此時，浙江戰事發生了重大變化，最終促使曾國藩再度出山。
浙江一直是清政府的財賦重地，也是長江下遊清軍籌餉的主要基地。石達開於鹹豐八年（1858年）初由贛東率二十萬太平軍精銳進入浙江。很快兵臨衢州。衢州是浙江的門戶，在清朝總兵饒廷選的堅固防衛下，石達開攻堅未成，正麵進攻受挫。石達開於是命石鎮吉率軍數千人進行迂回作戰。石鎮吉出騎兵，輕取遂昌後，又下鬆陽，進而攻克處州府城。這使浙中為之一震。
處州府位於衢州東南，與衢州、金華互為犄角。處州府被克以後，石鎮吉兵鋒直指金華。旋即攻克金華府的武義、永康兩縣。與之相呼應，太平軍北路人馬也屢屢得手，常山、開化先後攻克，這樣石達開便扼製了皖、贛、浙三省交通的樞紐，使得浙江首府杭州處於動蕩之中。 石達開兵鋒指向浙東以後，引起清廷朝野的一片恐慌，惟恐太平軍將這一後方戰略基地奪走。
由於兵力分散，清廷處處告急，這種情況既需要一支強有力的軍隊，又需要能夠統一指揮各軍的高級統帥，而當時在浙江統兵的大員福興、周天受、明安泰、饒廷選等，沒有一人能獨擔此任。
湘軍本是曾國藩一手創建的，如今他麾下的將領都得到了提升，而曾國藩卻被削除兵權，在家守製。這在戰事不緊急時尚可，而戰事一緊就意味著曾國藩遲早會重新出山。當年曾國藩在江西困厄多艱，正是由於石達開的英勇善戰。如今石達開引兵入浙，又客觀上促使清廷重新考慮曾國藩的出山問題。可謂困亦石達開，出亦石達開。胡林翼也認識到這是曾國藩複出的絕好機會。於是，胡林翼先作釜底抽薪之計。上奏說他正欲用兵安徽，根本無力分兵去援浙。駱秉章也推波助瀾，上奏《籌議分兵援浙折》，向鹹豐皇帝指出：石達開狡猾、凶悍，既已入浙，必會引帶東南不穩，惟有起用曾國藩統率江西湘軍，才有可能收到追擊石達開取勝的結果。
鹹豐皇帝環視周圍，的確再沒有人可用，於是不得不再次起用曾國藩。不過，鹹豐皇帝起用曾國藩的諭旨，頗能反映他此時的心態：
東南大局攸關，必須聲威素著之大員，督率各軍，方能措置裕如。曾國藩開缺回籍，計將服闋。現在江西撫、建均經克複，止餘吉安一府，有曾國荃、劉騰鶴等兵勇，足敷剿辦。前諭耆齡飭令蕭啟江、張運蘭、王化開等馳援浙江。該員等皆係曾國藩舊部，所帶丁勇，得曾國藩調遣，可期得力。本日已明降諭旨，令曾國藩馳驛前往浙江，辦理軍務。著路秉章即傳旨令該侍郎迅赴江西，督率蕭啟江等星馳赴援浙境，與周天受等各軍力圖掃蕩。該侍郎前此墨從戎，不辭勞瘁，朕所深悉。現當浙省軍務吃緊之時，諒能仰體朕意，毋負委任。何日啟程？並著迅速奏聞，以尉廑念。
此時的曾國藩，用翹首以待來形容他對清廷的希望十分恰當。他生怕自己曆盡千辛萬苦甚至身家性命而播下的種子到了收獲的季節而顆粒無歸，他在寫給曾國荃的信中說：
兄昔在京中頗著清望，近在軍營亦獲虛譽。善始者不必善終，行百裏者半九十裏。譽望一損，遠近滋疑。弟目下名望正隆，務宜力持不懈，有始有卒。……願吾弟兢兢業業，日慎一日，到底不懈，則不特為兄補救前非，亦可為吾父增光於泉壤矣。……此次軍務，如楊、彭、二李、次青輩皆係磨煉出來，即潤翁、羅翁亦大有長進，幾於一日千裏，獨餘素有微抱，此次殊乏長進。弟當趁此增番識見，力求長進也。
曾國藩在羨慕夕日部下所建功業的同時，盼望皇諭一出。恰好，曾國藩接到了讓他複出的諭旨，這如同被困的猛虎被放回深山一樣，得到了施展的機會。於是，他再不敢提統兵大員非任巡撫方可成功的話。六月初三接到諭旨，三天後就整裝由家啟行，再次踏上了茫茫征程。十天後曾國藩上奏清廷，除報告立即起程及沿途軍事部署外，又一再表示：臣才質凡陋，頻年飽曆憂虞，待罪行間，過多功寡。伏蒙皇上鴻慈，曲加矜宥，惟有殫竭愚忱，慎勉襄事，以求稍紓宵旰憂勤。所有軍務一切，俟行抵河口後，再行詳悉陳奏。
鹹豐帝對這位拘執的臣子今天如此朝令夕從大為嘉悅，朱批稱：“汝此次奉命即行，足征關心大局，忠勇可尚。俟抵營後，迅將如何布置進剿機宜，由驛馳奏可也。”
匆匆踏上征程的曾國藩已經意識到他大展鴻圖的時機到來。行前，他補寫了三四月間的若幹篇“日記”，在悔疚中透出一種新的希冀：
端莊厚重是貴相，謙卑含容是貴相 事有歸著是富相，心存濟物是富相 巧召殺，忮召殺，吝召殺。 教致祥，勤致祥，恕至祥。 大病初愈，戕樹重生，將息培養，勿忘勿助。 朝聞道，夕死可矣。 三月廿二日，作劄記立誓。 四月廿三日，戒棋立誓。 廿六日，窒欲立誓。 矯激近名，揚人之惡；有始無終，怠慢簡脫。 平易近人，樂道人善；慎終如始，修飾莊敬。 威儀有定，字態有定，文氣有定。
曾國藩向來相信人的運氣，對命運之說也有三分相信。六月四日在寫給其九弟的信中，談起他們的父親衡山抽簽的往事：先大夫少時在南嶽燒香，抽得一簽雲：“雙珠齊入手，光采耀杭州。”先大夫嚐語餘雲：“吾諸子當有二人官浙。”他對九弟說“今吾與弟赴浙剿賊，或已兆於五十年以前乎？”並表示此次之出，“約旨卑思，腳踏實地，但求精而不求闊。應辦事宜及往年不合之處應行改弦者，弟一一熟思，詳書告我。”
多日之後，曾國荃當時患病軍中，曾國藩去信說：我近來精神日減。此次之出，惡我者拭目以觀其後效，好我者關心而慮其失墜。意城在此幫助，頗稱水乳，手筆亦能曲達人意。特約定至玉山後即當別去，專望弟來照料一切。外和軍旅，內檢瑣務，大小人才，悉心體察，庶可補餘之短。
曾國藩此次複出，據他給其九弟信中透露，駱秉章上奏起了相當作用。駱出奏前，郭意誠來到湘鄉曾家，將駱奏請之事告知。六月三日曾國藩接到廷寄，“與駱奏適相符合。駱奏二十五日發，寄諭二十日自京發也。”而駱的出奏與左宗棠又有很大關係。而在恢複曾、左關係上，曾國荃起的作用頗大。曾國藩也清楚，左宗棠作為湖北巡撫胡林翼的至親好友，作為聲名與才略比駱秉章還高出許多的幕僚，他曾國藩以後還要多多仰仗於此人。因此，在接到廷寄的次日，曾國藩寫信給左宗棠，告之起行時間、路線，並稱“應配何支勁旅？應用何將，統俟鴻裁”，“應籌事宜，俟麵唔再行熟商，仍求先賜複示，惠我南針。”到長沙後又專程拜訪並集“敬勝怠，義勝欲；知其雄，守其雌”十二字聯表示敬左虛己，並請左書篆聯，以後攜掛軍營轅室，二人的疑忌也完全冰釋。同日曾國藩又致信巡撫晏端書與浙江紳士，申明“國藩之來，敬求閣下指定一處，俾國藩得專力以圖，庶免紛心旁鶩、意見參差之失。”“近日軍情賊勢，亦望隨時詳悉示知，俾獲指南，是所深禱。”
六月五日，曾國藩又分別致信李元度、胡林翼、李續賓、楊嶽斌、彭玉麟等，再次表示：“所有應辦事宜及前此錯失，應行改弦更張者，敬求一一詳示”（致李元度）。“現已定期初七日起程，一切事宜，多須縷晰奉商，藉資針指”（致胡林翼）。
對重權在握的滿族貴族、湖廣總督官文，曾國藩更不敢怠慢，十七日在致官文信中極盡曲心：九江克複，全楚肅清、楊、李兩軍，仰賴大力陶甄，悉心保護，俾得盡其所長，所向成功。大君子廣攬群英，休休有容。天恩褒嘉，青宮晉秩，殊勳懋賞，允愜人心，不獨兩湖士民遐邇謳思也……國藩從軍數載，毫無成效。此次複出，專轄陸軍，精力虧弱，深懼弗勝。尚求示我南針，俾免隕越，至感至荷！
在致江西巡撫耆齡信中也一再表示，“尚冀南針指示，俾免隕越，是所企禱。”
在致龍啟瑞、劉於潯、袁甲三、勝保、和春、李孟群、李桓、惲光辰等人的函中也表達了同樣意思。
曾國藩的幕僚歐陽兆熊在所著的《水窗春藝》中，稱曾國藩一生三變，此次即是一變。 曾國藩真的到處乞惠“指針”，仿佛自己“全無是處”，曾國藩重新出山後的這種轉變，可謂是“有的放矢”，他在給曾國荃的信中說：“兄昔年自負本領甚大，可屈可伸，可行可藏，又每見人家不是。自從丁巳、戊午大悔大悟之後，乃知自己全無本領，凡事都見得人家幾分是處，故自戊午至今九年，與四十歲前（迥）不相同。”對曾國藩的工於應酬，日趨圓滑，很多人也看出來了。胡林翼批評他，再出之後“漸趨圓熟之風，無複剛方之氣”。曾國藩自己也承認，“寸心之沈毅憤發，誌在平賊，尚不如前次之誌；至於應酬周到，有信必複，公牘必於本日完畢，則遠勝於前。”社會是個染缸，官場也是如此，曾國藩既然無力改變這種狀況，又離不開這種場合，因此隻好向官場風氣屈服，並進而學習這一套，以求適應“環境”。正象他後來所表白的那樣：“吾往年在外與官場落落不合，幾至到處荊榛。此次改弦易轍，稍覺相安”。這似乎表明曾國潘做官的本領大有提高，更善於做官了。