在清王朝建立的過程中，清朝統治者收編了許多投降的明朝將領及其所屬的軍隊，並利用這些將領和軍隊平定、鎮守南方，以彌補自己軍隊的不足。這些降將中，為清朝出力最大的是吳三桂、尚可喜、耿仲明，而且都受封為王。清政權基本穩固後，以滿族人為主的清八旗主力駐守北方，南方則主要由原明朝降將駐守，其中平西王吳三桂鎮守雲南，平南王尚可喜鎮守廣東，靖南王耿精忠（耿仲明之孫）鎮守福建，史稱“三藩”。他們手握重兵，勢力強大，割據一方，被清朝統治者視為心腹之患，既不放心，又不敢輕易解除他們的兵權。清朝康熙皇帝愛新覺羅·玄燁親政後，決心盡快解決這個問題。
清康熙十二年（1673年），尚可喜請求告老返回遼東，讓其子尚之孝留鎮廣東。康熙帝即借此機會命其父子率其屬下一同撤回。吳三桂、耿精忠聞訊後，為試探朝廷對他們的態度，也上書請求撤藩。康熙帝不顧多數人的反對，毅然允準。
吳三桂見康熙帝已決心剝奪“三藩”的兵權，即於同年11月21日發動叛亂，打起複明的旗號，自命為天下都招討兵馬大元帥，並指揮叛軍進入湖南。此後幾年裏，廣西將軍孫延齡、提督王雄等在廣西，四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟等在四川，靖南王耿精忠在福建，陝西提都王輔臣在西北，尚可喜的另一子尚之信在廣東，紛紛發動叛亂，響應吳三桂。叛亂遍及西南地區、東南沿海以及中原、西北等地，綿延十幾個省。
為了鎮壓叛亂，康熙帝在政治上區別對待，剝奪了吳三桂的王爵，殺死在北京作為人質的吳三桂之子吳夢熊及其家屬；暫時停撤耿、尚二藩，以示招撫。在軍事上，派大軍分三個方向進剿，中間圍攻湖南，集中打擊吳三桂；在東、西兩線，分別平定江西、浙江和陝西、甘肅、四川的叛亂，把各地的叛軍分割開，使之不能互相配合。
在湖南戰場上，清順承郡王勒爾錦率勁旅在湖北的荊江阻止吳軍渡長江北上，清安親王嶽樂取道安徽、江西進入湖南，出其不意地攻占萍鄉，威脅長沙，迫使吳三桂回兵增援長沙，放棄西進計劃。此時，防守荊江、武昌的清軍，趁吳三桂的主力轉向長沙之機，渡江南進，襲擊常德、嶽州。不久，清軍收複江西吉安。吳三桂從此陷於被動。
與此同時，清軍向其他各路叛軍發動進攻。到康熙十六年（1677年），陝西的王輔臣、福建的耿精忠、廣東的尚之信，先後投降清軍。這樣，清軍便可集中更強大的兵力對付湖南的吳三桂。
在清軍強大的軍事攻勢和政治勸降的打擊下，吳三桂叛軍士氣日漸低落。為挽回敗局，清康熙十七年（1678年）三月，吳三桂在湖南衡州稱帝，國號大周。但數月後，吳三桂即病死，由其孫吳世繼位。清軍趁機發動攻勢，派水師進入洞庭湖，斷絕嶽州叛軍的糧餉，迫其逃走。隨後，叛軍先後退出長沙、衡州。康熙十八年（1679年），清軍收複湖南。康熙十九年（1680年），收複四川。康熙二十年（1681年），收複貴州。同年2月，清軍進入吳三桂的老巢雲南，進攻昆明。10月，被圍困數月的昆明城內糧食已盡，守城將領開門迎降，吳世自殺而死。這樣，曆時8年、波及半個中國的“三藩之亂”，終於被平定。
“三藩之亂”平定後，清政府將“三藩”所屬部隊編入八旗，原來“三藩”享有的特殊權力均被收回，各地的漢族文武官員受到嚴格控製。因此，平定“三藩之亂”標誌著清王朝在關內最終確立起統一、穩定的統治。
康熙（1654—1722年），清聖祖玄燁，清入關後第二代皇帝，即愛新覺羅·玄燁。世祖三子。1661—1722年在位，是曆史上在位時間最長的皇帝。8歲即位，年號康熙。親政後，智捕鼇拜，永停圈地，出旗為民，發展生產，加強皇權，平定三藩，平噶爾丹，驅逐沙俄，鞏固一統。精於儒學，對算學、水利、測量亦多造詣。設館纂修《明史》《古今圖書集成》《康熙字典》等。