伸。然此隻坐不應駐紮省垣，故生出許多煩惱耳。弟今不駐省城，除接見官員一事無庸議外，至愛民、聯紳二端皆可實心求之。現在餉項頗充，凡抽厘勸捐，決計停之。兵勇擾民，嚴行禁之。則吾夙借愛民之誠心，弟可為我宣達一二矣。 他帶著十二分的歉意和十分的誠意，希望他的九弟向江西父老表達：