曾國藩此次出山，本是以援浙為名的。當石達開最初脫離洪秀全出走時，聲勢極為浩大，所以清廷才肯讓曾國藩出山，並指定蕭啟江、張運蘭、王開化三支軍隊歸曾國藩直接指揮。待曾國藩與駱秉章、左宗棠、胡林翼等麵商後，確定曾國藩直接指揮統帶蕭、張及曾從湖南帶出的吳國佐部，又從李續賓處要來朱品隆、唐義訓兩營。曾國藩計劃再加上在江西作戰的李元度及曾國荃兩部，各部經汰弱留強後，可得一萬多人，再調水師近千人支援，便可夠拒敵石達開之用。
1985年8月10日，曾國藩從武昌乘船東下，一路上，他的弟弟曾國華以及李續賓、李續宜、楊載福、彭玉麟、唐訓方等湘軍大將先後來拜見，這些曾國藩一手提拔起來的大將，在曾國藩丁憂鄉居期間，都仍然把曾國藩看成是他們的最高統帥，當時曾使曾國藩感到非常欣慰，現在見到他們，心裏著實愉快。8月19日，船到九江府，九江修建成塔齊布的祭奠地塔忠武公祠，曾國藩在九江隻停留了一天時間，還是抽時間到他的這位老部下的祠廟祭奠了一番。20日夜半，座船抵湖口。
兩天來，經過當年的戰場，曾國藩的眼前不禁浮現出三年前血戰大敗的情景，又想起在江西兩年半時間的苦苦支撐，心中的感慨，真好象打翻了五味瓶，酸甜苦辣一齊來。21日，他病了，夜不成寐。水師統領彭玉麟準備在湖口修建湘軍水師昭忠祠、李續賓又想在湘鄉建湘鄉昭忠祠，再加上李續賓已建成的塔齊布祠，曾國藩答應將此三事一並上奏。以後，曾國藩又親自撰寫了《湖口縣楚軍水師昭忠祠記》和《湘鄉昭忠祠記》。曾國藩作文的速度並不快，常常需要冥思苦想，但是文章一旦寫好，大多是一篇非常出色的文字，這兩篇也是如此。《水師昭忠祠記》中寫道：“方其戰爭之際，炮震肉飛，血暴石壁。士饑將困，窘若，拘囚；群疑眾侮，積淚漲江，以求奪此一關而不可得。”其在江西艱難困苦之狀，可胃躍然紙上。《湘鄉昭忠祠記》則既生動，又有理論色彩。《湘鄉昭忠祠記》寫成已在湘軍戰勝太平天國以後，他認為湘軍的勝利就是因為“忠誠”： 當其負羽遠征，乖離骨肉；或苦戰而授命，或邂逅而戕生；殘骸暴於荒原，凶問遲而不審；老母寡婦，望祭宵哭；可謂極人世之至悲。然而前者覆亡，後者繼往，蹈百死而不辭，困厄無所遇而不悔者，何哉？亦由前此死義數君子者為之倡，忠誠所感，氣機鼓動，而不能自己也。君子之道，莫大乎以忠誠為天下倡。世之亂也，上下縱於亡等之欲，奸偽相吞，變詐相角，自圖其安而予人以至危，畏難避害，曾不肯捐絲粟之力以拯天下。得忠誠者起而矯之，克已而愛人，去偽而崇拙；躬履諸艱而不責人以同患；浩然捐生如遠遊之還鄉而無所顧悸。由是眾人效其所為，亦皆以苟活為羞，以避事為恥。嗚呼！吾鄉數君子所以鼓舞群倫，曆九州而勘大亂，非拙且誠之效與？
石達開離金陵後，本是向浙江進軍的，但他在入浙江的門戶衢州遇到了一個會打仗的清軍將領饒廷選，曾國藩估計石達開很難攻破這道防線，果然不出曾國藩所料，石達開久攻衢州不下，不得已放棄浙江，轉向福建，並沿著福建江西交界一路向西南行進，其軍隊一部分進入江西。曾國藩本擬由江西東部赴浙江，他在南昌拜會了江西巡撫耆齡後，便乘船東下，當行抵江西東部的河口時，接到上諭，命其改而援閩。曾國藩遂於9月21日折回弋陽，準備由雲際關入閩。隨後又改定由杉關人閩，10月15日（九月初九日），抵達建昌府城。
曾國藩在建昌駐紮了近半年時間。這時在江西與福建交界隨曾國藩作戰的，除了原隨他來的蕭啟江、張運蘭、吳國佐外，還有原駐江西的劉長佑部。由於石達開並無鬥誌，因此曾國藩並沒有什麼硬仗可打，可是他的軍卻卻一度遇到另一個難題，那就是疾疫流行。八月底他在給郭嵩燾的信中說，張運蘭部二千七百人，患病的竟一千有餘；吳國佐部一千三百人，病了四百多人；劉長佑部四千人，患病一千多。各部因病而死的已近五百，病歿者遠比戰死者多，曾國藩自率湘軍出征以來，從未經曆過這種情況。當然，這才隻是頭一次，以後他又遇到比這次還厲害的流行疾疫。
曾國藩駐建昌前後，圍困江西吉安太平軍一年的曾國荃，終於在陰曆八月中秋之月（9月21日）攻陷吉安。這以後，江西省除景德鎮一帶以外，已沒有太平天國的地盤，戰局發生了更有利於湘軍的變化。占吉安以後，曾國荃把所部兵勇大部裁撤，隻留一千二百人作為曾國藩的親兵營，曾國荃自己到建昌見過曾國藩後，暫回湘鄉老家休養。
二、三河喋血，精銳盡失
與曾國藩、胡林翼加緊軍事部署的同時，太平天國方麵也在進行著調整。自石達開率軍出走後，洪秀全一度宣布“主是朕做，軍師亦是朕做”。但是不久，他就在全朝文武的要求下，廢除了他的兩個無能無功無德而又極為腐敗的兄弟安王洪仁達和福王洪仁發的王爵，又提拔蒙得恩、林紹璋、李春發主持朝政，以讚王蒙得恩為首；又以陳玉成為前軍主將，李秀成為後軍主將，李秀成的堂弟李世賢為左軍主將，韋昌輝的弟弟韋誌俊為右軍主將，後來又封楊秀清的弟弟楊輔清為中軍主將。經過這一番調整，太平天國內部混亂的局勢漸漸穩定下來。在這些新提拔諸人中，起作用最大的是陳玉成和李秀成。兩人都是太平天國起義時就參加太平軍的廣西老兄弟，1858年時，陳玉成隻有21周歲；李秀成稍大些，也不過35歲。兩人年紀雖不大，文化程度也不高，但多年的戰火考驗已把兩人鍛煉成了有勇有謀、能征慣戰的將領，資格也算比較老。太平天國在石達開出走後還能支撐七年，多半要歸功於這兩人。
1858年8月，李秀成、陳玉成軍等太平天國重要將領在安徽樅陽召開軍事會議，決定分進合擊，集中兵力打破清軍的江北大營，以解天京之圍。隨後太平軍和清軍展開大戰，陳玉成自湖北和安徽揮師東進，破廬州（今合肥），然後與李秀成軍會合，先在烏衣擊敗德興阿和勝保軍，接著又在江浦擊敗江南大營來援的馮子材部，而後乘勝進軍，一舉攻占浦口，清軍被殲二萬餘人，江北大營全麵崩潰，解除了來自天京江北的威脅。
江北大營一垮，天京的壓力減輕，陳玉成便可以集中力量對付步步進逼的湘軍了，處在湘軍最突出部分的李續賓部就陷入了危險的狀態中。 正在這個節骨眼上，胡林翼又因母喪丁憂。當胡林翼之母於1858年8月19日去世時，曾國藩已隱約感覺不妙，因為自曾國藩丁憂家居後，湘軍全靠胡林翼護持，胡母去世，按規定胡應丁憂，胡若離湖北，湖廣總督官文決不會象胡林翼那樣關照湘軍。曾國藩雖然再度出山，但因沒有地盤，沒有地方實權，還是非常需要胡林翼的關照。他在寫給吉安前線的曾國荃的信中說：“水陸數萬人皆仗胡公以生以成，一旦失所依倚，關係甚重。”胡林翼離武昌回湖南，曾國藩在給左宗棠的信中又說：“潤公已到家否？渠再造江、漢糜爛之區，變為富強，意量之遠。魄力之大，中樞似尚知之未盡。守製不出，自是正理，然以時勢、物望揆之，又似非得終請者。弟處之事，自潤公出位，全局皆呆，恒自哂也。”
曾國藩最感到不安的就是負責進攻皖北的李續賓一軍，李續賓部現歸湖北方麵指揮，而皖北另一路對抗太平軍的清軍欽差大臣是滿人勝保，勝保與太平軍作戰不行，卻忌妒湘軍的戰功。因此，曾國藩在又一封給左宗棠的信說，安徽戰事由勝保指揮，李續賓可能會受牽製。如有為難之處，隻有胡林翼能夠扶助並讓他安全。曾國藩又寫信給李續賓和曾國華，告誡他們小心行動，希望南路湘軍攻占安慶後，湘軍水師可以直達桐城，叫他們不要孤軍向北，並特別囑咐他們要與水師相依，才比較安全。寫了此信後，曾國藩還不放心，又寫信給駐守後路的李續賓的弟弟李續宜，告訴他，李續賓處兵力雖強，但千萬不可分軍，分則力單，一敗則整個形勢將為之牽動。曾國藩的擔心倒不完全是先見之明，而是與他豐富的軍事經驗和求穩求慎的軍事思想有關。曾國藩用兵，常不求取勝，先求立於不敗之地。他說：“用兵之道，最忌勢窮力竭四字。力，則指將士之精力言之；勢，則指大局大計及糧餉之接續，人才之繼否言之。”又說：“懸軍深入而無後繼，是用兵之大忌。”“危急之際，尤以全軍保全士氣為主。孤軍無助，糧餉不繼，奔走疲憊，皆散亂必敗之道。”
後來，清末民國初著名的軍事家、湖南邵陽人蔡鍔還把這些話收集到《曾胡治兵語錄》中。按照曾國藩的做法，每進攻一個地方，攻城須有攻城的部隊；另外一定要有負責打援的部隊；要有隔斷附近敵人各個據點的聯絡的部隊；還要有一支機動部隊，按現在的講法，叫戰略總預備隊。雖然湘軍大多是以少敵多，但一般是要在這些工作落實之後再發動進攻。毛澤東曾說過：“不打無準備之仗，不打無把握之仗。”曾國藩的想法與此暗合，看來高明的軍事家的做法有很多是一致的。
但是，此時已由不得曾國藩了，鹹豐帝聞報廬州（今合肥）失守，非常焦急，他最擔心的是太平天國越過長江流域向北發展，再與撚軍會合，威脅他的京師的安全。這時，勝保又幾次秘密上奏，說李續賓赴援遲援，貽誤軍機，因此，鹹豐帝十天之內七次下詔，命李續賓迅速赴援。其害，鹹豐帝完全是瞎指揮，從湘軍的出發地皖西南的太湖一帶到勝保駐地定遠或廬州，都有數百裏。李續賓所部隻有八千人，即便衝過太平軍的重重防線，也根本無法攻下廬州。
李續賓部本是湘軍攻占九江的主力，連續征戰，並沒有得到休整，勝利之後也有些浮躁。當太平軍與清江北大營決戰之時，李續賓便奉命乘虛向廬州方向一路進攻，9月21日占安徽太湖，27日占潛山，10月13日經血戰占桐城，隨後占舒城，進攻三河鎮。三河鎮距廬州五十裏，是太平天國的糧餉重地，廬州、天京都要依賴三河的糧餉接濟，所以三河對太平天國極為重要。三河若失，不僅廬州危險，安慶也受威脅。因此，當三河守將吳定規向陳玉成求援時，陳玉成立即奏明洪秀全，請命李秀成也率部往援，於是，陳、李兩軍又一次合軍作戰，等於是傾太平天國主力來攻李續賓，李續賓部立即陷於危險之中。