餘致力國民革命，凡四十年，其目的在求中國之自由平等。積四十年之經驗，深知欲達到此目的。必須喚起民眾、及聯合世界與以平等待我之民族，共同奮鬥。現在革命尚未成功。凡我同誌，務須依照餘所著《戰國方略》、《建國大綱》、《三民主義》及《第一次全國代表大會宣言》，繼續努力，以求貫徹，最近主張開國民會議及廢除不平等條約，尤須於最短期間，促其實現。是所囑！
孫文
1925年3月12日9時25分，中國革命的先行者孫中山先生在北京東城鐵獅子胡同五號住處溘然長逝。
耳聞目睹中山先生立遺囑、去世經過的王亞樵，內心的悲痛難以言狀。他一遍又一遍把《總理遺囑》背熟，牢記於心，作為今後處事的指路明燈。
像所有正直的革命者一樣，王亞樵估計孫總理的去世將會給中國帶來一場混亂，前途將是一片暗淡，遂於3月中旬離京返滬。
1925年初夏，盧永祥調任江蘇督軍，任命王亞樵為蕪湖鎮守使。王亞樵因感前途茫茫，難以把握，故遲遲未到任，安心在上海喝酒玩女人，做他的山大王，準備蟄伏一段時間，再依時而起。
孫中山去後的國內時局很快應驗了王亞樵的估測。國民黨內，出現了左、右兩派的激烈鬥爭，8月20日，右派集團竟敢冒天下之大不韙暗殺了孫中山先生的親密戰友和助手廖仲愷先生。不久，極右派分子在北京西山碧雲寺孫中山靈前，召開了所謂的國民黨一屆四中全會，另立偽中央，被稱為“西山會議派”。此派人物把共產黨作為頭號敵人，提出要“解決共黨”、“取消共產黨員的國民黨黨籍”。再加上固有的敵人北洋軍閥，中國的前途和命運陷入了矛盾重重的混亂局麵。
這種局麵一直延續到1926年初，國民黨在廣州召開第二次全國代表大會時才告一段落。此次會議上，共產黨員和國民黨左派代表占很大優勢，大會決定進一步貫徹執行聯俄、聯共、扶助農工的三大政策，給參加西山會議的右派分子以黨紀製裁。
會議的召開，使王亞樵仿佛又看到了新的希望，即南下廣州會見胡漢民，被粵係政府委任安徽省副宣撫使由常恒芳擔任。王亞樵欣然受職，並以火樣的熱情投入工作。王亞樵返滬後，即在上海設宣撫使駐滬辦處，積極籌劃北伐。隨後，又與宣撫使常恒芳分赴本省各地宣撫軍民擁護北伐，打倒軍閥。
五月，葉挺獨立團作為北伐的先鋒奉命進入湖南。七月，國共合作大軍開始大舉北伐。常恒芳偕李小南、鄭青士等人立即響應，起兵太湖，宣撫使署設於太湖。
王亞樵當然不甘後人，率闞培林、劉醒季等人經多方奔走，軍閥舊部，民眾武裝張在中、朱子雲、許誌遠、魏益三等人接受宣撫。王亞樵即率千餘人於太湖起兵，副宣撫使署設在高良澗（洪澤湖）。
王亞樵加緊練兵，隻等命令下達，即攻打合肥、安慶，支援北伐。
10月初的一天，王亞樵率部準備進入合肥近郊部署進攻，半路與直係軍閥、安徽省政府主席陳調元遣來得軍隊接上了火，因對方有備而來，王亞樵部雖打得十分頑強，最後隻能退回洪澤湖，以保存實力。
事後，王亞樵得知，此事係內部出了叛徒，向陳調元告密所致。
原以為待陳部退卻後再過去，沒想到陳調元不僅不撤兵，反而增設大部隊封鎖了湖麵，令王亞樵部插翅亦難飛出。
千餘人被困在島上，幸虧有豐盛的魚蝦為食，有綿延百裏的蘆葦為屏障，王亞樵及部下才得以生存下去。
麵對此，誰都認為這樣長期被圍困下去不好，但在敵強我弱的環境下，王亞樵深感無能為力，唯有指望北伐勝利救他於水火。
這種陰晦的日子一直延續到1927年，北伐軍推進到蘇皖，陳調元分兵作戰，從太湖抽走一半兵力，王亞樵才感到有一絲生機。
此時正係初春，天氣嚴寒，為避免全軍覆沒，王亞樵決定采取分兵突圍的辦法。事前，他召開了骨幹會議，擬定突圍後以南京為聯絡地，同時規定了聯絡地點和接頭方法。
突圍的那天，天上下著細雨，湖麵上有氳氤的煙波，千餘人分成若幹小股分頭向四麵八方突擊。一會，湖麵上傳來稀稀落落的槍聲。
王亞樵率領數百人一路與陳調元部發生零星的槍戰，並無多大傷亡。
次日，他們來到安徽省來安縣水口鎮，正慶幸已脫離了危險，突然後麵呐喊聲起——陳調元的大隊追兵亦準時抵達。
一場惡戰已經無法避免，王亞樵再次決定分頭突圍，哪怕隻有一個能活著回去，日後替兄弟們報仇也好。此時，心腹骨幹闞培林、張在中、殷愛棠、劉醒吾等人堅持讓王亞樵先離開人，然後有意暴露自己，將大隊追兵引向另一個方向……
水那邊傳來密集的槍聲。王亞樵心裏一驚，內心充滿了一種不祥的預感，雙目無以言狀地湧出了淚水。
王亞樵在洪澤湖被困的數月裏，中國政局已經發生了很大的變化，其中最引人注目的是蔣介石已擔任國民革命軍總司令，並壟斷了黨政軍財大權。
蔣介石獨攬大權後，開始暴露出他的個人野心，特別在“清共”與排除異己方麵，製造了震驚中外的“四·一二”慘案，三日後，又在廣東進行清洗。
1927年4月15日早晨，黃浦軍校的學生和往常一樣，起床後整理內務，然後集合到大操場早操。但今天的情況與往常不同，學生們看到校內校外和操場周圍站滿了武裝哨兵。其時，王亞樵的門生戴春風正就讀該校，已改名戴笠，他混在隊列中和其他學生一樣，既感到奇怪，同時也非常緊張。
人員到齊後，各區隊值星官照例報告人數，以區為單位，排成橫隊由各區隊長口頭宣布命令：“共產黨員一律站過來，其餘的在原地不動。”區隊長連喊了幾次，但是沒有人站出來，最後十七連的連長說：“如果不自動站出來，就點名叫你們出來。還是自動站出來好，沒有什麼，不要害怕。”這樣，有幾個共產黨員學生陸續站到隊列前麵，隨即就被逮捕，由武裝哨兵押走。
共產黨員學生被全部帶走後，第一團團長集合講話，說黃埔軍校後方留守處奉蔣校長命令進行“清黨”，並說“這和你們無關，你們要安心學習和遵守紀律”。團長講完話便宣布解散。
此事即曆史記載的“四·一五事件”。當天，整個黃埔軍校僅以“嫌疑”二字被關在爛石頭牢和珠江船的就達數千人。其中大多數被蔣係爪牙胡靖安押往虎門的魚珠炮台殺害。蔣介石欠下了中國共產黨人第一筆血債。
聽到這一怵人的消息時，王亞樵剛從洪澤湖逃到南京，上千兄弟到此時僅有十餘門徒。過去，蔣介石在他心目中留下的好印象開始動搖。
為聯絡舊部，王亞樵及門徒住在南京洪武街三號，此處即是分手前說好的接頭處。這段日子，他最牽掛的是在來安水鎮因掩護他而分手的張在中等人。數日後，傳來準確情報：闞培林、張在中、殷愛棠、劉醒吾等心腹幹將在誘敵分兵後全部被擒，因不肯供出日後與王亞樵聯絡地點和接頭方法，竟遭陳調元活埋……
王亞樵聞訊慟哭不已，發誓一定要報此深仇大恨。
1927年4月18日，南京各界知名人士與市民20萬人齊集省體育場，參加南京政府在這裏舉行的“奠都典禮”大會。
此時，王亞樵剛剛在南京安頓下來。由粵係頭麵人物孫中山之子孫科推薦提名，王亞樵以工人代表的身份出席了這次典禮。蔣介石本人對王亞樵早有所聞，亦想收他於旗下，便內定他任津浦鐵路司令，並請他以勞工會代表的身份在大會發表祝辭。
此時的王亞樵因心腹手下被活埋，加之6天前蔣介石屠殺共產黨人和工農群眾、背離孫中山先生的三大政策，內心充滿了憤懣。因此，他再眾目睽睽下慷慨激昂地說：“廣州出師，直係吳佩孚主力雖被摧垮，盤踞東南的孫傳芳雖被趕走，但大大小小的軍閥——尤其是北洋軍閥並未打倒。北伐乃總理遺願，中山先生生前嘔心瀝血，實現國共合作，容納共產黨人，團結一切可以團結的力量共赴北伐，興師北上，軍閥聞聲而遁，望風披靡，所向無敵。而今一朝疑竇叢生，清共而容軍閥，數以萬計無辜革命誌士、工人、學生慘遭殺害。矛頭所向非敵而我，親者痛、仇者快，以勝始而以敗終。亞樵乃一平凡黨人，投身革命奔走北伐曆有數年，借奠都典禮機會，披肝瀝膽，冒言直諫軍政領導，以國家民族為重，勿忘總理遺願，保證人權，停止屠殺，團結國人，團結所有革命力量，將北伐進行到底！”