現代化農業發展以來，人類為了增加農產品的產量，提高農產品質量，大量地施用化學肥料、殺蟲劑、殺菌劑、除草劑等化學藥劑，牲畜飼養、農產品加工等生產規模越來越大，農業汙水的汙染日趨嚴重，生態平衡受到影響，甚至遭到破壞。
農田徑流
噴灑農藥及施用化肥，一般隻有少量附著或施用於農作物上，其餘絕大部分殘留在土壤和飄浮在大氣中，然後通過降雨、徑流進入地表水，造成汙染。農藥是農業汙染的主要方麵。
肉製品產量增加
現在，我們餐桌上的肉產品越來越豐富，當然，人們飼養的雞、豬、牛、羊等動物的數量也大大增加了，隨之而來的則是大量的動物糞便直接排入飼養場附近的水體，造成水體汙染。
農產品加工汙水
水果、肉類、穀物和乳製品的加工等是農業汙水的第三個來源。在發達國家農產品加工汙水量相當大，如美國食品工業每年排放汙水約25億噸，在各類汙水中居第五位。
水產養殖
水產養殖是人工控製繁殖、培育魚、蝦、蟹、貝類、海帶、紫菜等水生動植物的生產活動，它可以使我們獲得更多的水產品，是全世界60億人理想的蛋白質補充來源。但是，水產養殖業也正在對環境和野生魚資源構成嚴重威脅。
海洋生態係統的破壞
紅樹林是最富生物多樣化的海洋生態係統，它具有防止水土流失、淨化海水、預防病毒侵襲的作用。近年來，為發展灘塗養殖，人們常常砍伐紅樹林，對海洋生態係統造成了嚴重危害。
威脅野生魚資源
由於人工養殖的魚的飼料是由一些野生魚製成的，因而大量尚在生長階段的海魚，尤其是鳳尾魚和鯖魚被捕撈製成魚粉。有統計數字顯示，目前全球捕魚量中的8%成了養殖場的飼料。水產養殖業使世界範圍內野生魚資源越來越少。
產生的影響
農業汙水中的氮、磷等營養元素進入河流、湖泊、內海等水域，可引起水域富營養化；農業汙水中的農藥、病原體和其他有毒物質能汙染飲用水源，危害人體健康；農業汙水還可造成大範圍的土壤汙染，破壞自然生態係統，使生態係統內的物種失去平衡。
農業汙染的特點
農業汙染的特點是有機質、植物物質及病原微生物含量高，而且含較高量的化肥、農藥。它汙染的水體麵積廣、比較分散、難於收集、難於治理。