由於曾國荃在堅忍、毅力方麵不如其兄，有時還發發牢騷，怨天尤人。曾國藩於十二月十四日：來書謂意趣不在此，則興會索然。此卻大不可。凡人作一事，便須全副精神注在此一事。首尾不懈，不可見異思遷，做這樣想那樣，坐這山望那山。人而無恒，終身一無所成。我生平坐犯無恒的弊病，實在受害不小。當翰林時，應留心詩字，則好涉獵它書，以紛其誌。讀性理書時，則雜以詩文各集，以歧其趨。在六部時，又不甚實力講求公事。在外帶兵，又不能竭力專治軍事，或讀書寫字以亂其誌意。坐是垂老而百無一成。即水軍一事，亦掘井九仞而不及泉，弟當以為鑒戒。現在帶勇，即埋頭盡力以求帶勇之法，早夜孳孳，日所思，夜所夢，舍帶勇以外則一概不管。不可又想讀書，又想中舉，又想作州縣，紛紛擾擾，千頭萬緒，將來又蹈我之複轍，百無一成，悔之晚矣。
他囑咐曾國荃，全神貫注，將帶兵打仗的事做好，並說：身體雖弱，卻不宜過於愛惜，精神愈用則愈出，陽氣愈提則愈盛。每日作事愈多，則夜間臨睡愈快活。若存一愛惜精神的意思，將前將卻，奄奄無氣，決難成事。凡此皆因弟興會索然之言而切戒之者也。弟宜以李迪庵為法，不慌不忙，盈科後進，到八九個月後，必有一番回甘滋味出來。餘生平坐無恒流弊極大，今老矣，不能不教誡吾弟吾子。
五、軍需報銷，為“部費”發愁
曾國藩丁憂期間還為辦理軍需報銷做了大量準備工作。
按照清朝的規定，行軍打仗所用軍需銀糧，有一套嚴格的報銷製度，當時稱為“奏銷”。由於奏銷過程中，要經過戶部嚴格的審核，甚至錙銖必較，毫末必駁。為了能在戶部順利通過，奏銷者要繳納一筆費用，稱為“部費”，實際是約定成俗的“陋規”。一般而言，奏銷的數目越大，需上繳的“部費”也越多。自厘金製度推行後，奏銷製度雖不如以前嚴格，但程序還是要走的。因此，曾國藩在家中開始籌備奏銷之事。由於湘軍自打仗以來，已經五年多了，軍需報銷的數目當在幾百萬，故“部費”數額也不少。當時軍中尚嗷嗷待哺，好在胡林翼已握大權。
曾國藩於七年十二月初七上《酌擬報銷大概規模折》，提出了報銷的大概思路：
臣處一軍，未經奏派大員綜理糧台，亦無專司之員始終其事。初在衡州造船、募勇，冒昧從事，條理未精。厥後越境剿賊，用銀漸多，曆時漸久。所募概係勇丁，將領多係紳士。官事非其所嫻，冊報間有未備。而又與湖南、湖北、江西三省總局相交涉，有先在臣處糧台領餉，而後在他處支領者；有本在臣處領餉，而他處亦時為接濟者。又有由江援鄂，由鄂援江，忽分忽合，中間並無餉可領者。臣處辦理報銷，比他軍尤覺散漫難清。臣之愚見，擬將統轄較多者，分為數大款。將臣處領餉之月日，及他處領餉之月日，先行具奏。俾眉目清楚，起訖分明。
曾國藩提出了七大股支出：即搭齊布所統為一款，羅澤南所統為一款，楊載福所統水軍為一款，彭玉麟所統為一款，李孟群所統為一款，李元度所統為一款，周鳳山所統為一款，由於“以上七款，皆為日較久，用銀較多”。又與各省相交涉，因此算清這筆帳十分不容易。 由於水陸兩軍營數很多，或先分後並，或因敗撤遣，加之經理糧台的人已換了好幾批，因此要查清此賬就更為難了。曾國藩提出：自鹹豐四年到七年正月經理糧台的，除鄭德基業經病故外，裕麟、厲雲官、胡大任、甘晉、李瀚章、陶壽玉六員，現在分處兩湖、江西、安徽四省。俟江西軍務將畢，即行設局，由該六員辦理報銷事件，遵照定式，造冊送部。據曾國藩估計，大約水陸數年之餉糈，船炮各廠之經費，通共用銀在三百萬兩內外。考慮到軍需報銷，如有數額不符，必須由經辦人及統兵將帥追賠，即“自帥臣以逮末僚，凡廁身行間，勻攤追賠，無一漏脫。存者及身，死者子孫，久迫追呼，非呈報家產盡絕，由地方官驗明加結具文谘部，不能完案。”曾國藩遂將全部責任由自己承擔，他說：“該六員者，並非總理，本無專責。自始至終，皆係窮窘之境。勸捐挪墊，委曲維持。或因敗挫迸散奔走於危地。或因空乏屢屢受侮於弁兵。廉謹將事，艱苦備嚐。而九江一敗，又有燒劫餉船、遺失文卷之事。將來如有款目不符，著陪追繳之外，皆係臣一身承認，不與該六員相幹。是否有當？謹擬大概規模，請旨飭下該部核議施行。”
朱批命“戶部議奏。”曾國藩將可能出現的責任一人承擔，表明他的一種態度。由於報銷手續嚴格，甚至抄家、問斬之事也很多，因此曾國藩的這一“說明”是很必要的。清政府同意了曾國藩的奏銷方案。
八年三月三十日將這一好消息軍信告訴給他的九弟，並說“部費”也大體有了眉目：餘所奏報銷大概規模一折，奉朱批：該部議奏。戶部奏於二月初九日。複奏言“曾（國藩）所擬尚屬妥協”雲雲。至將來需用部費不下數萬。聞楊、彭在華陽鎮抽厘，每月可得二萬，係雪琴督同淩蔭庭、劉國斌等經紀其事，其銀歸水營楊、彭兩大股分用。餘偶言可從此項下設法籌出部費，貞階力讚其議。想楊、彭亦必允從。此款有著，則餘心又少一牽掛。
由於湘軍的糧台一直設於水次，隸屬於內銀錢所。曾國藩回鄉後，由彭玉麟兼理此事。故此，曾國藩覺得應在報銷前，將死難者的撫恤金發下去。於是，曾國藩於八年五月二十三日致信彭玉麟，說：仆讀禮山中，簡寂無似。每念數年在外，愆尤叢集。官事私事，不乏未了之局，死者生者，猶多愧負之言。昨得潤芝中丞書，報銷局部費，渠可代為設法，此亦稍釋微慮之一。尚有前後殉節者，未曾給予恤銀，擬即在水師銀錢所存項下一一發給。
兩天後他又致信胡林翼，將在何處報銷、由誰經手等項向胡林翼詳細谘商，並請胡巡撫為他彌補“缺歉”：敝處報銷，似宜設於水次。若設局鄂垣，痕跡太重。耆中丞去歲請國藩赴江，其辭甚摯，又請霞仙代渠草奏，其意甚誠。因仆固守不出，始變而惱怒。餘自有歉於彼，彼固無歉無餘也。能設於武穴等處，痕跡較為渾融。
總攬大綱之人，擬請伯符、蓮舫、筱泉三人。筱泉精細圓適，其從國藩也極久，其為國藩謀也極忠，往年餘擬專折保之。曾為羅忠節兩次言之，忠節亦極力讚成。厥後因循不果行。國藩之保舉稍吝，不過局度較隘。至於次青、筱泉之不得優保，畢金科之不成功名，則國藩實有蔽賢之咎。中夜以思，如何可贖？今畢金科則長已矣！次青、筱泉二人，萬乞閣下大力設法優保，或留鄂補用。以私言之，則國藩內有補於歉衷，外有益於報銷；以公言之，則二子存心愛民，必有裨於吏治，必有讚於高深。務乞留意承允。
敝處部費，代為設法，豁如之度，感佩曷極？
胡林翼確實在曾國藩需要援手的時候鼎力相助，曾國藩的報銷方案細節胡林翼表示完全照辦。但當時江西戰事仍很吃緊，也忙不上專注於此。直到曾國藩再次出山後，於當年八月上奏清廷，決定在江西湖口設立報銷局，由李瀚章負責，辦理鹹豐三年九月至六年十二月軍費報銷事宜。九年正月正式開局辦事。地點從湖口移至吳城。七月又從吳城移至湖口，十年五月事竣撤銷。這是曾國藩領湘軍出戰後的第一次報銷，數額大體在300萬兩內外，竟至忙碌一年半之久。曾國藩出任兩江總督之後，統兵多至10萬，軍費收支超過千萬兩，報銷當然更加困難。戶部亦深知按往常慣例報銷脫離實際，於是尋求變通辦法。
這時戶部郎中王夔石“灼知將來報銷萬無了局，因創請免冊報私議。”大學士管理戶部事務大臣倭仁即采納王夔石的“免冊報私議”立即領銜上奏《請免軍需造冊報銷疏》：為了避免各處書吏和糧台委員的營私舞弊，為了免除各位“勞臣戰將”可能遭受的“追賠”之苦，奏請“所有同治三年六月以前各處辦理軍需未經報銷各案，擬懇天恩，準將收支款目總數分年分起開具簡明清單，奏明存案，免其造冊報銷”。這實際上是將此種糊塗賬一筆勾銷。倭仁此疏立即得到皇上諭旨的允準。有人盛讚此舉，以為“凡在事之獲保身家者，不下數千萬人，而州縣得免於流攤，部書失望於需索。開國二百二十年所未有也”。“詔書既降，都中人士歡聲如雷，各部書吏聞而大駭，有相向泣者。”“此同治朝曠典也。” 倭仁變通成例的做法是實事求是的。也使曾國藩擺脫了可能發生的抄家抵產困境。曾國藩得知這一確切消息後，如釋重負，立即將部文告知李瀚章，共謝“皇恩浩蕩”。
六、追思先人，改葬父母
曾國藩丁憂家居期間，還為其父母改葬之事四處奔波。本來，曾氏家訓中，不信地仙是其內容之一。地仙即是風水先生，不信地仙，也就是不信風水先生。
曾國藩也曾說過：“地仙為人主葬，害人一家，喪良心不少，未有不家敗人亡者”。但由於其父母去世時，都因“兵事”、“公務”纏身，皆匆忙安葬。而他後來遇到種種“事機不順”之事，又懷疑自己是“福淺命薄之人”，因此對原來安葬父母的兩處墓地“實不放心”，“而苦自己不善看，又苦無最貼心之人。”
最初，曾國藩隻是想把其母的墳地改葬，並打算自己親自尋覓風水好地。但由於“腳力太弱，而地師又無一可信者，難以下手耳”。由於對改葬之事，“常常在念”，故曾國藩於八年正月請劉為章到湘鄉察看。並且，曾國藩覺得貓麵腦這個地方很好。正月十九日，他去信給曾國荃，說此地“必須渠（指劉為章）與堯階等一看始可放心。此外尋新穴頗不易得，然餘決誌在今年辦妥。新寧知縣許九霞過此，自言於風水頗精，許來幫同尋覓。惟渠新被劾，未便在鄉久住。弟在外亦嚐聞有明眼人可延至家者否？若無其人，不必為此更紛心也。”
不久，曾國藩又請豐城杜秀才、東陽叔祖二人去看了兩塊地，但都不理想。曾國藩打算“自往親看一次”。四月初，劉為章等看地後，認為周璧衝是凶地，因此曾國藩打算將父母墳墓一同改葬。朱堯階是曾氏親家，但他對曾氏改葬之事並不盡心，因此曾國藩說此人以後“似宜疏而不宜密”。他於四月十七日寫信給曾國荃：